转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 125 / 134 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003913 Chr01 NC_080387.1:57403560-57403572promoter 内 3288-3300 bp - 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57398203-57402859(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr01G004850 Chr01 NC_080387.1:66648977-66648989promoter 内 3147-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66645360-66648135(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr02G003172 Chr02 NC_080388.1:52824141-52824153promoter 内 3111-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52825031-52826664(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GAAATGGATAATT
SmilChr01G001240 Chr01 NC_080387.1:24797724-24797736promoter 内 3033-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24798692-24798797(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCACCAT
SmilChr02G001347 Chr02 NC_080388.1:25178951-25178963promoter 内 3033-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25177889-25177995(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCACCAT
SmilChr02G001448 Chr02 NC_080388.1:27155300-27155312promoter 内 3033-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27154238-27154344(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCACCAT
SmilChr03G001732 Chr03 NC_080389.1:23282897-23282909promoter 内 3009-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23281811-23281917(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCACCAT
SmilChr01G003897 Chr01 NC_080387.1:57252721-57252733promoter 内 2994-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57247544-57251726(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr02G005408 Chr02 NC_080388.1:74591155-74591167promoter 内 2961-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74592195-74595504(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr02G003168 Chr02 NC_080388.1:52707429-52707441promoter 内 2956-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52703178-52706396(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr01G004108 Chr01 NC_080387.1:59591474-59591486promoter 内 2946-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59592529-59599790(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr02G002415 Chr02 NC_080388.1:42120266-42120278promoter 内 2900-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 42118035-42119177(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGTTATCCAAAAT
SmilChr02G004026 Chr02 NC_080388.1:62541238-62541250promoter 内 2842-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62536394-62540091(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
SmilChr02G000061 Chr02 NC_080388.1:777582-777594promoter 内 2821-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 776342-776414(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCAAAGG
SmilChr02G005418 Chr02 NC_080388.1:74641383-74641395promoter 内 2755-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74637606-74640149(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
SmilChr01G003786 Chr01 NC_080387.1:56257051-56257063promoter 内 2724-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56258328-56262030(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TACATGGATAATG
SmilChr01G005623 Chr01 NC_080387.1:72719296-72719308promoter 内 2650-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72716806-72717957(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCAAATC
SmilChr01G000431 Chr01 NC_080387.1:8601187-8601199promoter 内 2623-2635 bp + 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8602565-8606366(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TACATGGATAATG
SmilChr01G000971 Chr01 NC_080387.1:20582398-20582410promoter 内 2616-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20571972-20581025(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr01G005966 Chr01 NC_080387.1:75370810-75370822promoter 内 2605-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75372206-75373023(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGCGTGGATAATG
SmilChr02G003266 Chr02 NC_080388.1:53929364-53929376promoter 内 2587-2599 bp + 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53930778-53932551(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TACATGGATAATG
SmilChr02G001219 Chr02 NC_080388.1:22386231-22386243promoter 内 2552-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22384036-22384794(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCATTGG
SmilChr01G004692 Chr01 NC_080387.1:64981247-64981259promoter 内 2493-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64979087-64979751(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AAAGTGGATAATT
SmilChr02G001991 Chr02 NC_080388.1:36004751-36004763promoter 内 2471-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36006281-36008259(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCAAATC
SmilChr02G000582 Chr02 NC_080388.1:8381139-8381151promoter 内 2439-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8382701-8383882(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCATGTA
SmilChr02G000725 Chr02 NC_080388.1:11786909-11786921promoter 内 2347-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11784668-11785267(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTATGGATAATA
SmilChr02G003487 Chr02 NC_080388.1:56130225-56130237promoter 内 2251-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56131975-56134674(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGAGTGGATAACT
SmilChr01G004693 Chr01 NC_080387.1:64981247-64981259promoter 内 2188-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64983060-64985774(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATTATCCACTTT
SmilChr03G001951 Chr03 NC_080389.1:27828882-27828894promoter 内 2111-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27830772-27838316(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TACATGGATAATG
SmilChr02G002513 Chr02 NC_080388.1:43630566-43630578promoter 内 2086-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43632481-43634332(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTATCCAAATT
SmilChr03G000227 Chr03 NC_080389.1:2718176-2718188promoter 内 2078-2090 bp + 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2714835-2716265(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCATGCC
SmilChr01G002777 Chr01 NC_080387.1:46211594-46211606promoter 内 2059-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46205267-46209664(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTGAGGGATAAGA
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44998272-44998284promoter 内 1992-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44995205-44996275(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCATCAA
SmilChr01G001071 Chr01 NC_080387.1:22099097-22099109promoter 内 1958-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22101140-22111815(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
SmilChr01G002796 Chr01 NC_080387.1:46453784-46453796promoter 内 1943-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46455842-46458021(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCACGCT
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