靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00002362-RA_Salv |
SmilChr01G005298 |
ARR-B | XP_057788621.1 |
MP00010 |
AAAGATACGG |
9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 139 / 167 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G000866 |
Chr03 | NC_080389.1:9870388-9870397promoter 内 23-32 bp |
+ | 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 9864071-9866419(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TCGTATCTGC |
SmilChr08G001109 |
Chr08 | NC_080394.1:8617416-8617425promoter 内 19-28 bp |
+ | 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.4/ 100 | 1 | 8597803-8613443(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAT |
SmilChr03G002032 |
Chr03 | NC_080389.1:30463731-30463740promoter 内 3519-3528 bp |
+ | 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 2 | 30459959-30463258(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
SmilChr03G004557 |
Chr03 | NC_080389.1:63538084-63538093promoter 内 2403-2412 bp |
- | 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 2 | 63539682-63542489(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCGTT |
SmilChr05G003022 |
Chr05 | NC_080391.1:37756537-37756546promoter 内 413-422 bp |
+ | 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 2 | 37760125-37763087(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AACGATACGG |
SmilChr04G000245 |
Chr04 | NC_080390.1:2216594-2216603promoter 内 3983-3992 bp |
+ | 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 2216612-2219167(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr04G000983 |
Chr04 | NC_080390.1:13251674-13251683promoter 内 3983-3992 bp |
- | 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 13250427-13251665(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr02G003064 |
Chr02 | NC_080388.1:51474285-51474294promoter 内 3947-3956 bp |
+ | 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 51472108-51474240(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCGTT |
SmilChr07G002647 |
Chr07 | NC_080393.1:25626043-25626052promoter 内 3930-3939 bp |
+ | 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 25626114-25628114(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr02G003118 |
Chr02 | NC_080388.1:52206887-52206896promoter 内 3872-3881 bp |
+ | 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 52204851-52206767(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCGTT |
SmilChr03G001439 |
Chr03 | NC_080389.1:17099534-17099543promoter 内 3864-3873 bp |
- | 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 17098015-17099406(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr03G002130 |
Chr03 | NC_080389.1:33144484-33144493promoter 内 3852-3861 bp |
- | 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 33144633-33146677(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
SmilChr08G003344 |
Chr08 | NC_080394.1:34789360-34789369promoter 内 3833-3842 bp |
+ | 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 34788368-34789201(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
SmilChr03G004191 |
Chr03 | NC_080389.1:60584024-60584033promoter 内 3820-3829 bp |
- | 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 60584205-60587429(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
SmilChr05G003890 |
Chr05 | NC_080391.1:52635065-52635074promoter 内 3819-3828 bp |
- | 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 52635247-52637292(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
SmilChr04G002095 |
Chr04 | NC_080390.1:33780757-33780766promoter 内 3745-3754 bp |
- | 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 33776798-33780510(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr07G003908 |
Chr07 | NC_080393.1:49271347-49271356promoter 内 3720-3729 bp |
- | 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 49267504-49271075(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr06G001586 |
Chr06 | NC_080392.1:17331436-17331445promoter 内 3684-3693 bp |
+ | 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 17331753-17332752(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr05G000320 |
Chr05 | NC_080391.1:2402464-2402473promoter 内 3674-3683 bp |
- | 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 2398726-2402146(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AACGATACGG |
SmilChr05G003601 |
Chr05 | NC_080391.1:48093484-48093493promoter 内 3624-3633 bp |
+ | 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 48093861-48097203(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TAGGATACGG |
SmilChr02G003300 |
Chr02 | NC_080388.1:54255347-54255356promoter 内 3610-3619 bp |
- | 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 54255738-54256242(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCGTT |
SmilChr03G004220 |
Chr03 | NC_080389.1:60768191-60768200promoter 内 3609-3618 bp |
+ | 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 60768583-60769161(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AACGATACGG |
SmilChr02G002345 |
Chr02 | NC_080388.1:41224691-41224700promoter 内 3555-3564 bp |
+ | 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 41225137-41228688(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AACGATACGG |
SmilChr02G005319 |
Chr02 | NC_080388.1:74066999-74067008promoter 内 3546-3555 bp |
+ | 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 74067454-74069023(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr07G001638 |
Chr07 | NC_080393.1:13817096-13817105promoter 内 3533-3542 bp |
- | 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 13817564-13822250(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCTA |
SmilChr07G001657 |
Chr07 | NC_080393.1:14016537-14016546promoter 内 3517-3526 bp |
- | 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 14017021-14021701(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCTA |
SmilChr03G002653 |
Chr03 | NC_080389.1:42182035-42182044promoter 内 3421-3430 bp |
+ | 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 42182615-42186970(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr03G003368 |
Chr03 | NC_080389.1:52040202-52040211promoter 内 3409-3418 bp |
- | 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 52034681-52039619(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr08G004743 |
Chr08 | NC_080394.1:56810564-56810573promoter 内 3331-3340 bp |
+ | 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 56811234-56811713(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AACGATACGG |
SmilChr04G003757 |
Chr04 | NC_080390.1:53834790-53834799promoter 内 3320-3329 bp |
+ | 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 53835471-53836402(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
TAGGATACGG |
SmilChr02G003574 |
Chr02 | NC_080388.1:56901262-56901271promoter 内 3296-3305 bp |
- | 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 56898632-56900566(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AACGATACGG |
SmilChr02G003524 |
Chr02 | NC_080388.1:56406934-56406943promoter 内 3277-3286 bp |
- | 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 56404694-56406219(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AACGATACGG |
SmilChr02G002047 |
Chr02 | NC_080388.1:36866138-36866147promoter 内 3250-3259 bp |
- | 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 36866889-36867572(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCTA |
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Chr03 | NC_080389.1:17863464-17863473promoter 内 3249-3258 bp |
- | 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 17859817-17862721(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
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Chr04 | NC_080390.1:35107608-35107617promoter 内 3194-3203 bp |
- | 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 35108415-35114644(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
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Chr04 | NC_080390.1:8842363-8842372promoter 内 3182-3191 bp |
- | 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 8840391-8841553(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
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Chr07 | NC_080393.1:1100491-1100500promoter 内 3162-3171 bp |
+ | 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 1101330-1105769(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr02G004358 |
Chr02 | NC_080388.1:65873601-65873610promoter 内 3090-3099 bp |
+ | 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 65868832-65872699(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
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- | 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 4551421-4553148(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
AACGATACGG |
SmilChr01G001857 |
Chr01 | NC_080387.1:33521288-33521297promoter 内 3074-3083 bp |
- | 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 33522215-33522682(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
SmilChr01G001899 |
Chr01 | NC_080387.1:34093447-34093456promoter 内 3074-3083 bp |
- | 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 34094374-34094841(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
SmilChr06G001827 |
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- | 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 21456099-21459088(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
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+ | 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 10642877-10648034(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
GTGGATACGG |
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+ | 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 44160363-44167703(-) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCAC |
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+ | 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 57983465-57996387(+) |
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MP00010 |
GTGGATACGG |
SmilChr02G004335 |
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- | 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 65609273-65613562(+) |
SMil_00002362-RA_Salv |
MP00010 |
CCGTATCCTA |
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+ | 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 91.2/ 100 | 1 | 52826978-52829790(-) |
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CCGTATCCTA |
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