转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 134 / 156 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003270 Chr03 NC_080389.1:50647803-50647812promoter 内 2950-2959 bp - 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50645629-50646761(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTAA
SmilChr03G000948 Chr03 NC_080389.1:10751473-10751482promoter 内 2938-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10752536-10754032(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TAACGTCACT
SmilChr04G000795 Chr04 NC_080390.1:9826581-9826590promoter 内 2928-2937 bp - 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9827654-9829547(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCTCGTCACT
SmilChr04G000099 Chr04 NC_080390.1:899239-899248promoter 内 2926-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 900314-904543(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGAT
SmilChr01G000565 Chr01 NC_080387.1:11698308-11698317promoter 内 2920-2929 bp - 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11699389-11703233(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TAACGTCACT
SmilChr04G004036 Chr04 NC_080390.1:55594236-55594245promoter 内 2918-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55595319-55601407(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr05G003932 Chr05 NC_080391.1:53085160-53085169promoter 内 2891-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53086270-53087226(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTAA
SmilChr04G001060 Chr04 NC_080390.1:15161033-15161042promoter 内 2875-2884 bp - 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 15159314-15159916(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGA
SmilChr03G002303 Chr03 NC_080389.1:36263961-36263970promoter 内 2858-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36265104-36267631(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr04G002692 Chr04 NC_080390.1:42324614-42324623promoter 内 2857-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42322783-42323479(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AACCGTCACA
SmilChr04G000626 Chr04 NC_080390.1:7125228-7125237promoter 内 2852-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7126377-7133897(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr01G002579 Chr01 NC_080387.1:43923023-43923032promoter 内 2849-2858 bp + 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 43924175-43927226(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGAT
SmilChr05G002679 Chr05 NC_080391.1:30272628-30272637promoter 内 2788-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30257954-30271424(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TTACGTCACT
SmilChr05G003600 Chr05 NC_080391.1:48094846-48094855promoter 内 2786-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48091623-48093640(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr04G004091 Chr04 NC_080390.1:55918104-55918113promoter 内 2784-2793 bp - 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55912895-55916896(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGTT
SmilChr01G002564 Chr01 NC_080387.1:43765594-43765603promoter 内 2737-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 43760740-43764339(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TTACGTCACT
SmilChr03G000466 Chr03 NC_080389.1:5001460-5001469promoter 内 2695-2704 bp - 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4977151-5000163(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr03G003098 Chr03 NC_080389.1:48038411-48038420promoter 内 2688-2697 bp + 1304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48039724-48041670(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGTT
SmilChr02G005308 Chr02 NC_080388.1:73994869-73994878promoter 内 2671-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73991125-73993548(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTAA
SmilChr02G003010 Chr02 NC_080388.1:50730435-50730444promoter 内 2670-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50724003-50729113(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCTCGTCACT
SmilChr04G002499 Chr04 NC_080390.1:39922420-39922429promoter 内 2607-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39923814-39929691(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTAA
SmilChr06G002048 Chr06 NC_080392.1:26896201-26896210promoter 内 2602-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26891616-26894811(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATCCGTCACA
SmilChr05G003746 Chr05 NC_080391.1:50582681-50582690promoter 内 2600-2609 bp - 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50579835-50581289(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGTT
SmilChr03G004045 Chr03 NC_080389.1:59437628-59437637promoter 内 2595-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59432094-59436231(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGA
SmilChr06G001093 Chr06 NC_080392.1:10935362-10935371promoter 内 2591-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10936772-10939171(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCTCGTCACT
SmilChr05G004147 Chr05 NC_080391.1:55403898-55403907promoter 内 2579-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55405320-55407634(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr04G000381 Chr04 NC_080390.1:3842492-3842501promoter 内 2574-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3838075-3841074(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGAT
SmilChr05G003960 Chr05 NC_080391.1:53330842-53330851promoter 内 2574-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53332269-53333071(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TAACGTCACT
SmilChr04G001687 Chr04 NC_080390.1:27897729-27897738promoter 内 2549-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27899181-27902134(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr06G000084 Chr06 NC_080392.1:619335-619344promoter 内 2520-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 617296-617863(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGA
SmilChr03G001216 Chr03 NC_080389.1:13978485-13978494promoter 内 2474-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13973700-13976967(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr01G000242 Chr01 NC_080387.1:4506794-4506803promoter 内 2467-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4501786-4505269(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr01G000794 Chr01 NC_080387.1:17226223-17226232promoter 内 2465-2474 bp - 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17223634-17224696(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGTT
SmilChr03G001748 Chr03 NC_080389.1:23724200-23724209promoter 内 2456-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23719198-23722664(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTTA
SmilChr02G002798 Chr02 NC_080388.1:48080990-48080999promoter 内 2454-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48077042-48079452(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AACCGTCACA
SmilChr05G001359 Chr05 NC_080391.1:12094375-12094384promoter 内 2451-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12095925-12100864(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTAA
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