转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 117 / 135 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50853525-50853539promoter 内 693-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGAGATAAGGAAAGA
SmilChr02G004960 Chr02 NC_080388.1:71532598-71532612promoter 内 688-702 bp + 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71535911-71539559(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGATTATTATCCTT
SmilChr01G002563 Chr01 NC_080387.1:43754782-43754796promoter 内 608-622 bp + 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 43758175-43760421(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTAACCTAATCATT
SmilChr01G006080 Chr01 NC_080387.1:76244167-76244181promoter 内 580-594 bp + 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 76247588-76263142(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTGCCTTATCATA
SmilChr02G003773 Chr02 NC_080388.1:59427154-59427168promoter 内 536-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59430619-59433539(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATATATTATCCTT
SmilChr02G001931 Chr02 NC_080388.1:34713462-34713476promoter 内 517-531 bp - 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34716946-34717989(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTTTTGA
SmilChr02G000152 Chr02 NC_080388.1:2003720-2003734promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1996854-2000216(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACCAAAAT
SmilChr01G002651 Chr01 NC_080387.1:44827531-44827545promoter 内 403-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44831129-44832049(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAATTCTTTATCCTC
SmilChr01G000165 Chr01 NC_080387.1:2730098-2730112promoter 内 320-334 bp - 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2733779-2735810(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATAATCTT
SmilChr03G001433 Chr03 NC_080389.1:17022696-17022710promoter 内 314-328 bp - 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 17015322-17019023(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACACCCCTTATCTAT
SmilChr01G004733 Chr01 NC_080387.1:65507870-65507884promoter 内 279-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 65511592-65513149(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGAGCTTATCCTT
SmilChr01G001344 Chr01 NC_080387.1:26697536-26697550promoter 内 233-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 26701304-26704417(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGACATGG
SmilChr01G002746 Chr01 NC_080387.1:45765910-45765924promoter 内 156-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45769755-45771498(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGCAATC
SmilChr03G001608 Chr03 NC_080389.1:20461698-20461712promoter 内 144-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20465555-20471841(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATCAGGTTATCCTC
SmilChr02G004407 Chr02 NC_080388.1:66386440-66386454promoter 内 28-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 66390413-66392292(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGTTATTC
SmilChr01G000964 Chr01 NC_080387.1:20445650-20445664promoter 内 25-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 20433516-20441688(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCGCCTTATCTGT
SmilChr01G004779 Chr01 NC_080387.1:65955800-65955814promoter 内 15-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 65959786-65963505(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGATTATTATCCTA
SmilChr01G004476 Chr01 NC_080387.1:62879167-62879181promoter 内 14-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62872367-62875194(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATCCTATCCTC
SmilChr03G002798 Chr03 NC_080389.1:44477303-44477317promoter 内 5-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44481299-44481996(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAAGCCTTATCTCA
SmilChr02G001753 Chr02 NC_080388.1:32243424-32243438promoter 内 3887-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 32242239-32243324(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGTCCTTATCAGA
SmilChr02G005055 Chr02 NC_080388.1:72267609-72267623promoter 内 3565-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 72259312-72267187(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACATGATTATCCTC
SmilChr03G001794 Chr03 NC_080389.1:24506677-24506691promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 24507450-24508299(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGAGGGC
SmilChr03G001793 Chr03 NC_080389.1:24487615-24487629promoter 内 2974-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 24485892-24486602(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGGAGTT
SmilChr01G001979 Chr01 NC_080387.1:35192967-35192981promoter 内 1897-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 35189026-35190877(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCAAGCATATCCTC
SmilChr02G001498 Chr02 NC_080388.1:27938676-27938690promoter 内 1824-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 27933258-27936513(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGAGGGC
SmilChr02G004501 Chr02 NC_080388.1:67523551-67523565promoter 内 1815-1829 bp + 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 67517176-67521379(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACCAAAAA
SmilChr01G001963 Chr01 NC_080387.1:34965218-34965232promoter 内 1796-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 34961171-34963027(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCAAGCATATCCTC
SmilChr02G000470 Chr02 NC_080388.1:6349622-6349636promoter 内 1708-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 6351915-6354749(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATGGGA
SmilChr02G000732 Chr02 NC_080388.1:11894303-11894317promoter 内 1467-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 11896837-11898215(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCTCCTTATCACT
SmilChr03G002755 Chr03 NC_080389.1:43777283-43777297promoter 内 1350-1364 bp - 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 43779934-43781498(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTGATAAGGTGTTA
SmilChr03G000818 Chr03 NC_080389.1:9375383-9375397promoter 内 1046-1060 bp + 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 9378338-9380847(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACCCCTTATCTTT
SmilChr02G001027 Chr02 NC_080388.1:18194133-18194147promoter 内 949-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 18190439-18191095(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCTACCA
SmilChr01G000340 Chr01 NC_080387.1:6941738-6941752promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 6945692-6946759(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACAAATTT
SmilChr02G000376 Chr02 NC_080388.1:4752367-4752381promoter 内 3870-3884 bp + 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4752498-4755998(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTTATTATCCTT
SmilChr02G003432 Chr02 NC_080388.1:55550837-55550851promoter 内 3798-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55551040-55555242(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAAGGTA
SmilChr02G000624 Chr02 NC_080388.1:9254280-9254294promoter 内 3540-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9253754-9253833(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGGGACT
SmilChr01G003273 Chr01 NC_080387.1:51440414-51440428promoter 内 3481-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51433922-51439908(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATATGGTTAAT
SmilChr01G000110 Chr01 NC_080387.1:1866810-1866824promoter 内 3478-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1867333-1868857(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCGTTGTTATCCTT
SmilChr02G001298 Chr02 NC_080388.1:24038283-24038297promoter 内 3456-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 24034473-24037752(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGTTTGTTATCCTC
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SmilChr01G001112 Chr01 NC_080387.1:22735805-22735819promoter 内 3422-3436 bp - 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22734524-22735240(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCTTTATTATCCTT
SmilChr03G001599 Chr03 NC_080389.1:20317709-20317723promoter 内 3312-3326 bp + 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20318398-20319369(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACCCCTTATCTTT
SmilChr02G003073 Chr02 NC_080388.1:51585189-51585203promoter 内 3278-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51579520-51584480(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACCAAAAA
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SmilChr01G001725 Chr01 NC_080387.1:31781002-31781016promoter 内 3052-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31781951-31786771(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGAGGGC
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SmilChr01G002739 Chr01 NC_080387.1:45706047-45706061promoter 内 3025-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45707023-45710536(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCAGAAG
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