转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 124 / 138 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005107 Chr01 NC_080387.1:68859757-68859769promoter 内 1715-1727 bp - 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68855458-68857483(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTGTTGACTCAA
SmilChr03G002905 Chr03 NC_080389.1:45802994-45803006promoter 内 1706-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45805289-45808881(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACATTGACTAGT
SmilChr03G000097 Chr03 NC_080389.1:1085838-1085850promoter 内 1696-1708 bp - 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1082174-1083545(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCATTGACTAAA
SmilChr03G000724 Chr03 NC_080389.1:8138016-8138028promoter 内 1665-1677 bp + 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8135586-8135692(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATAGTCAATGCA
SmilChr03G004160 Chr03 NC_080389.1:60382845-60382857promoter 内 1616-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 60385230-60388493(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTGAGTCAACTCT
SmilChr03G001231 Chr03 NC_080389.1:14229522-14229534promoter 内 1530-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14220513-14227063(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAGTTGACTTCA
SmilChr02G005378 Chr02 NC_080388.1:74449496-74449508promoter 内 1516-1528 bp + 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74451981-74457085(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCCTTGACTAGA
SmilChr02G003792 Chr02 NC_080388.1:59571920-59571932promoter 内 1492-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59574429-59576739(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTAGTTGACTTAT
SmilChr02G002253 Chr02 NC_080388.1:39971461-39971473promoter 内 1473-1485 bp + 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 39965687-39968945(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCATCGCC
SmilChr03G001433 Chr03 NC_080389.1:17021571-17021583promoter 内 1441-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17015322-17019023(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTATTTGACTAGT
SmilChr03G004109 Chr03 NC_080389.1:59988483-59988495promoter 内 1425-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59991059-59993709(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGTTGACTCAT
SmilChr03G002976 Chr03 NC_080389.1:46607530-46607542promoter 内 1420-1432 bp + 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46601679-46604961(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCATCGGC
SmilChr03G000997 Chr03 NC_080389.1:11320187-11320199promoter 内 1416-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11316122-11317614(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAAAAAT
SmilChr01G000576 Chr01 NC_080387.1:11984707-11984719promoter 内 1410-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11987298-11989109(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGAGTCAACTTA
SmilChr03G003618 Chr03 NC_080389.1:54841331-54841343promoter 内 1325-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54844007-54848069(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTGAGTCAACAGG
SmilChr02G004891 Chr02 NC_080388.1:70961281-70961293promoter 内 1321-1333 bp - 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70957290-70958613(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTTTTGACTAGT
SmilChr02G001750 Chr02 NC_080388.1:32131993-32132005promoter 内 1219-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32127430-32129223(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCAGTCAACTCA
SmilChr02G005004 Chr02 NC_080388.1:71837652-71837664promoter 内 1092-1104 bp + 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71834042-71834755(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAACTTA
SmilChr03G003985 Chr03 NC_080389.1:58868960-58868972promoter 内 990-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58871971-58874203(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAAAA
SmilChr03G004174 Chr03 NC_080389.1:60481783-60481795promoter 内 988-1000 bp - 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 60484796-60488043(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAAAGTCAACTAG
SmilChr01G004727 Chr01 NC_080387.1:65454871-65454883promoter 内 979-991 bp - 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65449517-65451861(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTTTTGACTATT
SmilChr03G003059 Chr03 NC_080389.1:47483662-47483674promoter 内 890-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47479371-47480563(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCATTGACTATC
SmilChr03G001041 Chr03 NC_080389.1:12126461-12126473promoter 内 803-815 bp + 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12129659-12133243(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACATTTGACTAAT
SmilChr02G004071 Chr02 NC_080388.1:62994203-62994215promoter 内 773-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62988008-62990987(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTTTTGACTAGT
SmilChr01G001988 Chr01 NC_080387.1:35298521-35298533promoter 内 731-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35301791-35304445(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTATTTGACTATG
SmilChr03G000454 Chr03 NC_080389.1:4840079-4840091promoter 内 718-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4843362-4844382(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAAATGT
SmilChr03G002977 Chr03 NC_080389.1:46603151-46603163promoter 内 711-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46606441-46609044(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGTTGACTCAT
SmilChr02G003900 Chr02 NC_080388.1:61096482-61096494promoter 内 609-621 bp + 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61099874-61102522(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACATTTGACTAAT
SmilChr01G000195 Chr01 NC_080387.1:3369289-3369301promoter 内 566-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3372724-3373659(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGGAGTCAACATT
SmilChr01G001162 Chr01 NC_080387.1:23611294-23611306promoter 内 520-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23614775-23616980(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGTGTTGACTCAC
SmilChr02G005531 Chr02 NC_080388.1:75370957-75370969promoter 内 513-525 bp - 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75364076-75367481(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTTTTGACTATT
SmilChr03G002172 Chr03 NC_080389.1:33773514-33773526promoter 内 498-510 bp - 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33777017-33780060(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGGAGTCAACATT
SmilChr03G003696 Chr03 NC_080389.1:55889022-55889034promoter 内 451-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55892572-55902658(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTCCG
SmilChr01G005267 Chr01 NC_080387.1:70116953-70116965promoter 内 421-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70120533-70121264(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCATTGACTATC
SmilChr01G003563 Chr01 NC_080387.1:54230315-54230327promoter 内 375-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54224244-54226701(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAAGTTGACTCGT
SmilChr02G001784 Chr02 NC_080388.1:32608666-32608678promoter 内 328-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32612339-32619547(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACATTTGACTATA
SmilChr03G004025 Chr03 NC_080389.1:59227884-59227896promoter 内 275-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59231610-59234545(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAAATAC
SmilChr02G001996 Chr02 NC_080388.1:36071226-36071238promoter 内 265-277 bp + 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36054525-36067502(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACATG
SmilChr03G003600 Chr03 NC_080389.1:54623247-54623259promoter 内 239-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54627009-54632648(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTGAGTCAACAGG
SmilChr01G000923 Chr01 NC_080387.1:19572970-19572982promoter 内 218-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 19564842-19569199(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAAAAAA
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SmilChr01G002745 Chr01 NC_080387.1:45781105-45781117promoter 内 112-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45769517-45777228(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTTTTGACTATT
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SmilChr03G000885 Chr03 NC_080389.1:10050010-10050022promoter 内 3504-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 10042909-10049525(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTGAGTCAACATG
SmilChr01G004247 Chr01 NC_080387.1:60777112-60777124promoter 内 3423-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 60777690-60778462(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAAAATC
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