转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 135 / 148 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002447 Chr02 NC_080388.1:42703242-42703255promoter 内 655-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42698713-42699909(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAGGAAA
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64959853-64959866promoter 内 576-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 64954210-64956441(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATTTACACGTGG
SmilChr01G002591 Chr01 NC_080387.1:44023285-44023298promoter 内 574-587 bp - 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44026712-44031417(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTAAATTC
SmilChr01G004183 Chr01 NC_080387.1:60278258-60278271promoter 内 571-584 bp - 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60274033-60274841(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATTTACACGTGG
SmilChr02G005477 Chr02 NC_080388.1:74998825-74998838promoter 内 525-538 bp + 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 75002301-75004018(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTCCTTCACGTGG
SmilChr08G000812 Chr08 NC_080394.1:5987566-5987579promoter 内 493-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5982172-5984071(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATTTACACGTGG
SmilChr02G000507 Chr02 NC_080388.1:6979969-6979982promoter 内 474-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6975700-6976455(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTCATAT
SmilChr05G000353 Chr05 NC_080391.1:2633867-2633880promoter 内 414-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2637454-2639308(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACAGATCACGTGT
SmilChr02G002631 Chr02 NC_080388.1:45692680-45692693promoter 内 331-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 45686958-45689023(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGTGAAG
SmilChr03G004688 Chr03 NC_080389.1:64276588-64276601promoter 内 206-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 64270109-64272806(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGACTCACGTGT
SmilChr02G004114 Chr02 NC_080388.1:63436520-63436533promoter 内 176-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63440345-63441890(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATTTACACGTGG
SmilChr05G002336 Chr05 NC_080391.1:25251049-25251062promoter 内 174-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25254876-25256552(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTTACTC
SmilChr03G000203 Chr03 NC_080389.1:2294478-2294491promoter 内 140-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2298339-2302432(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGATTTCACGTGA
SmilChr04G003697 Chr04 NC_080390.1:53334089-53334102promoter 内 127-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53337963-53340609(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTTTCACACGTGG
SmilChr02G001261 Chr02 NC_080388.1:23115707-23115720promoter 内 122-135 bp + 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23119586-23122429(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGATTCTCACGTGA
SmilChr01G004889 Chr01 NC_080387.1:66937896-66937909promoter 内 72-85 bp - 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 66941825-66945978(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGTCGGTT
SmilChr07G000918 Chr07 NC_080393.1:6557102-6557115promoter 内 2876-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 6558227-6561727(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTCATCCACGTGG
SmilChr04G001151 Chr04 NC_080390.1:16975496-16975509promoter 内 2757-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 16976740-16977351(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGAAA
SmilChr01G004195 Chr01 NC_080387.1:60408357-60408370promoter 内 2592-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 60409766-60413421(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATAGATCACGTGA
SmilChr05G004083 Chr05 NC_080391.1:54687646-54687659promoter 内 2224-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 54682916-54685882(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAACCTGCACGTGG
SmilChr07G000917 Chr07 NC_080393.1:6557102-6557115promoter 内 1020-1033 bp + 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 6552277-6554134(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGATGACA
SmilChr03G004358 Chr03 NC_080389.1:61799148-61799161promoter 内 948-961 bp + 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 61802201-61814273(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGAATATCACGTGA
SmilChr05G003037 Chr05 NC_080391.1:38119413-38119426promoter 内 911-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 38115557-38116336(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTGCATACACGTGG
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58602455-58602468promoter 内 280-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 58606176-58610147(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAAATCCACGTGG
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54752075-54752088promoter 内 3906-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54752170-54757040(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTTATCT
SmilChr05G001909 Chr05 NC_080391.1:19368602-19368615promoter 内 3905-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19365804-19368519(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTACGAACACGTGG
SmilChr08G001001 Chr08 NC_080394.1:7527315-7527328promoter 内 3889-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7527427-7530959(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATATACACGTGG
SmilChr08G001040 Chr08 NC_080394.1:7924359-7924372promoter 内 3878-3891 bp + 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7924482-7928013(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATATACACGTGG
SmilChr03G002958 Chr03 NC_080389.1:46349969-46349982promoter 内 3870-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46350100-46352683(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACCTTCACGTGA
SmilChr05G003151 Chr05 NC_080391.1:40236249-40236262promoter 内 3857-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40236393-40237949(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATTATT
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16292910-16292923promoter 内 3830-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16289859-16292752(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTATTCGCACGTGG
SmilChr08G001112 Chr08 NC_080394.1:8626229-8626242promoter 内 3727-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8624309-8625968(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGATATTCACGTGT
SmilChr01G001697 Chr01 NC_080387.1:31262421-31262434promoter 内 3689-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 31258543-31262122(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGATTTTCACGTGC
SmilChr07G000369 Chr07 NC_080393.1:2519842-2519855promoter 内 3653-3666 bp - 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2518673-2519507(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATATGTTCACGTGC
SmilChr05G000472 Chr05 NC_080391.1:3588855-3588868promoter 内 3624-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3589232-3595866(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTAGTTTCACGTGA
SmilChr06G002808 Chr06 NC_080392.1:40782288-40782301promoter 内 3575-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40782714-40783768(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGTATTG
SmilChr06G002807 Chr06 NC_080392.1:40782288-40782301promoter 内 3555-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40780705-40781855(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAATACTCACGTGG
SmilChr01G001497 Chr01 NC_080387.1:28820726-28820739promoter 内 3549-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28821178-28822257(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTATTTA
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53112986-53112999promoter 内 3475-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53109246-53112473(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCACGAAT
SmilChr04G003594 Chr04 NC_080390.1:52368618-52368631promoter 内 3448-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52369171-52376162(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTATTTA
SmilChr07G002751 Chr07 NC_080393.1:27046296-27046309promoter 内 3435-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27041988-27045743(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAAACCTG
SmilChr05G003248 Chr05 NC_080391.1:41850364-41850377promoter 内 3419-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41850946-41854642(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAATGACT
SmilChr07G000721 Chr07 NC_080393.1:5009959-5009972promoter 内 3407-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5010553-5013931(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTCAATTCACGTGA
SmilChr06G002022 Chr06 NC_080392.1:26064381-26064394promoter 内 3365-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26061076-26063758(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAAATGAA
SmilChr01G003959 Chr01 NC_080387.1:57970788-57970801promoter 内 3280-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57959319-57970080(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAATAGCACGTGG
SmilChr01G005261 Chr01 NC_080387.1:70088685-70088698promoter 内 3133-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70089553-70092093(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTTAT
SmilChr07G002316 Chr07 NC_080393.1:21430722-21430735promoter 内 3126-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21425929-21429860(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTTTGTCACGTGT
SmilChr04G000247 Chr04 NC_080390.1:2233586-2233599promoter 内 3028-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2231171-2232626(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTAATATA
SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7499259-7499272promoter 内 2934-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7500326-7500844(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGATATATT
SmilChr01G003829 Chr01 NC_080387.1:56630646-56630659promoter 内 2889-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56631758-56633259(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATATACACGTGG