预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | 家族 | 基序 | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | 蛋白 | 基序 | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00008313-RA_Salv |
SmilChr04G003119 |
bZIP | XP_057809542.1 |
MP00039 |
TGACGTGGCA |
9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 120 / 133 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | 基序 | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G002312 |
Chr01 | NC_080387.1:40114976-40114985promoter 内 175-184 bp |
+ | 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 40109167-40111159(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
CACCACGTCA |
SmilChr01G005153 |
Chr01 | NC_080387.1:69315169-69315178promoter 内 82-91 bp |
+ | 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 69319088-69323489(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TAACGTGGCG |
SmilChr03G004249 |
Chr03 | NC_080389.1:60967545-60967554promoter 内 29-38 bp |
+ | 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.0/ 100 | 1 | 60971517-60975668(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGACGTGGTG |
SmilChr03G004261 |
Chr03 | NC_080389.1:61098501-61098510promoter 内 487-496 bp |
+ | 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 3 | 61102015-61108363(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
GGACGTGGGG |
SmilChr02G002636 |
Chr02 | NC_080388.1:45745591-45745600promoter 内 3784-3793 bp |
+ | 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 2 | 45745808-45746275(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr03G000277 |
Chr03 | NC_080389.1:3160657-3160666promoter 内 1022-1031 bp |
+ | 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 2 | 3155663-3157687(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr01G001352 |
Chr01 | NC_080387.1:26798605-26798614promoter 内 3986-3995 bp |
- | 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 26794181-26798599(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AAACGTGGCC |
SmilChr01G002076 |
Chr01 | NC_080387.1:36709871-36709880promoter 内 3977-3986 bp |
+ | 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 36708310-36709856(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr04G000884 |
Chr04 | NC_080390.1:11274821-11274830promoter 内 3944-3953 bp |
- | 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 11274878-11277912(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr01G002498 |
Chr01 | NC_080387.1:42817677-42817686promoter 内 3911-3920 bp |
- | 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 42817078-42817596(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr02G000178 |
Chr02 | NC_080388.1:2272249-2272258promoter 内 3906-3915 bp |
+ | 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 2272344-2285877(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AAACGTGGCC |
SmilChr02G000511 |
Chr02 | NC_080388.1:7055596-7055605promoter 内 3900-3909 bp |
+ | 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 7054746-7055504(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr03G003502 |
Chr03 | NC_080389.1:53646198-53646207promoter 内 3826-3835 bp |
+ | 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 53645310-53646032(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
GGCCACGTTT |
SmilChr02G002177 |
Chr02 | NC_080388.1:39000274-39000283promoter 内 3812-3821 bp |
+ | 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 38991661-39000094(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr01G003194 |
Chr01 | NC_080387.1:50688531-50688540promoter 内 3790-3799 bp |
- | 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 50687862-50688329(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr01G005397 |
Chr01 | NC_080387.1:71235792-71235801promoter 内 3716-3725 bp |
- | 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 71236077-71238633(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
CCCCACGTCC |
SmilChr02G005110 |
Chr02 | NC_080388.1:72632055-72632064promoter 内 3580-3589 bp |
+ | 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 72628655-72631643(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr02G005204 |
Chr02 | NC_080388.1:73294044-73294053promoter 内 3398-3407 bp |
+ | 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 73290936-73293450(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
GGCCACGTTT |
SmilChr02G005212 |
Chr02 | NC_080388.1:73338268-73338277promoter 内 3398-3407 bp |
+ | 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 73335162-73337674(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
GGCCACGTTT |
SmilChr02G001694 |
Chr02 | NC_080388.1:31232078-31232087promoter 内 3333-3342 bp |
+ | 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 31232746-31233429(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
GGACGTGGGG |
SmilChr02G005115 |
Chr02 | NC_080388.1:72670657-72670666promoter 内 3228-3237 bp |
+ | 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 72666026-72669893(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr03G002520 |
Chr03 | NC_080389.1:40177209-40177218promoter 内 3175-3184 bp |
+ | 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 40175528-40176392(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr03G000658 |
Chr03 | NC_080389.1:7342533-7342542promoter 内 3122-3131 bp |
+ | 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 7340706-7341663(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr01G002947 |
Chr01 | NC_080387.1:48345308-48345317promoter 内 3109-3118 bp |
- | 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 48339572-48344425(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr04G001360 |
Chr04 | NC_080390.1:22080136-22080145promoter 内 3105-3114 bp |
+ | 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 22081032-22087702(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
GGACGTGGGG |
SmilChr02G001282 |
Chr02 | NC_080388.1:23646700-23646709promoter 内 3097-3106 bp |
- | 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 23644815-23645805(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr03G002543 |
Chr03 | NC_080389.1:40613731-40613740promoter 内 3089-3098 bp |
+ | 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 40614643-40617797(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr02G002821 |
Chr02 | NC_080388.1:48309027-48309036promoter 内 3072-3081 bp |
- | 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 48309956-48312817(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr01G002763 |
Chr01 | NC_080387.1:46031950-46031959promoter 内 3064-3073 bp |
- | 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 46032887-46037175(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr03G003342 |
Chr03 | NC_080389.1:51753314-51753323promoter 内 3036-3045 bp |
+ | 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 51754279-51757289(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr02G000508 |
Chr02 | NC_080388.1:6997543-6997552promoter 内 2972-2981 bp |
- | 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 6995906-6996523(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr01G004316 |
Chr01 | NC_080387.1:61349882-61349891promoter 内 2954-2963 bp |
+ | 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 61331580-61348844(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
SmilChr02G001496 |
Chr02 | NC_080388.1:27903200-27903209promoter 内 2932-2941 bp |
- | 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 27900496-27902140(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
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Chr02 | NC_080388.1:7364065-7364074promoter 内 2927-2936 bp |
- | 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 7365139-7366519(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
CCCCACGTCC |
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- | 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 34282552-34284705(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
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Chr01 | NC_080387.1:66940660-66940669promoter 内 2836-2845 bp |
- | 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 66941825-66945978(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
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- | 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 27179273-27181728(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
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Chr01 | NC_080387.1:40552412-40552421promoter 内 2782-2791 bp |
- | 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 40549208-40551202(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
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- | 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 14328036-14329067(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
TGCCACGCCT |
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+ | 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 32899907-32904815(+) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
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- | 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 39965687-39968945(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
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- | 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 29548334-29575887(-) |
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MP00039 |
GGACGTGGGG |
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- | 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 28891086-28893542(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
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- | 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 32855774-32858963(-) |
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+ | 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 42920232-42921125(+) |
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MP00039 |
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+ | 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 59107123-59109816(+) |
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MP00039 |
AGGCGTGGCA |
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- | 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 14322299-14325213(-) |
SMil_00008313-RA_Salv |
MP00039 |
AGGCGTGGCA |
SmilChr02G000773 |
Chr02 | NC_080388.1:12686443-12686452promoter 内 2420-2429 bp |
+ | 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.9/ 100 | 1 | 12683819-12684871(-) |
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GGCCACGTTT |