转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 13 / 158 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004946 Chr01 NC_080387.1:67558772-67558779promoter 内 3858-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 67555120-67558636(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G001923 Chr04 NC_080390.1:31341974-31341981promoter 内 3856-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31340151-31341836(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G002872 Chr02 NC_080388.1:48963773-48963780promoter 内 3855-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48957194-48963634(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G002407 Chr02 NC_080388.1:42025341-42025348promoter 内 3845-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42025497-42026438(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G002919 Chr04 NC_080390.1:45418626-45418633promoter 内 3841-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45418786-45420645(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G003836 Chr05 NC_080391.1:51811749-51811756promoter 内 3839-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51811911-51812653(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7500161-7500168promoter 内 3836-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7500326-7500844(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr07G002421 Chr07 NC_080393.1:22550179-22550186promoter 内 3834-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22550346-22551014(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G002768 Chr01 NC_080387.1:46132686-46132693promoter 内 3831-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46131516-46132523(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G000957 Chr05 NC_080391.1:7723938-7723945promoter 内 3829-3836 bp - 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7724110-7726892(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G000450 Chr06 NC_080392.1:3646468-3646475promoter 内 3825-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3646644-3649686(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G000439 Chr04 NC_080390.1:4647795-4647802promoter 内 3822-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4647974-4659034(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G002147 Chr06 NC_080392.1:29164712-29164719promoter 内 3820-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29164893-29195347(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G002928 Chr04 NC_080390.1:45545349-45545356promoter 内 3817-3824 bp - 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45545533-45546438(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G002986 Chr02 NC_080388.1:50476664-50476671promoter 内 3809-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50476856-50479922(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G003298 Chr02 NC_080388.1:54250714-54250721promoter 内 3794-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54248813-54250514(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G002937 Chr04 NC_080390.1:45600173-45600180promoter 内 3794-3801 bp - 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45600380-45602789(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G001271 Chr03 NC_080389.1:14782017-14782024promoter 内 3788-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14781254-14781811(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G001596 Chr04 NC_080390.1:26585374-26585381promoter 内 3788-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26585587-26587743(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G005180 Chr02 NC_080388.1:73092949-73092956promoter 内 3786-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 73088503-73092741(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G003481 Chr04 NC_080390.1:51253797-51253804promoter 内 3784-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51252682-51253587(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G000301 Chr07 NC_080393.1:1981411-1981418promoter 内 3784-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1979802-1981201(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G003231 Chr07 NC_080393.1:34310240-34310247promoter 内 3781-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34302185-34310027(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G002091 Chr02 NC_080388.1:37539565-37539572promoter 内 3778-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37538642-37539349(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G002259 Chr07 NC_080393.1:20793465-20793472promoter 内 3778-3785 bp + 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 20792285-20793249(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G001091 Chr04 NC_080390.1:15618517-15618524promoter 内 3775-3782 bp + 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15618743-15622884(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G003673 Chr02 NC_080388.1:58105369-58105376promoter 内 3770-3777 bp - 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58104390-58105145(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G002874 Chr02 NC_080388.1:48997179-48997186promoter 内 3761-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48993750-48996946(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G000189 Chr05 NC_080391.1:1504298-1504305promoter 内 3752-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1504547-1509463(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50856581-50856588promoter 内 3749-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G004001 Chr03 NC_080389.1:59043299-59043306promoter 内 3748-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59038436-59043053(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G002316 Chr06 NC_080392.1:33420997-33421004promoter 内 3740-3747 bp - 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33421258-33423414(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G001890 Chr02 NC_080388.1:34190798-34190805promoter 内 3738-3745 bp - 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34191061-34193024(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr07G002307 Chr07 NC_080393.1:21338460-21338467promoter 内 3730-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21333412-21338196(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G003439 Chr03 NC_080389.1:52785786-52785793promoter 内 3729-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52782533-52785521(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr05G002511 Chr05 NC_080391.1:27869805-27869812promoter 内 3728-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 27869027-27869539(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
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