转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 120 / 133 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G002312 Chr01 NC_080387.1:40114976-40114985promoter 内 175-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 40109167-40111159(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CACCACGTCA
SmilChr01G005153 Chr01 NC_080387.1:69315169-69315178promoter 内 82-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69319088-69323489(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TAACGTGGCG
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60967545-60967554promoter 内 29-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGGTG
SmilChr03G004261 Chr03 NC_080389.1:61098501-61098510promoter 内 487-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 61102015-61108363(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGGG
SmilChr02G002636 Chr02 NC_080388.1:45745591-45745600promoter 内 3784-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 45745808-45746275(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr03G000277 Chr03 NC_080389.1:3160657-3160666promoter 内 1022-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3155663-3157687(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr01G001352 Chr01 NC_080387.1:26798605-26798614promoter 内 3986-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26794181-26798599(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AAACGTGGCC
SmilChr01G002076 Chr01 NC_080387.1:36709871-36709880promoter 内 3977-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36708310-36709856(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr04G000884 Chr04 NC_080390.1:11274821-11274830promoter 内 3944-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11274878-11277912(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr01G002498 Chr01 NC_080387.1:42817677-42817686promoter 内 3911-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42817078-42817596(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr02G000178 Chr02 NC_080388.1:2272249-2272258promoter 内 3906-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2272344-2285877(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AAACGTGGCC
SmilChr02G000511 Chr02 NC_080388.1:7055596-7055605promoter 内 3900-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7054746-7055504(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr03G003502 Chr03 NC_080389.1:53646198-53646207promoter 内 3826-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53645310-53646032(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTTT
SmilChr02G002177 Chr02 NC_080388.1:39000274-39000283promoter 内 3812-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38991661-39000094(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr01G003194 Chr01 NC_080387.1:50688531-50688540promoter 内 3790-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50687862-50688329(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr01G005397 Chr01 NC_080387.1:71235792-71235801promoter 内 3716-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71236077-71238633(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCC
SmilChr02G005110 Chr02 NC_080388.1:72632055-72632064promoter 内 3580-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72628655-72631643(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr02G005204 Chr02 NC_080388.1:73294044-73294053promoter 内 3398-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73290936-73293450(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTTT
SmilChr02G005212 Chr02 NC_080388.1:73338268-73338277promoter 内 3398-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73335162-73337674(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGCCACGTTT
SmilChr02G001694 Chr02 NC_080388.1:31232078-31232087promoter 内 3333-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31232746-31233429(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGGG
SmilChr02G005115 Chr02 NC_080388.1:72670657-72670666promoter 内 3228-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72666026-72669893(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr03G002520 Chr03 NC_080389.1:40177209-40177218promoter 内 3175-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40175528-40176392(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr03G000658 Chr03 NC_080389.1:7342533-7342542promoter 内 3122-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7340706-7341663(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr01G002947 Chr01 NC_080387.1:48345308-48345317promoter 内 3109-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48339572-48344425(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr04G001360 Chr04 NC_080390.1:22080136-22080145promoter 内 3105-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22081032-22087702(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGGG
SmilChr02G001282 Chr02 NC_080388.1:23646700-23646709promoter 内 3097-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23644815-23645805(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr03G002543 Chr03 NC_080389.1:40613731-40613740promoter 内 3089-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40614643-40617797(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr02G002821 Chr02 NC_080388.1:48309027-48309036promoter 内 3072-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48309956-48312817(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr01G002763 Chr01 NC_080387.1:46031950-46031959promoter 内 3064-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46032887-46037175(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr03G003342 Chr03 NC_080389.1:51753314-51753323promoter 内 3036-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51754279-51757289(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr02G000508 Chr02 NC_080388.1:6997543-6997552promoter 内 2972-2981 bp - 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6995906-6996523(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr01G004316 Chr01 NC_080387.1:61349882-61349891promoter 内 2954-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61331580-61348844(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGCCT
SmilChr02G001496 Chr02 NC_080388.1:27903200-27903209promoter 内 2932-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 27900496-27902140(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
SmilChr02G000533 Chr02 NC_080388.1:7364065-7364074promoter 内 2927-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7365139-7366519(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCCCACGTCC
SmilChr02G001900 Chr02 NC_080388.1:34285844-34285853promoter 内 2853-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34282552-34284705(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGGCGTGGCA
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