转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 12 / 160 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004433 Chr02 NC_080388.1:66723061-66723071promoter 内 1785-1795 bp + 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 66725277-66728477(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr01G003829 Chr01 NC_080387.1:56629417-56629427promoter 内 1660-1670 bp - 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56631758-56633259(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAGTTACGTAT
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2679870-2679880promoter 内 1516-1526 bp - 2475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2675180-2677395(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATCT
SmilChr02G004895 Chr02 NC_080388.1:70968983-70968993promoter 内 1492-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 70971492-70973380(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACTTACGTGT
SmilChr01G000139 Chr01 NC_080387.1:2337189-2337199promoter 内 1490-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2339700-2341885(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATACGTAACTT
SmilChr03G002949 Chr03 NC_080389.1:46210423-46210433promoter 内 1432-1442 bp - 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46212992-46223199(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr04G000143 Chr04 NC_080390.1:1236385-1236395promoter 内 1243-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1239143-1242531(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr04G000118 Chr04 NC_080390.1:1017872-1017882promoter 内 1082-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1020791-1025315(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACTTACGTGT
SmilChr04G002868 Chr04 NC_080390.1:44799217-44799227promoter 内 1079-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 44802139-44803731(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr03G001267 Chr03 NC_080389.1:14702097-14702107promoter 内 961-971 bp + 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14705137-14707418(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATACGTAACTT
SmilChr02G000963 Chr02 NC_080388.1:16782063-16782073promoter 内 793-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 16785271-16786344(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACTTACGTGT
SmilChr04G001944 Chr04 NC_080390.1:31540124-31540134promoter 内 761-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 31543364-31544498(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGTT
SmilChr01G004358 Chr01 NC_080387.1:61763610-61763620promoter 内 760-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61766851-61768995(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr04G000520 Chr04 NC_080390.1:5739702-5739712promoter 内 701-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 5734217-5736412(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGTT
SmilChr05G001255 Chr05 NC_080391.1:10665025-10665035promoter 内 625-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 10668401-10674404(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAGTT
SmilChr02G003853 Chr02 NC_080388.1:60303027-60303037promoter 内 535-545 bp - 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 60298047-60299571(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAACTC
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14723217-14723227promoter 内 518-528 bp + 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14726700-14727998(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATACGTAACTT
SmilChr01G003494 Chr01 NC_080387.1:53550237-53550247promoter 内 517-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 53541977-53546763(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62419288-62419298promoter 内 472-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 62422817-62427184(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr01G002733 Chr01 NC_080387.1:45682094-45682104promoter 内 458-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 45685637-45692581(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr03G001374 Chr03 NC_080389.1:16202809-16202819promoter 内 411-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 16196523-16199229(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGATTACGTGC
SmilChr03G001672 Chr03 NC_080389.1:21806099-21806109promoter 内 383-393 bp - 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21794417-21802491(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATTG
SmilChr02G001614 Chr02 NC_080388.1:30052737-30052747promoter 内 320-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 30056418-30063132(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr05G000359 Chr05 NC_080391.1:2679870-2679880promoter 内 292-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2683579-2685331(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGATTACGTGC
SmilChr05G004119 Chr05 NC_080391.1:55099259-55099269promoter 内 216-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 55103044-55105906(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr03G004230 Chr03 NC_080389.1:60835737-60835747promoter 内 214-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 60839524-60846564(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGTTACGTGC
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51662845-51662855promoter 内 93-103 bp - 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 51666753-51674549(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAATTACGTGT
SmilChr01G000378 Chr01 NC_080387.1:7779815-7779825promoter 内 58-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 7783758-7787536(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAGTTACGTAT
SmilChr01G001816 Chr01 NC_080387.1:33091584-33091594promoter 内 54-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33095531-33099603(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACTTACGTGT
SmilChr03G001139 Chr03 NC_080389.1:13122312-13122322promoter 内 38-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 13116341-13118359(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATCT
SmilChr03G003896 Chr03 NC_080389.1:58057271-58057281promoter 内 3926-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 58057346-58057959(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGGATACGTGT
SmilChr05G003022 Chr05 NC_080391.1:37758033-37758043promoter 内 1909-1919 bp + 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 37760125-37763087(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGACGTAACTT
SmilChr04G002626 Chr04 NC_080390.1:41683847-41683857promoter 内 1733-1743 bp - 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 41680936-41681589(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGACGTAACTT
SmilChr01G002017 Chr01 NC_080387.1:35749042-35749052promoter 内 1173-1183 bp + 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 35745559-35746224(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGGATACGTGT
SmilChr05G002557 Chr05 NC_080391.1:28700508-28700518promoter 内 569-579 bp + 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 28703940-28705015(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCCC
SmilChr05G000074 Chr05 NC_080391.1:378886-378896promoter 内 337-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 374250-375232(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGGATACGTGT
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SmilChr05G003952 Chr05 NC_080391.1:53247106-53247116promoter 内 1585-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 53249522-53250379(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGACGTAACTT