转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 120 / 128 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001039 Chr03 NC_080389.1:12111525-12111536promoter 内 1889-1900 bp - 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 12113637-12118189(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G003719 Chr01 NC_080387.1:55517415-55517426promoter 内 1888-1899 bp + 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55519528-55523997(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G005144 Chr01 NC_080387.1:69251369-69251380promoter 内 1815-1826 bp + 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69234499-69249194(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G001926 Chr02 NC_080388.1:34681941-34681952promoter 内 1771-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34678675-34679722(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGTAACAGAGAA
SmilChr02G001648 Chr02 NC_080388.1:30575722-30575733promoter 内 1754-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30577969-30585793(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G001499 Chr01 NC_080387.1:28852689-28852700promoter 内 1741-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28848155-28850440(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G003802 Chr01 NC_080387.1:56409049-56409060promoter 内 1725-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56402452-56406784(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G003872 Chr01 NC_080387.1:56966994-56967005promoter 内 1724-1735 bp + 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56969271-56973593(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr02G000457 Chr02 NC_080388.1:6098962-6098973promoter 内 1684-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6101279-6102811(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G002488 Chr01 NC_080387.1:42609866-42609877promoter 内 1635-1646 bp + 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42602545-42607511(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G002394 Chr02 NC_080388.1:41841024-41841035promoter 内 1617-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41843408-41844457(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G000132 Chr01 NC_080387.1:2220528-2220539promoter 内 1608-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2216359-2218146(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G004779 Chr01 NC_080387.1:65957360-65957371promoter 内 1575-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65959786-65963505(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGTAACAGAGAA
SmilChr02G005248 Chr02 NC_080388.1:73630956-73630967promoter 内 1573-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 73633384-73638666(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G000662 Chr01 NC_080387.1:14734180-14734191promoter 内 1538-1549 bp - 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 14736643-14738495(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATTTCTGTTTTC
SmilChr01G005669 Chr01 NC_080387.1:72984566-72984577promoter 内 1535-1546 bp + 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72981162-72982111(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G003500 Chr02 NC_080388.1:56213276-56213287promoter 内 1515-1526 bp + 2475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56206043-56210801(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G002699 Chr02 NC_080388.1:46773173-46773184promoter 内 1470-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 46775704-46776824(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr02G005439 Chr02 NC_080388.1:74783549-74783560promoter 内 1377-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 74786173-74789076(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr02G003466 Chr02 NC_080388.1:55956429-55956440promoter 内 1300-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55959130-55961909(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G001723 Chr01 NC_080387.1:31777482-31777493promoter 内 1299-1310 bp + 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31774114-31774791(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G004115 Chr02 NC_080388.1:63459625-63459636promoter 内 1294-1305 bp - 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63455483-63456929(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G004304 Chr01 NC_080387.1:61218755-61218766promoter 内 1264-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61221492-61227244(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G002885 Chr01 NC_080387.1:47464569-47464580promoter 内 1253-1264 bp - 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 47460800-47461832(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr02G002835 Chr02 NC_080388.1:48502282-48502293promoter 内 1208-1219 bp + 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48496202-48499500(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G003554 Chr02 NC_080388.1:56725330-56725341promoter 内 1206-1217 bp + 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56717584-56722546(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr01G004928 Chr01 NC_080387.1:67351640-67351651promoter 内 1178-1189 bp + 2812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67346163-67348828(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70276465-70276476promoter 内 1165-1176 bp + 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70271070-70273640(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G004478 Chr02 NC_080388.1:67198017-67198028promoter 内 1162-1173 bp - 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67185667-67195189(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAATA
SmilChr01G005462 Chr01 NC_080387.1:71638929-71638940promoter 内 1123-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71632959-71636062(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAAT
SmilChr02G004516 Chr02 NC_080388.1:67691056-67691067promoter 内 1094-1105 bp - 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67693963-67695138(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G002701 Chr02 NC_080388.1:46843068-46843079promoter 内 1090-1101 bp - 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 46845979-46850611(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTCTGTTTAT
SmilChr03G000445 Chr03 NC_080389.1:4785721-4785732promoter 内 1079-1090 bp + 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4778237-4782810(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G003437 Chr02 NC_080388.1:55602070-55602081promoter 内 1069-1080 bp - 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55605002-55613731(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
SmilChr02G003887 Chr02 NC_080388.1:60959985-60959996promoter 内 1067-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60953433-60957062(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATTTTGTTTTT
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