转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 125 / 134 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002616 Chr01 NC_080387.1:44435133-44435147promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44438488-44441195(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTTCTTA
SmilChr01G001849 Chr01 NC_080387.1:33420708-33420722promoter 内 631-645 bp - 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33424078-33425991(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAATCATTATTTTT
SmilChr02G002737 Chr02 NC_080388.1:47301045-47301059promoter 内 616-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47304430-47306172(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATCATTACGTAC
SmilChr03G002185 Chr03 NC_080389.1:34075172-34075186promoter 内 615-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34078558-34080770(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATGATAATT
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48033830-48033844promoter 内 598-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48037233-48039898(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTTCCCTA
SmilChr02G002745 Chr02 NC_080388.1:47437928-47437942promoter 内 588-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47433057-47434529(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATCATTAGAGTT
SmilChr01G001117 Chr01 NC_080387.1:22810084-22810098promoter 内 563-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22804136-22806660(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCGTGAAA
SmilChr02G005482 Chr02 NC_080388.1:75035136-75035150promoter 内 547-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75029459-75031696(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTAGGATC
SmilChr03G002376 Chr03 NC_080389.1:37497738-37497752promoter 内 543-557 bp - 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37492807-37494294(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGAACGATGATTAA
SmilChr01G004961 Chr01 NC_080387.1:67701012-67701026promoter 内 534-548 bp - 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 67695315-67697559(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGGTAATGATTTT
SmilChr01G000419 Chr01 NC_080387.1:8453546-8453560promoter 内 498-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8457049-8457720(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGGTAATGATTTT
SmilChr02G001035 Chr02 NC_080388.1:18398935-18398949promoter 内 488-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18393809-18395436(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTCACGATGATTAT
SmilChr03G002452 Chr03 NC_080389.1:38891756-38891770promoter 内 482-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38888180-38888251(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTTGAA
SmilChr03G000563 Chr03 NC_080389.1:6113817-6113831promoter 内 403-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6117415-6118876(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAACAAATGATTAA
SmilChr02G000643 Chr02 NC_080388.1:9727873-9727887promoter 内 396-410 bp - 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9721651-9724282(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAAGTAATGATAAA
SmilChr01G001824 Chr01 NC_080387.1:33190717-33190731promoter 内 371-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33184536-33187101(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCAACTCC
SmilChr01G000280 Chr01 NC_080387.1:5523952-5523966promoter 内 299-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5517309-5520264(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATAGCTTTT
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22290095-22290109promoter 内 249-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATCATTAGAGTT
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22306998-22307012promoter 内 241-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATCATTAGAGTT
SmilChr01G004433 Chr01 NC_080387.1:62421582-62421596promoter 内 176-190 bp + 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62425407-62433090(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAAGAAATGATTAA
SmilChr01G000880 Chr01 NC_080387.1:18696412-18696426promoter 内 173-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18700240-18701786(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACCAAA
SmilChr01G003588 Chr01 NC_080387.1:54427065-54427079promoter 内 152-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54430914-54433917(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTATCATTAGTTTC
SmilChr02G000962 Chr02 NC_080388.1:16786273-16786287promoter 内 83-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16776812-16782369(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACGCTG
SmilChr03G002451 Chr03 NC_080389.1:38891756-38891770promoter 内 34-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38885932-38887803(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTTGAA
SmilChr02G003067 Chr02 NC_080388.1:51538794-51538808promoter 内 2801-2815 bp - 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 51536815-51537608(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCGTGAAATGATTAT
SmilChr01G001985 Chr01 NC_080387.1:35279424-35279438promoter 内 1628-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 35281797-35284169(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACAGAAATGATTAG
SmilChr02G000140 Chr02 NC_080388.1:1870883-1870897promoter 内 1394-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 1873490-1874531(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTTATAATGATAAT
SmilChr01G005246 Chr01 NC_080387.1:69973326-69973340promoter 内 1280-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 69976047-69976967(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTTATGATTAT
SmilChr02G004852 Chr02 NC_080388.1:70682527-70682541promoter 内 1174-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 70678035-70679714(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATG
SmilChr03G002970 Chr03 NC_080389.1:46495552-46495566promoter 内 1032-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 46498521-46502501(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATTAATGATTAT
SmilChr01G001444 Chr01 NC_080387.1:28141452-28141466promoter 内 335-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 28136280-28137800(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCCGTA
SmilChr01G004349 Chr01 NC_080387.1:61696526-61696540promoter 内 198-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 61690687-61692737(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCTCTTCT
SmilChr01G001367 Chr01 NC_080387.1:27029002-27029016promoter 内 3967-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27029036-27032467(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAATCATTATATTT
SmilChr01G000364 Chr01 NC_080387.1:7538995-7539009promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7539047-7539838(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATGTAATGATTTA
SmilChr01G000369 Chr01 NC_080387.1:7620385-7620399promoter 内 3947-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7620268-7620345(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTAGGCAT
SmilChr01G001224 Chr01 NC_080387.1:24525639-24525653promoter 内 3896-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24524688-24525548(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATAATTACTTGT
SmilChr02G005215 Chr02 NC_080388.1:73350158-73350172promoter 内 3841-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73350318-73355226(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAGTGAA
SmilChr02G002613 Chr02 NC_080388.1:45307022-45307036promoter 内 3825-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45307198-45309376(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATGGCAATGATTTT
SmilChr02G004807 Chr02 NC_080388.1:70240470-70240484promoter 内 3817-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70236589-70240300(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATAAAATGATTAG
SmilChr03G001222 Chr03 NC_080389.1:14082886-14082900promoter 内 3734-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14078360-14082633(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAGCTAATGATGGA
SmilChr01G002443 Chr01 NC_080387.1:42009798-42009812promoter 内 3731-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42010068-42015034(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATAAAAATGATTAT
SmilChr03G002584 Chr03 NC_080389.1:41105210-41105224promoter 内 3715-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41105496-41109137(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATAAAC
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SmilChr01G002259 Chr01 NC_080387.1:39383511-39383525promoter 内 3663-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39380525-39383187(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATTGCAATGATTTT
SmilChr02G004748 Chr02 NC_080388.1:69689844-69689858promoter 内 3655-3669 bp + 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69684844-69689512(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTTTATTA
SmilChr01G005438 Chr01 NC_080387.1:71514315-71514329promoter 内 3599-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71509433-71513927(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATAAAC
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SmilChr01G005439 Chr01 NC_080387.1:71514315-71514329promoter 内 3504-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71514812-71518585(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTTATAATGATAAT