转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 132 / 138 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001589 Chr05 NC_080391.1:14591752-14591766promoter 内 2764-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14585567-14590529(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTCGTGAACCGTTG
SmilChr06G003288 Chr06 NC_080392.1:45440681-45440695promoter 内 2750-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45437919-45439444(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGCGAACGACCGTTG
SmilChr02G004429 Chr02 NC_080388.1:66646621-66646635promoter 内 2641-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66640131-66645275(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCGCAACTACCGTTG
SmilChr05G001272 Chr05 NC_080391.1:10874548-10874562promoter 内 2598-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10871737-10873159(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGCAATAAACCGTTG
SmilChr03G002482 Chr03 NC_080389.1:39406975-39406989promoter 内 2487-2501 bp + 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 39408489-39409055(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTGATGAGACCGTTT
SmilChr01G003942 Chr01 NC_080387.1:57757372-57757386promoter 内 2473-2487 bp + 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57754694-57755858(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGGTGATT
SmilChr06G002774 Chr06 NC_080392.1:40357567-40357581promoter 内 2401-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40348053-40355981(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGCTTAAGACCGTTA
SmilChr03G002670 Chr03 NC_080389.1:42396000-42396014promoter 内 2272-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42397729-42404320(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATATATGACCGCTA
SmilChr03G002684 Chr03 NC_080389.1:42633448-42633462promoter 内 2246-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42635203-42639344(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATATATGACCGCTA
SmilChr02G003776 Chr02 NC_080388.1:59445559-59445573promoter 内 2228-2242 bp + 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59441556-59443800(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCACTGAA
SmilChr04G001044 Chr04 NC_080390.1:14862222-14862236promoter 内 2205-2219 bp + 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14857660-14860440(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGTCATTTTAC
SmilChr06G000075 Chr06 NC_080392.1:562915-562929promoter 内 2151-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 564765-567642(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGTCAATTTCT
SmilChr08G003115 Chr08 NC_080394.1:31381590-31381604promoter 内 2089-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31383502-31386429(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAGGCCAGACCGTTG
SmilChr08G000343 Chr08 NC_080394.1:2389500-2389514promoter 内 1923-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2385833-2387436(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGTTTAGACCGTTT
SmilChr02G003777 Chr02 NC_080388.1:59445559-59445573promoter 内 1904-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59447656-59449556(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTCAGTGAACCGTTG
SmilChr08G002789 Chr08 NC_080394.1:27589690-27589704promoter 内 1883-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27591808-27593213(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTGAAT
SmilChr08G002972 Chr08 NC_080394.1:29737385-29737399promoter 内 1870-1884 bp + 2117 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29739516-29741020(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGATTTAGACCGTTT
SmilChr07G002139 Chr07 NC_080393.1:19535840-19535854promoter 内 1789-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19526904-19533642(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTCACAAACCGTTG
SmilChr05G002036 Chr05 NC_080391.1:21200146-21200160promoter 内 1732-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21195994-21197891(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTATGTGACCGTAA
SmilChr03G001959 Chr03 NC_080389.1:28084053-28084067promoter 内 1713-1727 bp - 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28080979-28081779(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATAAATTGACCGTAA
SmilChr08G002892 Chr08 NC_080394.1:28798942-28798956promoter 内 1698-1712 bp - 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28793488-28796653(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAGCCAAAACCGTTG
SmilChr05G000574 Chr05 NC_080391.1:4313533-4313547promoter 内 1671-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4315863-4318154(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGACGCCG
SmilChr03G004563 Chr03 NC_080389.1:63573529-63573543promoter 内 1516-1530 bp - 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63565992-63571058(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCGCAACTACCGTTG
SmilChr05G004289 Chr05 NC_080391.1:56663756-56663770promoter 内 1509-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56666248-56666994(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTCTGAGACCGTTA
SmilChr03G001960 Chr03 NC_080389.1:28084053-28084067promoter 内 1365-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28086689-28096713(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGTCAATTTAT
SmilChr04G001333 Chr04 NC_080390.1:21525041-21525055promoter 内 1225-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21527817-21535119(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGGCGCCGACCGTTG
SmilChr05G002051 Chr05 NC_080391.1:21369980-21369994promoter 内 1183-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21367106-21367176(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGATCGGG
SmilChr05G004181 Chr05 NC_080391.1:55724901-55724915promoter 内 1153-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55717150-55722067(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCAGCGAAACCGTTG
SmilChr07G000402 Chr07 NC_080393.1:2770930-2770944promoter 内 1137-1151 bp - 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2773794-2775039(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTGCAGC
SmilChr02G004834 Chr02 NC_080388.1:70456444-70456458promoter 内 1019-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70459426-70471260(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGCTCGTA
SmilChr01G001266 Chr01 NC_080387.1:25344556-25344570promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25347690-25350063(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAGCCAAAACCGTTG
SmilChr03G001476 Chr03 NC_080389.1:17756514-17756528promoter 内 839-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17759676-17762201(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTGCAAACCGTTG
SmilChr01G000601 Chr01 NC_080387.1:13071720-13071734promoter 内 780-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13065988-13068513(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTGCAAACCGTTG
SmilChr01G000070 Chr01 NC_080387.1:1199537-1199551promoter 内 773-787 bp + 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1202765-1205423(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTGCAAACCGTTG
SmilChr04G001171 Chr04 NC_080390.1:17531679-17531693promoter 内 724-738 bp + 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17534956-17537932(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTGCAAACCGTTG
SmilChr06G002306 Chr06 NC_080392.1:33294687-33294701promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33298045-33300441(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTGCAAACCGTTG
SmilChr07G004588 Chr07 NC_080393.1:58692475-58692489promoter 内 589-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58686737-58689077(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTGCAAACCGTTG
SmilChr06G003287 Chr06 NC_080392.1:45440681-45440695promoter 内 581-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45429592-45437275(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGCGAACGACCGTTG
SmilChr02G004357 Chr02 NC_080388.1:65862570-65862584promoter 内 508-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 65866063-65868588(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCCGATCGACCGTTG
SmilChr02G000122 Chr02 NC_080388.1:1669586-1669600promoter 内 498-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1663208-1666097(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCACAATACCGTTG
SmilChr01G003928 Chr01 NC_080387.1:57558081-57558095promoter 内 476-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57551499-57554570(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTGTTTCGACCGTTT
SmilChr04G000242 Chr04 NC_080390.1:2195376-2195390promoter 内 379-393 bp - 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2190371-2191768(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCCTTCATACCGTTG
SmilChr05G000737 Chr05 NC_080391.1:5628956-5628970promoter 内 313-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5621468-5625282(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCTAAACTC
SmilChr05G002439 Chr05 NC_080391.1:26896145-26896159promoter 内 295-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26889656-26892453(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTCCCACC
SmilChr05G002440 Chr05 NC_080391.1:26896145-26896159promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26899896-26901729(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGTGGGAGACCGTTG
SmilChr04G000953 Chr04 NC_080390.1:12608096-12608110promoter 内 228-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12603765-12604337(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACGGTGGA
SmilChr03G002205 Chr03 NC_080389.1:34753546-34753560promoter 内 168-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34757379-34761774(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCTGTAAGACCGTTA
SmilChr07G001018 Chr07 NC_080393.1:7407326-7407340promoter 内 145-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7402622-7403484(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAGCGGTCATATATA
SmilChr01G004100 Chr01 NC_080387.1:59458306-59458320promoter 内 84-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59462223-59463940(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCTAAATCA
SmilChr04G003512 Chr04 NC_080390.1:51485445-51485459promoter 内 78-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51479564-51481536(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGGAGCTACCGTTG