靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00006712-RA_Salv |
SmilChr05G002364 |
WRKY | XP_057809766.1 |
MP00069 |
AGTCAACG |
9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 13 / 158 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G004946 |
Chr01 | NC_080387.1:67558772-67558779promoter 内 3858-3865 bp |
+ | 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 67555120-67558636(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr04G001923 |
Chr04 | NC_080390.1:31341974-31341981promoter 内 3856-3863 bp |
- | 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 31340151-31341836(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G002872 |
Chr02 | NC_080388.1:48963773-48963780promoter 内 3855-3862 bp |
- | 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48957194-48963634(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G002407 |
Chr02 | NC_080388.1:42025341-42025348promoter 内 3845-3852 bp |
+ | 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42025497-42026438(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr04G002919 |
Chr04 | NC_080390.1:45418626-45418633promoter 内 3841-3848 bp |
+ | 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 45418786-45420645(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr05G003836 |
Chr05 | NC_080391.1:51811749-51811756promoter 内 3839-3846 bp |
+ | 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51811911-51812653(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G000544 |
Chr02 | NC_080388.1:7500161-7500168promoter 内 3836-3843 bp |
- | 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 7500326-7500844(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr07G002421 |
Chr07 | NC_080393.1:22550179-22550186promoter 内 3834-3841 bp |
- | 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 22550346-22551014(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr01G002768 |
Chr01 | NC_080387.1:46132686-46132693promoter 内 3831-3838 bp |
- | 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 46131516-46132523(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr05G000957 |
Chr05 | NC_080391.1:7723938-7723945promoter 内 3829-3836 bp |
- | 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 7724110-7726892(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr06G000450 |
Chr06 | NC_080392.1:3646468-3646475promoter 内 3825-3832 bp |
+ | 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3646644-3649686(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr04G000439 |
Chr04 | NC_080390.1:4647795-4647802promoter 内 3822-3829 bp |
- | 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 4647974-4659034(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr06G002147 |
Chr06 | NC_080392.1:29164712-29164719promoter 内 3820-3827 bp |
- | 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 29164893-29195347(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr04G002928 |
Chr04 | NC_080390.1:45545349-45545356promoter 内 3817-3824 bp |
- | 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 45545533-45546438(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr02G002986 |
Chr02 | NC_080388.1:50476664-50476671promoter 内 3809-3816 bp |
+ | 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 50476856-50479922(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G003298 |
Chr02 | NC_080388.1:54250714-54250721promoter 内 3794-3801 bp |
+ | 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54248813-54250514(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr04G002937 |
Chr04 | NC_080390.1:45600173-45600180promoter 内 3794-3801 bp |
- | 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 45600380-45602789(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr03G001271 |
Chr03 | NC_080389.1:14782017-14782024promoter 内 3788-3795 bp |
- | 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 14781254-14781811(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr04G001596 |
Chr04 | NC_080390.1:26585374-26585381promoter 内 3788-3795 bp |
+ | 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 26585587-26587743(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G005180 |
Chr02 | NC_080388.1:73092949-73092956promoter 内 3786-3793 bp |
- | 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 73088503-73092741(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr04G003481 |
Chr04 | NC_080390.1:51253797-51253804promoter 内 3784-3791 bp |
- | 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51252682-51253587(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr07G000301 |
Chr07 | NC_080393.1:1981411-1981418promoter 内 3784-3791 bp |
- | 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 1979802-1981201(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr07G003231 |
Chr07 | NC_080393.1:34310240-34310247promoter 内 3781-3788 bp |
- | 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34302185-34310027(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G002091 |
Chr02 | NC_080388.1:37539565-37539572promoter 内 3778-3785 bp |
- | 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 37538642-37539349(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr07G002259 |
Chr07 | NC_080393.1:20793465-20793472promoter 内 3778-3785 bp |
+ | 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 20792285-20793249(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr04G001091 |
Chr04 | NC_080390.1:15618517-15618524promoter 内 3775-3782 bp |
+ | 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 15618743-15622884(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G003673 |
Chr02 | NC_080388.1:58105369-58105376promoter 内 3770-3777 bp |
- | 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 58104390-58105145(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G002874 |
Chr02 | NC_080388.1:48997179-48997186promoter 内 3761-3768 bp |
- | 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48993750-48996946(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr05G000189 |
Chr05 | NC_080391.1:1504298-1504305promoter 内 3752-3759 bp |
+ | 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 1504547-1509463(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr01G003207 |
Chr01 | NC_080387.1:50856581-50856588promoter 内 3749-3756 bp |
+ | 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 50856833-50858826(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr03G004001 |
Chr03 | NC_080389.1:59043299-59043306promoter 内 3748-3755 bp |
+ | 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 59038436-59043053(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr06G002316 |
Chr06 | NC_080392.1:33420997-33421004promoter 内 3740-3747 bp |
- | 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33421258-33423414(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr02G001890 |
Chr02 | NC_080388.1:34190798-34190805promoter 内 3738-3745 bp |
- | 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34191061-34193024(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr07G002307 |
Chr07 | NC_080393.1:21338460-21338467promoter 内 3730-3737 bp |
- | 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 21333412-21338196(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
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Chr03 | NC_080389.1:52785786-52785793promoter 内 3729-3736 bp |
- | 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 52782533-52785521(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr05G002511 |
Chr05 | NC_080391.1:27869805-27869812promoter 内 3728-3735 bp |
- | 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 27869027-27869539(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
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+ | 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 28350707-28351219(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr07G003630 |
Chr07 | NC_080393.1:42882786-42882793promoter 内 3727-3734 bp |
+ | 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42883060-42890052(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G003332 |
Chr02 | NC_080388.1:54563572-54563579promoter 内 3720-3727 bp |
- | 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54563853-54572590(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr07G002272 |
Chr07 | NC_080393.1:20935230-20935237promoter 内 3715-3722 bp |
- | 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 20935516-20938996(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
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Chr04 | NC_080390.1:31583287-31583294promoter 内 3709-3716 bp |
- | 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 31583579-31585735(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
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- | 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 47679646-47680769(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
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Chr06 | NC_080392.1:665792-665799promoter 内 3709-3716 bp |
- | 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 666084-670549(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
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+ | 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 61823186-61824418(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACT |
SmilChr03G004077 |
Chr03 | NC_080389.1:59706620-59706627promoter 内 3703-3710 bp |
- | 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 59705038-59706329(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
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SmilChr02G001255 |
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+ | 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 23049463-23051744(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
AGTCAACG |
SmilChr02G000303 |
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- | 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3834255-3838689(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
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Chr04 | NC_080390.1:39230319-39230326promoter 内 3697-3704 bp |
- | 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 39230623-39236288(+) |
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SmilChr03G002307 |
Chr03 | NC_080389.1:36323075-36323082promoter 内 3689-3696 bp |
- | 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 36323387-36324470(+) |
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MP00069 |
CGTTGACT |