转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 130 / 147 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005424 Chr02 NC_080388.1:74716159-74716168promoter 内 1203-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 74710572-74713370(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAC
SmilChr03G000889 Chr03 NC_080389.1:10165661-10165670promoter 内 1186-1195 bp + 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 10157737-10162855(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr03G001798 Chr03 NC_080389.1:24603588-24603597promoter 内 1184-1193 bp + 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 24598375-24600780(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr02G002700 Chr02 NC_080388.1:46804590-46804599promoter 内 1139-1148 bp + 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46797249-46801737(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr01G006039 Chr01 NC_080387.1:75893134-75893143promoter 内 1117-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 75886241-75890259(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACATT
SmilChr01G001544 Chr01 NC_080387.1:29442806-29442815promoter 内 962-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 29445845-29446040(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr04G001533 Chr04 NC_080390.1:25245687-25245696promoter 内 960-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 25248728-25251709(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACATT
SmilChr01G001576 Chr01 NC_080387.1:29794455-29794464promoter 内 953-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 29797503-29797698(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr03G000501 Chr03 NC_080389.1:5397443-5397452promoter 内 950-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5393394-5394401(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACATT
SmilChr03G001179 Chr03 NC_080389.1:13526858-13526867promoter 内 896-905 bp - 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 13529963-13531589(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGTGTCGGAG
SmilChr02G001336 Chr02 NC_080388.1:24828370-24828379promoter 内 858-867 bp - 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 24831513-24832456(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAC
SmilChr02G002857 Chr02 NC_080388.1:48775232-48775241promoter 内 855-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 48768678-48772095(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr03G002643 Chr03 NC_080389.1:42038173-42038182promoter 内 744-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 42029806-42034925(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAC
SmilChr03G000502 Chr03 NC_080389.1:5397443-5397452promoter 内 733-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5400711-5403219(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr02G001541 Chr02 NC_080388.1:28675932-28675941promoter 内 681-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 28672181-28672621(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr01G000716 Chr01 NC_080387.1:16037703-16037712promoter 内 670-679 bp + 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 16041034-16043508(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAGT
SmilChr04G000451 Chr04 NC_080390.1:4783036-4783045promoter 内 497-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 4786540-4800066(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAC
SmilChr02G004409 Chr02 NC_080388.1:66415512-66415521promoter 内 468-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 66408238-66411988(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAT
SmilChr03G001559 Chr03 NC_080389.1:19654537-19654546promoter 内 398-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 19658140-19659509(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACATT
SmilChr03G002516 Chr03 NC_080389.1:40034956-40034965promoter 内 374-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 40029942-40031338(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AATGTCGGAA
SmilChr03G000469 Chr03 NC_080389.1:5017016-5017025promoter 内 305-314 bp - 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5007391-5013329(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAT
SmilChr03G002875 Chr03 NC_080389.1:45422511-45422520promoter 内 294-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 45426218-45438535(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAT
SmilChr03G000857 Chr03 NC_080389.1:9800353-9800362promoter 内 244-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9789202-9796605(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AGTGTCGGAG
SmilChr03G003485 Chr03 NC_080389.1:53434861-53434870promoter 内 220-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 53425898-53431089(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAC
SmilChr02G003004 Chr02 NC_080388.1:50694455-50694464promoter 内 86-95 bp + 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 50689365-50690549(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGAC
SmilChr01G005840 Chr01 NC_080387.1:74414020-74414029promoter 内 64-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 74405949-74410092(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACAAT
SmilChr03G004082 Chr03 NC_080389.1:59753926-59753935promoter 内 49-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 59746806-59749983(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACTGTCGGAC
SmilChr01G004730 Chr01 NC_080387.1:65467578-65467587promoter 内 3222-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 65468357-65469247(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GGTGTCGGAC
SmilChr01G004310 Chr01 NC_080387.1:61276775-61276784promoter 内 2586-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 61278190-61287644(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCGC
SmilChr02G000765 Chr02 NC_080388.1:12523203-12523212promoter 内 2578-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 12517283-12521789(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GGTGTCGGAC
SmilChr03G003155 Chr03 NC_080389.1:49523879-49523888promoter 内 2005-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 48912586-49521892(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCGCGACAAA
SmilChr02G002114 Chr02 NC_080388.1:37827181-37827190promoter 内 1455-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 37814648-37824644(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCGCGACAAA
SmilChr03G003453 Chr03 NC_080389.1:52893286-52893295promoter 内 1008-1017 bp - 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 52896279-52899417(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCGC
SmilChr03G004088 Chr03 NC_080389.1:59782482-59782491promoter 内 789-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 59775918-59779279(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACACC
SmilChr01G004729 Chr01 NC_080387.1:65467578-65467587promoter 内 599-608 bp - 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 65461649-65464185(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTCCGACACC
SmilChr02G003230 Chr02 NC_080388.1:53572147-53572156promoter 内 586-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 53575562-53577213(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GGTGTCGGAC
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