转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 134 / 171 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56584244-56584260promoter 内 2506-2522 bp + 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56585739-56586593(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GGGAATACGACAAGCAA
SmilChr04G003748 Chr04 NC_080390.1:53765362-53765378promoter 内 2487-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 53766876-53769333(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AACCTTGTCGTTTTGCT
SmilChr08G000458 Chr08 NC_080394.1:3290268-3290284promoter 内 2466-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3285619-3288749(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCATTTTGGA
SmilChr01G001877 Chr01 NC_080387.1:33777724-33777740promoter 内 2430-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33779295-33780586(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTATCATT
SmilChr03G003707 Chr03 NC_080389.1:56009048-56009064promoter 内 2407-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56010642-56012642(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGAAAAATGACAAAATG
SmilChr07G001047 Chr07 NC_080393.1:7649064-7649080promoter 内 2400-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7650665-7652889(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCAAAATGACAAAAGT
SmilChr01G001921 Chr01 NC_080387.1:34334534-34334550promoter 内 2399-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34336136-34337437(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTATCATT
SmilChr03G001426 Chr03 NC_080389.1:16902569-16902585promoter 内 2382-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 16900895-16900966(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCATTTTGGA
SmilChr01G004173 Chr01 NC_080387.1:60202123-60202139promoter 内 2364-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 60203760-60208887(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCAAAATGACAAAAGT
SmilChr01G004845 Chr01 NC_080387.1:66597448-66597464promoter 内 2362-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66589666-66595825(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCATTTGGG
SmilChr07G000155 Chr07 NC_080393.1:924370-924386promoter 内 2361-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 916953-922746(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GATTTTGTCTTCTCTTC
SmilChr02G002014 Chr02 NC_080388.1:36305873-36305889promoter 内 2267-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36301216-36304155(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCCAAAATGACAAAATG
SmilChr08G000697 Chr08 NC_080394.1:5177740-5177756promoter 内 2192-2208 bp - 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5175327-5175947(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGGAATCCGACAAATAC
SmilChr06G001749 Chr06 NC_080392.1:20328170-20328186promoter 内 2174-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20329997-20341903(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGATTTGTCGTCTCATA
SmilChr03G003315 Chr03 NC_080389.1:51395512-51395528promoter 内 2159-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51397354-51400647(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGCATGAGGACAAAATG
SmilChr07G001751 Chr07 NC_080393.1:14850078-14850094promoter 内 2146-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14837466-14848239(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAACAGACAAAAAG
SmilChr06G000200 Chr06 NC_080392.1:1377052-1377068promoter 内 2144-2160 bp - 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1378909-1381182(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GCTTTTGTCTTGTTGAT
SmilChr07G001945 Chr07 NC_080393.1:16873641-16873657promoter 内 2124-2140 bp + 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 16869748-16871780(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTCACTTG
SmilChr05G000292 Chr05 NC_080391.1:2236841-2236857promoter 内 2116-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2233175-2234972(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAAAGCCGACAAATAT
SmilChr02G004782 Chr02 NC_080388.1:70002785-70002801promoter 内 2101-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70004685-70006856(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATGTTGTCCTTTTCTT
SmilChr01G002873 Chr01 NC_080387.1:47318731-47318747promoter 内 2090-2106 bp - 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47320642-47326735(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCTTTTGTCGCATTCAG
SmilChr08G002203 Chr08 NC_080394.1:19953423-19953439promoter 内 2090-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19955334-19956377(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAAAAGGGGACAAAAAA
SmilChr01G004291 Chr01 NC_080387.1:61127146-61127162promoter 内 2084-2100 bp - 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 61129063-61132865(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTGAT
SmilChr02G001301 Chr02 NC_080388.1:24139140-24139156promoter 内 2079-2095 bp + 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24135664-24137234(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATTATCCA
SmilChr07G004454 Chr07 NC_080393.1:57150853-57150869promoter 内 2078-2094 bp + 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57145985-57148946(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCATTTTGGA
SmilChr05G000124 Chr05 NC_080391.1:1001308-1001324promoter 内 2037-2053 bp - 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 994000-999360(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCTCAAAAGACAAAACA
SmilChr02G005064 Chr02 NC_080388.1:72319362-72319378promoter 内 1988-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 72321375-72327195(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAACATA
SmilChr01G001332 Chr01 NC_080387.1:26503465-26503481promoter 内 1985-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26505481-26508040(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAAAAGGGGACAAAAAA
SmilChr05G002254 Chr05 NC_080391.1:24219789-24219805promoter 内 1935-1951 bp + 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24221855-24222823(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTAAACGACAAACAT
SmilChr05G001424 Chr05 NC_080391.1:12915839-12915855promoter 内 1921-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12911891-12913775(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTGAACACGACAAATTA
SmilChr01G004879 Chr01 NC_080387.1:66879934-66879950promoter 内 1862-1878 bp + 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66882073-66884023(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGAGAGAAGACAAAATC
SmilChr01G003735 Chr01 NC_080387.1:55653856-55653872promoter 内 1861-1877 bp + 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55648787-55651732(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTTGTTGTCGTCTCCGG
SmilChr04G002746 Chr04 NC_080390.1:43132829-43132845promoter 内 1850-1866 bp + 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 43134980-43135051(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAAATATGACAAAACA
SmilChr03G001323 Chr03 NC_080389.1:15467564-15467580promoter 内 1811-1827 bp - 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 15469754-15470548(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCATTTTGGA
SmilChr02G001271 Chr02 NC_080388.1:23267527-23267543promoter 内 1790-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23269738-23271189(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCTATTAAA
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