转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 127 / 134 下载 TSV

上一页 127 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001588 Chr03 NC_080389.1:20158703-20158717promoter 内 2631-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20155339-20157347(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTCCCAATGATTGT
SmilChr03G001438 Chr03 NC_080389.1:17069404-17069418promoter 内 2613-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17070792-17073998(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCCATCATTAATTAT
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46280173-46280187promoter 内 2551-2565 bp - 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46272630-46278737(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGATGCAATGATTTG
SmilChr01G004891 Chr01 NC_080387.1:66980234-66980248promoter 内 2548-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66977992-66978795(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAAAAAT
SmilChr02G003066 Chr02 NC_080388.1:51528066-51528080promoter 内 2544-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51526119-51526623(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCGTGAAATGATTAT
SmilChr02G002532 Chr02 NC_080388.1:44030086-44030100promoter 内 2535-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44027948-44028634(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCGTGAAATGATTAT
SmilChr01G001791 Chr01 NC_080387.1:32769661-32769675promoter 内 2487-2501 bp + 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32771175-32776784(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTTATAATGATAAT
SmilChr02G002531 Chr02 NC_080388.1:44019175-44019189promoter 内 2487-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44017036-44017675(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCGTGAAATGATTAT
SmilChr02G000201 Chr02 NC_080388.1:2584938-2584952promoter 内 2483-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2586456-2586910(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCGTGAAATGATTAT
SmilChr02G005130 Chr02 NC_080388.1:72766973-72766987promoter 内 2473-2487 bp - 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72768501-72771813(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTAACATA
SmilChr03G001243 Chr03 NC_080389.1:14329154-14329168promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14330689-14331128(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCGTGAAATGATTAT
SmilChr02G003928 Chr02 NC_080388.1:61354477-61354491promoter 内 2456-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61356022-61361913(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTCACGC
SmilChr02G003972 Chr02 NC_080388.1:61897907-61897921promoter 内 2446-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61899462-61904948(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATAATTACTTCA
SmilChr02G001004 Chr02 NC_080388.1:17727888-17727902promoter 内 2417-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17729472-17730424(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCGTGAAATGATTAT
SmilChr03G000251 Chr03 NC_080389.1:2976555-2976569promoter 内 2397-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2963739-2974965(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATTGTAATGATAGG
SmilChr02G003406 Chr02 NC_080388.1:55231791-55231805promoter 内 2396-2410 bp - 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55233396-55240707(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATAAAC
SmilChr02G002376 Chr02 NC_080388.1:41648138-41648152promoter 内 2334-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41649805-41652168(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTCTCA
SmilChr03G002518 Chr03 NC_080389.1:40118386-40118400promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40120085-40122266(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTCACGC
SmilChr03G000059 Chr03 NC_080389.1:628324-628338promoter 内 2280-2294 bp + 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 624084-626617(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCTATCATTACAATA
SmilChr02G001970 Chr02 NC_080388.1:35657196-35657210promoter 内 2256-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35655041-35655465(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCGTGAAATGATTAT
SmilChr01G005293 Chr01 NC_080387.1:70254447-70254461promoter 内 2244-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70256204-70259878(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATTATTACTTGA
SmilChr02G004827 Chr02 NC_080388.1:70373304-70373318promoter 内 2216-2230 bp + 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70375089-70379544(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAAATAATGATTTC
SmilChr01G002733 Chr01 NC_080387.1:45683839-45683853promoter 内 2203-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45685637-45692581(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTTTATG
SmilChr03G001470 Chr03 NC_080389.1:17558080-17558094promoter 内 2202-2216 bp + 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17553895-17556295(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTAGCTCT
SmilChr03G000436 Chr03 NC_080389.1:4721201-4721215promoter 内 2180-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4717686-4719394(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTATTAATGATGAA
SmilChr01G002876 Chr01 NC_080387.1:47344433-47344447promoter 内 2130-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47346304-47347005(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCGATAATGATGGA
SmilChr01G000129 Chr01 NC_080387.1:2192978-2192992promoter 内 2106-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2188602-2191097(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAAAAATGATTAG
SmilChr03G000481 Chr03 NC_080389.1:5124484-5124498promoter 内 1983-1997 bp + 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5118033-5122480(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCCACG
SmilChr02G005515 Chr02 NC_080388.1:75264772-75264786promoter 内 1981-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75255863-75262766(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTTGCAATGATTTT
SmilChr03G000753 Chr03 NC_080389.1:8604564-8604578promoter 内 1926-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8606639-8621644(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGTGCAATGATTTG
SmilChr01G001120 Chr01 NC_080387.1:22823817-22823831promoter 内 1918-1932 bp + 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22825900-22826668(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCGATAATGATGGA
SmilChr01G003957 Chr01 NC_080387.1:57948731-57948745promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57945095-57946661(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATTCG
SmilChr02G003267 Chr02 NC_080388.1:53934754-53934768promoter 内 1876-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53936879-53938637(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACAGCAATGATTTC
SmilChr02G003472 Chr02 NC_080388.1:56034421-56034435promoter 内 1847-1861 bp - 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56029282-56032281(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTTTAATGATGGT
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53008527-53008541promoter 内 1846-1860 bp - 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53010682-53013283(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATTATTACTTGA
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