转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 139 / 167 下载 TSV

上一页 139 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000866 Chr03 NC_080389.1:9870388-9870397promoter 内 23-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9864071-9866419(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTGC
SmilChr08G001109 Chr08 NC_080394.1:8617416-8617425promoter 内 19-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8597803-8613443(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCAT
SmilChr03G002032 Chr03 NC_080389.1:30463731-30463740promoter 内 3519-3528 bp + 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 30459959-30463258(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCAC
SmilChr03G004557 Chr03 NC_080389.1:63538084-63538093promoter 内 2403-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 63539682-63542489(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCGTT
SmilChr05G003022 Chr05 NC_080391.1:37756537-37756546promoter 内 413-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 37760125-37763087(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AACGATACGG
SmilChr04G000245 Chr04 NC_080390.1:2216594-2216603promoter 内 3983-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2216612-2219167(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr04G000983 Chr04 NC_080390.1:13251674-13251683promoter 内 3983-3992 bp - 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13250427-13251665(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr02G003064 Chr02 NC_080388.1:51474285-51474294promoter 内 3947-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51472108-51474240(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCGTT
SmilChr07G002647 Chr07 NC_080393.1:25626043-25626052promoter 内 3930-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25626114-25628114(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr02G003118 Chr02 NC_080388.1:52206887-52206896promoter 内 3872-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52204851-52206767(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCGTT
SmilChr03G001439 Chr03 NC_080389.1:17099534-17099543promoter 内 3864-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17098015-17099406(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr03G002130 Chr03 NC_080389.1:33144484-33144493promoter 内 3852-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33144633-33146677(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCAC
SmilChr08G003344 Chr08 NC_080394.1:34789360-34789369promoter 内 3833-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34788368-34789201(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCAC
SmilChr03G004191 Chr03 NC_080389.1:60584024-60584033promoter 内 3820-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60584205-60587429(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCAC
SmilChr05G003890 Chr05 NC_080391.1:52635065-52635074promoter 内 3819-3828 bp - 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52635247-52637292(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCAC
SmilChr04G002095 Chr04 NC_080390.1:33780757-33780766promoter 内 3745-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33776798-33780510(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr07G003908 Chr07 NC_080393.1:49271347-49271356promoter 内 3720-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49267504-49271075(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr06G001586 Chr06 NC_080392.1:17331436-17331445promoter 内 3684-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17331753-17332752(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr05G000320 Chr05 NC_080391.1:2402464-2402473promoter 内 3674-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2398726-2402146(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AACGATACGG
SmilChr05G003601 Chr05 NC_080391.1:48093484-48093493promoter 内 3624-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48093861-48097203(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAGGATACGG
SmilChr02G003300 Chr02 NC_080388.1:54255347-54255356promoter 内 3610-3619 bp - 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54255738-54256242(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCGTT
SmilChr03G004220 Chr03 NC_080389.1:60768191-60768200promoter 内 3609-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60768583-60769161(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AACGATACGG
SmilChr02G002345 Chr02 NC_080388.1:41224691-41224700promoter 内 3555-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41225137-41228688(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AACGATACGG
SmilChr02G005319 Chr02 NC_080388.1:74066999-74067008promoter 内 3546-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74067454-74069023(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr07G001638 Chr07 NC_080393.1:13817096-13817105promoter 内 3533-3542 bp - 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13817564-13822250(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCTA
SmilChr07G001657 Chr07 NC_080393.1:14016537-14016546promoter 内 3517-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14017021-14021701(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCTA
SmilChr03G002653 Chr03 NC_080389.1:42182035-42182044promoter 内 3421-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42182615-42186970(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr03G003368 Chr03 NC_080389.1:52040202-52040211promoter 内 3409-3418 bp - 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52034681-52039619(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr08G004743 Chr08 NC_080394.1:56810564-56810573promoter 内 3331-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56811234-56811713(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AACGATACGG
SmilChr04G003757 Chr04 NC_080390.1:53834790-53834799promoter 内 3320-3329 bp + 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53835471-53836402(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAGGATACGG
SmilChr02G003574 Chr02 NC_080388.1:56901262-56901271promoter 内 3296-3305 bp - 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56898632-56900566(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AACGATACGG
SmilChr02G003524 Chr02 NC_080388.1:56406934-56406943promoter 内 3277-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56404694-56406219(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AACGATACGG
SmilChr02G002047 Chr02 NC_080388.1:36866138-36866147promoter 内 3250-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36866889-36867572(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCTA
SmilChr03G001481 Chr03 NC_080389.1:17863464-17863473promoter 内 3249-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17859817-17862721(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
SmilChr04G002172 Chr04 NC_080390.1:35107608-35107617promoter 内 3194-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35108415-35114644(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCCAC
SmilChr04G000737 Chr04 NC_080390.1:8842363-8842372promoter 内 3182-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8840391-8841553(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTGGATACGG
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