转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 121 / 144 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000350 Chr01 NC_080387.1:7297360-7297374promoter 内 1330-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7300031-7302750(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAATAAGGAAAAG
SmilChr02G003557 Chr02 NC_080388.1:56740498-56740512promoter 内 1038-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56743461-56746354(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCGAAAAGGAAACG
SmilChr02G001128 Chr02 NC_080388.1:20408008-20408022promoter 内 824-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 20411185-20412039(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTACTATTTTTGG
SmilChr03G003586 Chr03 NC_080389.1:54495712-54495726promoter 内 753-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54490323-54492478(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCACAAGAGGAAAGC
SmilChr01G001585 Chr01 NC_080387.1:29871776-29871790promoter 内 594-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 29867004-29868383(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCATAAAAGGAATCA
SmilChr03G002337 Chr03 NC_080389.1:36847613-36847627promoter 内 474-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36851140-36852520(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GTTTTCCTTTTTCGT
SmilChr04G002705 Chr04 NC_080390.1:42588046-42588060promoter 内 460-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42591587-42592703(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GTTTTCCTTTTTCGT
SmilChr05G000770 Chr05 NC_080391.1:6001108-6001122promoter 内 211-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6004898-6005865(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCTAAAAGGAAATA
SmilChr01G004368 Chr01 NC_080387.1:61868260-61868274promoter 内 184-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61862672-61864457(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGCAAAG
SmilChr03G002336 Chr03 NC_080389.1:36847613-36847627promoter 内 19-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36842803-36843645(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACGAAAAAGGAAAAC
SmilChr05G001773 Chr05 NC_080391.1:17433037-17433051promoter 内 2570-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 17419875-17431620(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCCTATTTGA
SmilChr03G002486 Chr03 NC_080389.1:39526120-39526134promoter 内 2447-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 39521694-39524580(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GATGACCGTTTTTGG
SmilChr05G000929 Chr05 NC_080391.1:7446826-7446840promoter 内 2335-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 7448492-7450287(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCGTGCCATTTTTGG
SmilChr01G005788 Chr01 NC_080387.1:73979514-73979528promoter 内 2267-2281 bp - 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 73971413-73977794(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTGGA
SmilChr05G001754 Chr05 NC_080391.1:17089222-17089236promoter 内 2189-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 17075352-17087424(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCCTATTTGA
SmilChr06G000301 Chr06 NC_080392.1:2144304-2144318promoter 内 3925-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2136248-2144242(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCTTCCTTTTTCAG
SmilChr02G001434 Chr02 NC_080388.1:27038159-27038173promoter 内 3893-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27038267-27040377(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCCATTCGGT
SmilChr04G001188 Chr04 NC_080390.1:18137302-18137316promoter 内 3740-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18137563-18138114(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTAGT
SmilChr05G000125 Chr05 NC_080391.1:1011599-1011613promoter 内 3395-3409 bp + 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1005997-1011007(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTGAAAAGGAAAGT
SmilChr02G002271 Chr02 NC_080388.1:40175977-40175991promoter 内 3389-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40172226-40175379(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTATGGT
SmilChr01G005337 Chr01 NC_080387.1:70602175-70602189promoter 内 3233-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 70602943-70604862(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAAAAAGGAAAAA
SmilChr01G000238 Chr01 NC_080387.1:4462625-4462639promoter 内 3226-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4460922-4461864(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTTTCCTATTTTAG
SmilChr04G003967 Chr04 NC_080390.1:55149059-55149073promoter 内 3217-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55149843-55152553(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTAAAAAGGAAAAA
SmilChr04G000013 Chr04 NC_080390.1:197877-197891promoter 内 3186-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 196370-197076(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTGAT
SmilChr05G000467 Chr05 NC_080391.1:3522383-3522397promoter 内 3169-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3523215-3526859(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATCAAAAAGGAAAGT
SmilChr05G000335 Chr05 NC_080391.1:2498324-2498338promoter 内 3102-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2496943-2497439(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCATAAATGG
SmilChr05G003588 Chr05 NC_080391.1:47949582-47949596promoter 内 3049-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47950534-47951604(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGAAATTGGAAAGT
SmilChr04G002768 Chr04 NC_080390.1:43440037-43440051promoter 内 2884-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43441154-43446940(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GATTTCTATTTTTGG
SmilChr05G000545 Chr05 NC_080391.1:4164250-4164264promoter 内 2726-2740 bp + 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4157974-4162989(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAGAAAGGAAACC
SmilChr04G003973 Chr04 NC_080390.1:55202466-55202480promoter 内 2719-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55199595-55201198(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCTAAAAGGAAAAA
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42662277-42662291promoter 内 2707-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42663571-42665645(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGTAATT
SmilChr04G002495 Chr04 NC_080390.1:39847794-39847808promoter 内 2701-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39849094-39851883(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAGAAAGGAAACA
SmilChr04G000169 Chr04 NC_080390.1:1515172-1515186promoter 内 2696-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1506288-1513881(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCAAAAAGGAAAAA
SmilChr06G000913 Chr06 NC_080392.1:8636753-8636767promoter 内 2672-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8634629-8635438(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTAGT
SmilChr02G001647 Chr02 NC_080388.1:30570946-30570960promoter 内 2603-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30568957-30569562(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGAAATTGGAAAGT
SmilChr05G000185 Chr05 NC_080391.1:1492479-1492493promoter 内 2562-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1490659-1491054(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTTTACTTTTTTTGG
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