转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 12 / 128 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001904 Chr06 NC_080392.1:22870092-22870106promoter 内 2201-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 22866646-22868306(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTGCCACCGCCG
SmilChr02G001085 Chr02 NC_080388.1:19449269-19449283promoter 内 1243-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 19444271-19446525(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTGCCACCGCCG
SmilChr07G001151 Chr07 NC_080393.1:8635719-8635733promoter 内 1009-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 8638711-8640583(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCACCACCGCCA
SmilChr07G003666 Chr07 NC_080393.1:43856110-43856124promoter 内 683-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 43850136-43852806(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCGG
SmilChr01G004673 Chr01 NC_080387.1:64810895-64810909promoter 内 592-606 bp - 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 64814304-64815109(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAG
SmilChr05G003333 Chr05 NC_080391.1:43716198-43716212promoter 内 245-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 43719954-43725061(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCT
SmilChr03G004095 Chr03 NC_080389.1:59824614-59824628promoter 内 3985-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 59824630-59825569(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCT
SmilChr06G002985 Chr06 NC_080392.1:42644082-42644096promoter 内 3905-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42644178-42645632(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGCCACCGCCG
SmilChr03G001434 Chr03 NC_080389.1:17025940-17025954promoter 内 3846-3860 bp + 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 17026095-17027142(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCT
SmilChr01G002215 Chr01 NC_080387.1:38484503-38484517promoter 内 3788-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38484716-38489024(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAG
SmilChr01G002231 Chr01 NC_080387.1:38793958-38793972promoter 内 3788-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38794171-38798479(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAG
SmilChr03G002804 Chr03 NC_080389.1:44515251-44515265promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44515892-44518232(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAG
SmilChr08G002734 Chr08 NC_080394.1:26974376-26974390promoter 内 2925-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26972012-26973314(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTGCCACCGCCG
SmilChr07G004397 Chr07 NC_080393.1:56608741-56608755promoter 内 2737-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 56605268-56607491(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAG
SmilChr07G004485 Chr07 NC_080393.1:57393619-57393633promoter 内 2480-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 57395140-57396649(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAG
SmilChr04G000925 Chr04 NC_080390.1:12071844-12071858promoter 内 2279-2293 bp - 1708 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12073566-12076750(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr05G002583 Chr05 NC_080391.1:29050325-29050339promoter 内 1912-1926 bp - 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 29044329-29048250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCT
SmilChr03G002344 Chr03 NC_080389.1:36980505-36980519promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36977173-36978320(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGGG
SmilChr05G001665 Chr05 NC_080391.1:15773023-15773037promoter 内 1794-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 15767758-15770830(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGGG
SmilChr07G003020 Chr07 NC_080393.1:31245088-31245102promoter 内 1500-1514 bp + 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31247589-31249270(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCT
SmilChr03G000692 Chr03 NC_080389.1:7727669-7727683promoter 内 1462-1476 bp - 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 7730208-7731614(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr03G002805 Chr03 NC_080389.1:44515251-44515265promoter 内 1009-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44518243-44519190(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCAG
SmilChr04G000923 Chr04 NC_080390.1:12071844-12071858promoter 内 923-937 bp - 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12066016-12068780(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCT
SmilChr02G002011 Chr02 NC_080388.1:36247657-36247671promoter 内 879-893 bp + 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36237640-36244549(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr03G004094 Chr03 NC_080389.1:59824614-59824628promoter 内 482-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 59818187-59821109(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr02G003781 Chr02 NC_080388.1:59484029-59484043promoter 内 174-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 59487856-59490837(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr05G003513 Chr05 NC_080391.1:46936255-46936269promoter 内 37-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 46940219-46950484(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGCCACCGCCG
SmilChr01G003223 Chr01 NC_080387.1:50996350-50996364promoter 内 2809-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 6 50997542-51002729(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAGG
SmilChr05G001635 Chr05 NC_080391.1:15280945-15280959promoter 内 3296-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 5 15281650-15283298(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCCG
SmilChr03G000698 Chr03 NC_080389.1:7802732-7802746promoter 内 3170-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 7787199-7801915(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAGG
SmilChr05G003222 Chr05 NC_080391.1:41384499-41384513promoter 内 792-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 41374855-41381304(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAGG
SmilChr07G004409 Chr07 NC_080393.1:56702393-56702407promoter 内 615-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 56705779-56708376(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCCG
SmilChr02G003758 Chr02 NC_080388.1:59226941-59226955promoter 内 215-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 59230727-59236132(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCCG
SmilChr06G003071 Chr06 NC_080392.1:43606100-43606114promoter 内 142-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 43598660-43602255(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCCG
SmilChr08G001296 Chr08 NC_080394.1:10330851-10330865promoter 内 3690-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 10331162-10332806(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCCG
SmilChr08G002346 Chr08 NC_080394.1:22182476-22182490promoter 内 3649-3663 bp - 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 22178249-22182138(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCCG
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