转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 137 / 149 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003293 Chr04 NC_080390.1:49655992-49656002promoter 内 1933-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49658060-49659167(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAT
SmilChr01G001594 Chr01 NC_080387.1:30006582-30006592promoter 内 1616-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30008967-30010165(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAT
SmilChr02G005534 Chr02 NC_080388.1:75396933-75396943promoter 内 1524-1534 bp + 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75392178-75394466(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAC
SmilChr05G002357 Chr05 NC_080391.1:25585631-25585641promoter 内 1522-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 25580259-25583162(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTTAGCTGTCT
SmilChr07G002193 Chr07 NC_080393.1:20147123-20147133promoter 内 1262-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20149862-20154010(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCT
SmilChr01G002215 Chr01 NC_080387.1:38481931-38481941promoter 内 1216-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38484716-38489024(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGT
SmilChr07G002194 Chr07 NC_080393.1:20147123-20147133promoter 内 1208-1218 bp + 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20149916-20150001(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCT
SmilChr01G005615 Chr01 NC_080387.1:72667878-72667888promoter 内 1199-1209 bp - 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72670680-72671653(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr01G002231 Chr01 NC_080387.1:38791365-38791375promoter 内 1195-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38794171-38798479(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGT
SmilChr07G000936 Chr07 NC_080393.1:6688747-6688757promoter 内 1103-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6683089-6685859(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGT
SmilChr02G000175 Chr02 NC_080388.1:2222126-2222136promoter 内 1098-1108 bp - 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2225029-2226402(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr01G001039 Chr01 NC_080387.1:21640170-21640180promoter 内 1056-1066 bp + 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21635892-21637235(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr07G000173 Chr07 NC_080393.1:1087378-1087388promoter 内 1056-1066 bp - 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1080009-1084443(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCT
SmilChr06G001160 Chr06 NC_080392.1:11779796-11779806promoter 内 997-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11782800-11785184(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCT
SmilChr04G000189 Chr04 NC_080390.1:1689302-1689312promoter 内 944-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1677559-1686255(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAT
SmilChr04G003376 Chr04 NC_080390.1:50321083-50321093promoter 内 853-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50324231-50325449(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAC
SmilChr07G000274 Chr07 NC_080393.1:1775935-1775945promoter 内 734-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1779202-1782438(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTTAGCTGTCT
SmilChr01G005757 Chr01 NC_080387.1:73654687-73654697promoter 内 555-565 bp - 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73658133-73660972(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGT
SmilChr03G002192 Chr03 NC_080389.1:34438023-34438033promoter 内 451-461 bp + 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34433795-34434483(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGT
SmilChr06G002049 Chr06 NC_080392.1:26900525-26900535promoter 内 441-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 26904085-26905230(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCT
SmilChr04G001897 Chr04 NC_080390.1:30998506-30998516promoter 内 348-358 bp + 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30991112-30994863(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAC
SmilChr02G005536 Chr02 NC_080388.1:75396933-75396943promoter 内 269-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75400665-75404228(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTTAGCTGTCT
SmilChr04G000834 Chr04 NC_080390.1:10473181-10473191promoter 内 253-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10476929-10478260(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCT
SmilChr04G003294 Chr04 NC_080390.1:49655992-49656002promoter 内 167-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49659826-49661796(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAT
SmilChr03G000020 Chr03 NC_080389.1:237248-237258promoter 内 106-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 241143-243722(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGT
SmilChr02G003018 Chr02 NC_080388.1:50887657-50887667promoter 内 44-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50876103-50883710(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAT
SmilChr05G004362 Chr05 NC_080391.1:57171092-57171102promoter 内 2221-2231 bp + 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 57169190-57169322(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr05G004361 Chr05 NC_080391.1:57171092-57171102promoter 内 1983-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 57168951-57169084(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr05G004359 Chr05 NC_080391.1:57171092-57171102promoter 内 139-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 57164704-57167240(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr05G000425 Chr05 NC_080391.1:3206476-3206486promoter 内 3860-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 3203951-3206345(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr03G000016 Chr03 NC_080389.1:156413-156423promoter 内 3724-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 156690-159408(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr05G002528 Chr05 NC_080391.1:28115090-28115100promoter 内 3491-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 28115600-28116492(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr02G000501 Chr02 NC_080388.1:6885896-6885906promoter 内 3302-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 6883782-6885207(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr01G002650 Chr01 NC_080387.1:44828426-44828436promoter 内 2968-2978 bp - 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 44825256-44827403(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr05G001622 Chr05 NC_080391.1:15008426-15008436promoter 内 2877-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 15009550-15021553(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr07G001667 Chr07 NC_080393.1:14128291-14128301promoter 内 2641-2651 bp + 1350 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 14129651-14132092(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr07G000587 Chr07 NC_080393.1:4015461-4015471promoter 内 2553-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 4013198-4014023(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr03G002985 Chr03 NC_080389.1:46671978-46671988promoter 内 2306-2316 bp + 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 46673673-46681349(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76050391-76050401promoter 内 1945-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 76046944-76048345(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCT
SmilChr02G004862 Chr02 NC_080388.1:70753075-70753085promoter 内 1887-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 70749785-70750971(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr02G000500 Chr02 NC_080388.1:6885896-6885906promoter 内 1795-1805 bp - 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 6882747-6883700(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr07G000738 Chr07 NC_080393.1:5141602-5141612promoter 内 1782-1792 bp - 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 5138830-5139393(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr02G002123 Chr02 NC_080388.1:37997872-37997882promoter 内 1359-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 38000514-38005590(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr01G002445 Chr01 NC_080387.1:42038400-42038410promoter 内 1345-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 42041056-42044875(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr01G002651 Chr01 NC_080387.1:44828427-44828437promoter 内 1299-1309 bp + 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 44831129-44832049(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr02G001221 Chr02 NC_080388.1:22410533-22410543promoter 内 1178-1188 bp - 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 22404995-22407720(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr01G000844 Chr01 NC_080387.1:18277452-18277462promoter 内 1146-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 18280307-18281844(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76050391-76050401promoter 内 1074-1084 bp - 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 76053318-76053403(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATA
SmilChr05G001156 Chr05 NC_080391.1:9689243-9689253promoter 内 1033-1043 bp - 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 9692211-9693771(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGTA
SmilChr01G005018 Chr01 NC_080387.1:68169031-68169041promoter 内 778-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 68172254-68178732(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAC