转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 134 / 145 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001816 Chr04 NC_080390.1:29649939-29649949promoter 内 3382-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29650558-29652353(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTGT
SmilChr04G002197 Chr04 NC_080390.1:35543181-35543191promoter 内 3370-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35543812-35545724(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr01G003840 Chr01 NC_080387.1:56743757-56743767promoter 内 3349-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56744409-56745452(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTAC
SmilChr01G005712 Chr01 NC_080387.1:73336848-73336858promoter 内 3349-3359 bp + 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 73337500-73338856(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTAGTCAACAG
SmilChr02G001947 Chr02 NC_080388.1:35089341-35089351promoter 内 3332-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35086837-35088682(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr04G002754 Chr04 NC_080390.1:43255414-43255424promoter 内 3297-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43239631-43254720(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr01G003674 Chr01 NC_080387.1:55175546-55175556promoter 内 3293-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55172598-55174848(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G002612 Chr02 NC_080388.1:45306135-45306145promoter 内 3283-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45306853-45307196(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G004655 Chr02 NC_080388.1:68969091-68969101promoter 内 3277-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68969815-68971557(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G001722 Chr02 NC_080388.1:31689798-31689808promoter 内 3263-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 31687898-31689070(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G002934 Chr02 NC_080388.1:49842553-49842563promoter 内 3256-3266 bp + 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49833795-49841818(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr03G002338 Chr03 NC_080389.1:36856678-36856688promoter 内 3208-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36855823-36855895(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G002054 Chr02 NC_080388.1:36942857-36942867promoter 内 3191-3201 bp - 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36939842-36942057(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr01G005004 Chr01 NC_080387.1:68096561-68096571promoter 内 3190-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68092459-68095760(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr03G000701 Chr03 NC_080389.1:7836866-7836876promoter 内 3190-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7837677-7840036(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr03G003102 Chr03 NC_080389.1:48104570-48104580promoter 内 3188-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48101971-48103767(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr04G003819 Chr04 NC_080390.1:54337673-54337683promoter 内 3182-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54338492-54342182(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr03G000860 Chr03 NC_080389.1:9819917-9819927promoter 内 3179-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9820739-9825687(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAAAGG
SmilChr01G001203 Chr01 NC_080387.1:24253538-24253548promoter 内 3178-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24250444-24252725(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr03G003829 Chr03 NC_080389.1:57396841-57396851promoter 内 3177-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57391373-57396027(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr01G000332 Chr01 NC_080387.1:6770399-6770409promoter 内 3171-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6771229-6774681(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G002311 Chr02 NC_080388.1:40734766-40734776promoter 内 3167-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40731374-40733942(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8464988-8464998promoter 内 3134-3144 bp + 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8465855-8466898(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr04G001285 Chr04 NC_080390.1:20472731-20472741promoter 内 3129-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20471139-20471869(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G005055 Chr02 NC_080388.1:72268065-72268075promoter 内 3113-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72259312-72267187(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CGAGTCAACAA
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59286826-59286836promoter 内 3112-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59287715-59289915(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAAAGG
SmilChr02G000253 Chr02 NC_080388.1:3271521-3271531promoter 内 3109-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3265843-3270639(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACGAT
SmilChr02G001969 Chr02 NC_080388.1:35629421-35629431promoter 内 3093-3103 bp - 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35626482-35628523(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr01G004812 Chr01 NC_080387.1:66319886-66319896promoter 内 3066-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66315769-66318961(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr01G004813 Chr01 NC_080387.1:66319886-66319896promoter 内 3064-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66320823-66324495(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr01G005095 Chr01 NC_080387.1:68791606-68791616promoter 内 3054-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68790592-68790669(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr03G002718 Chr03 NC_080389.1:43203154-43203164promoter 内 3052-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43200851-43202215(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTGT
SmilChr02G002762 Chr02 NC_080388.1:47686504-47686514promoter 内 3023-3033 bp - 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47680166-47685536(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr01G000179 Chr01 NC_080387.1:2941932-2941942promoter 内 3012-3022 bp + 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2940477-2940953(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTAA
SmilChr04G002071 Chr04 NC_080390.1:33464401-33464411promoter 内 2980-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33459519-33463390(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G002062 Chr02 NC_080388.1:37161487-37161497promoter 内 2973-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37149450-37160469(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr01G001229 Chr01 NC_080387.1:24575669-24575679promoter 内 2972-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24569064-24574650(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr04G003055 Chr04 NC_080390.1:47137766-47137776promoter 内 2956-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47135548-47136731(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr01G005665 Chr01 NC_080387.1:72962299-72962309promoter 内 2950-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72963350-72964618(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G002613 Chr02 NC_080388.1:45306135-45306145promoter 内 2938-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45307198-45309376(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr03G003152 Chr03 NC_080389.1:48881233-48881243promoter 内 2916-2926 bp + 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48879391-48880158(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACGAT
SmilChr04G003003 Chr04 NC_080390.1:46426288-46426298promoter 内 2907-2917 bp + 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46427382-46430937(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr01G002473 Chr01 NC_080387.1:42462385-42462395promoter 内 2881-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 42455494-42461275(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCTTTGACTTT
SmilChr03G003898 Chr03 NC_080389.1:58073018-58073028promoter 内 2869-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58059440-58071896(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTAC
SmilChr02G004028 Chr02 NC_080388.1:62557601-62557611promoter 内 2856-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62558746-62562572(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr02G000964 Chr02 NC_080388.1:16855553-16855563promoter 内 2846-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16829226-16854408(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTAGTCAACAG
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49499291-49499301promoter 内 2829-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49500463-49501685(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTGT
SmilChr02G000088 Chr02 NC_080388.1:1145328-1145338promoter 内 2803-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1143230-1144140(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr01G002414 Chr01 NC_080387.1:41514212-41514222promoter 内 2774-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41515439-41518688(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA
SmilChr03G004256 Chr03 NC_080389.1:61044109-61044119promoter 内 2756-2766 bp + 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61045354-61047256(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAAAGA