转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 132 / 164 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G002671 Chr03 NC_080389.1:42434437-42434451promoter 内 1511-1525 bp - 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42430941-42431961(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTGTAGTAGGTGAT
SmilChr06G002221 Chr06 NC_080392.1:31182184-31182198promoter 内 1458-1472 bp - 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31184727-31188274(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTGATTT
SmilChr03G003999 Chr03 NC_080389.1:59036692-59036706promoter 内 1425-1439 bp + 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 59031020-59034130(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTTAACT
SmilChr08G001179 Chr08 NC_080394.1:9466041-9466055promoter 内 1339-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9458028-9463393(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCCTAAC
SmilChr06G000896 Chr06 NC_080392.1:8475438-8475452promoter 内 1334-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8466820-8472785(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAACTACCAAAAT
SmilChr01G000530 Chr01 NC_080387.1:10840696-10840710promoter 内 1005-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10834673-10837714(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTAC
SmilChr06G001836 Chr06 NC_080392.1:21563047-21563061promoter 内 1005-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21556603-21560065(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTAAAAG
SmilChr04G002676 Chr04 NC_080390.1:42208130-42208144promoter 内 948-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42202658-42205091(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGTTGTA
SmilChr03G000247 Chr03 NC_080389.1:2921101-2921115promoter 内 927-941 bp - 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2924175-2925187(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCTCA
SmilChr03G001987 Chr03 NC_080389.1:29126191-29126205promoter 内 917-931 bp - 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29109433-29123121(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCTGGGTAGGTTAA
SmilChr05G002416 Chr05 NC_080391.1:26695056-26695070promoter 内 870-884 bp + 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 26689756-26691939(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAACTACCAAACA
SmilChr07G000192 Chr07 NC_080393.1:1213054-1213068promoter 内 845-859 bp + 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1207942-1209912(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATTACCG
SmilChr06G001184 Chr06 NC_080392.1:12056219-12056233promoter 内 790-804 bp - 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12046038-12053022(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTCGGTAGGTTAG
SmilChr07G003019 Chr07 NC_080393.1:31232967-31232981promoter 内 774-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31236194-31238241(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGTTGGT
SmilChr03G001364 Chr03 NC_080389.1:16001481-16001495promoter 内 722-736 bp - 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15995515-15998216(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTATTATTAGGTGAG
SmilChr07G001902 Chr07 NC_080393.1:16425470-16425484promoter 内 705-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16428766-16435894(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTAGTAGGTGAT
SmilChr02G003314 Chr02 NC_080388.1:54394168-54394182promoter 内 692-706 bp + 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54397477-54399615(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGTGGTAGGAGGA
SmilChr01G005912 Chr01 NC_080387.1:74969226-74969240promoter 内 680-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74964568-74965919(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACAACTACCAAAAA
SmilChr06G000048 Chr06 NC_080392.1:403252-403266promoter 内 667-681 bp + 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 395682-399932(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATACCTACCAAGAT
SmilChr03G002983 Chr03 NC_080389.1:46650753-46650767promoter 内 585-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46642713-46647351(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAACCTACCTCAAC
SmilChr03G000253 Chr03 NC_080389.1:2998388-2998402promoter 内 551-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2993546-2994952(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTATAAA
SmilChr03G003259 Chr03 NC_080389.1:50489851-50489865promoter 内 476-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50493376-50494987(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATCGAGTAGGTGAA
SmilChr01G002283 Chr01 NC_080387.1:39623133-39623147promoter 内 369-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 39613927-39619515(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTGGTAGGTCAA
SmilChr02G004752 Chr02 NC_080388.1:69716577-69716591promoter 内 319-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69720259-69726423(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCTTGGTAGGTTTG
SmilChr05G002090 Chr05 NC_080391.1:21888671-21888685promoter 内 317-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21883501-21885001(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACCTGGTAGGTTAA
SmilChr05G000221 Chr05 NC_080391.1:1733801-1733815promoter 内 228-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1727623-1730042(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCTAC
SmilChr04G000500 Chr04 NC_080390.1:5461682-5461696promoter 内 223-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 5465460-5466367(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGTGGGTAGGTTCA
SmilChr08G001287 Chr08 NC_080394.1:10252846-10252860promoter 内 189-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10256658-10269334(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTAGGTAGGTTGT
SmilChr06G002582 Chr06 NC_080392.1:37050431-37050445promoter 内 160-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37045143-37046604(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACTTGGTAGTTTGG
SmilChr06G002960 Chr06 NC_080392.1:42389972-42389986promoter 内 143-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42393830-42394441(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAAAGGTAGGTATA
SmilChr03G001654 Chr03 NC_080389.1:21498080-21498094promoter 内 137-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21501944-21504123(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCTCA
SmilChr03G004684 Chr03 NC_080389.1:64254227-64254241promoter 内 123-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64249254-64250363(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAAAGGTAGGTAGT
SmilChr02G003612 Chr02 NC_080388.1:57369890-57369904promoter 内 119-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57365660-57366022(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTTGAGTAGGTGTG
SmilChr07G000316 Chr07 NC_080393.1:2106267-2106281promoter 内 82-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2110186-2113364(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTGCACT
SmilChr03G001288 Chr03 NC_080389.1:15099196-15099210promoter 内 35-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15089338-15095244(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAACCTACCACCAA
SmilChr02G004472 Chr02 NC_080388.1:67106649-67106663promoter 内 3488-3502 bp - 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 67107162-67112851(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTCACTA
SmilChr08G001029 Chr08 NC_080394.1:7819257-7819271promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 7819790-7821764(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTTTATT
SmilChr05G002012 Chr05 NC_080391.1:20834611-20834625promoter 内 3233-3247 bp + 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 20835379-20836400(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTTATTAGGTGAA
SmilChr07G001122 Chr07 NC_080393.1:8402834-8402848promoter 内 3095-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 8348773-8401942(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTTATTAGGTGAA
SmilChr07G001658 Chr07 NC_080393.1:14046305-14046319promoter 内 3031-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 14041642-14045349(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTTATTAGGTGAA
SmilChr04G003905 Chr04 NC_080390.1:54812327-54812341promoter 内 2487-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 54813841-54813912(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACTCCTAC
SmilChr06G001296 Chr06 NC_080392.1:13505213-13505227promoter 内 2390-2404 bp + 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 13500500-13503616(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTGATC
SmilChr05G004042 Chr05 NC_080391.1:54395509-54395523promoter 内 456-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 54399054-54401573(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCAACTACCAAAAA
SmilChr04G003034 Chr04 NC_080390.1:46817980-46817994promoter 内 270-284 bp + 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 46821711-46828346(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAGTGTTAGGTGAT
SmilChr02G005242 Chr02 NC_080388.1:73596143-73596157promoter 内 3930-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 73594646-73596086(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAATTGGTAGTTGTA
SmilChr02G003811 Chr02 NC_080388.1:59736134-59736148promoter 内 3929-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59735596-59736076(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTGACCTACCTTATT
SmilChr07G002802 Chr07 NC_080393.1:28011454-28011468promoter 内 3891-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28009264-28011358(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTCTCTC
SmilChr07G001450 Chr07 NC_080393.1:11265708-11265722promoter 内 3882-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11265827-11265950(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAACCTACCACTCA
SmilChr06G003165 Chr06 NC_080392.1:44605751-44605765promoter 内 3851-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44605901-44613237(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTACCTACCGCCCA
SmilChr04G003964 Chr04 NC_080390.1:55140015-55140029promoter 内 3817-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55131980-55139845(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAACCTACCACTCC