转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 139 / 140 下载 TSV

上一页 139 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005018 Chr01 NC_080387.1:68169080-68169094promoter 内 827-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68172254-68178732(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CACCACCTAAAATGT
SmilChr02G003891 Chr02 NC_080388.1:60996098-60996112promoter 内 813-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60999286-61002831(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGAAATAGGTGAAC
SmilChr01G002377 Chr01 NC_080387.1:40973136-40973150promoter 内 716-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40976421-40977429(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAACCGATA
SmilChr02G002601 Chr02 NC_080388.1:45148262-45148276promoter 内 686-700 bp - 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45151577-45154195(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATAACCTAATTAAT
SmilChr01G003685 Chr01 NC_080387.1:55230932-55230946promoter 内 635-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55234298-55235568(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAAATGGC
SmilChr02G002845 Chr02 NC_080388.1:48590968-48590982promoter 内 630-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48594339-48599625(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTGGGTAGGT
SmilChr02G000770 Chr02 NC_080388.1:12670648-12670662promoter 内 549-563 bp - 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12674100-12676684(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CACCACCTAATCAAA
SmilChr02G003141 Chr02 NC_080388.1:52438666-52438680promoter 内 522-536 bp - 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52434287-52435201(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AACTATTAGGTCAGG
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40674294-40674308promoter 内 513-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40668849-40670820(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAACACCTAATAATC
SmilChr03G003276 Chr03 NC_080389.1:50704084-50704098promoter 内 420-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50707665-50713095(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACTAACTAATTTAC
SmilChr01G002681 Chr01 NC_080387.1:45031266-45031280promoter 内 418-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45025964-45027697(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGGCAACAAATTTTT
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31192263-31192277promoter 内 362-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31185986-31188638(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGTTTTAGGTGCAT
SmilChr03G002830 Chr03 NC_080389.1:44777055-44777069promoter 内 318-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44768569-44773386(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTAAAAAAA
SmilChr03G003417 Chr03 NC_080389.1:52527093-52527107promoter 内 296-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52519592-52523402(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATAATTAGGTCATT
SmilChr03G003547 Chr03 NC_080389.1:54100353-54100367promoter 内 253-267 bp + 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54104101-54106399(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCATTTTGGTGAAA
SmilChr01G002105 Chr01 NC_080387.1:37079195-37079209promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37074589-37075255(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACTGGTAGGTGATG
SmilChr03G002445 Chr03 NC_080389.1:38841978-38841992promoter 内 3888-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 38842091-38842719(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAGCTTAGGTGGCA
SmilChr02G001445 Chr02 NC_080388.1:27126053-27126067promoter 内 3787-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27124147-27125853(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGACAACAAATTTTT
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50856601-50856615promoter 内 3769-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAAATTAGGTATTT
SmilChr03G002069 Chr03 NC_080389.1:31587477-31587491promoter 内 3757-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 31587721-31590478(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGGAACTAATTTGC
SmilChr01G001306 Chr01 NC_080387.1:26012280-26012294promoter 内 3735-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 26006197-26012028(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAGCTTAGGTGGCA
SmilChr01G002783 Chr01 NC_080387.1:46288213-46288227promoter 内 3691-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46280234-46287917(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAAGCTTT
SmilChr02G002216 Chr02 NC_080388.1:39406692-39406706promoter 内 3587-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 39404594-39406292(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAAGCTTT
SmilChr02G002771 Chr02 NC_080388.1:47765816-47765830promoter 内 3584-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47763997-47765413(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCAAACTAATTTTG
SmilChr02G000379 Chr02 NC_080388.1:4770190-4770204promoter 内 3512-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4766030-4769715(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTGGGTGTGA
SmilChr01G005078 Chr01 NC_080387.1:68664471-68664485promoter 内 3350-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 68665122-68666594(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGTTGATG
SmilChr01G004781 Chr01 NC_080387.1:66001349-66001363promoter 内 3329-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 66002021-66005290(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAAGCTTT
SmilChr02G005080 Chr02 NC_080388.1:72429419-72429433promoter 内 3291-3305 bp - 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 72430129-72430892(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCAAACTAATTTTG
SmilChr02G004983 Chr02 NC_080388.1:71711219-71711233promoter 内 3198-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 71712022-71712515(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTTATTAGGTATCA
SmilChr01G001735 Chr01 NC_080387.1:31951932-31951946promoter 内 3072-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 31952861-31954060(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTAAATTAGTTGTAT
SmilChr03G002350 Chr03 NC_080389.1:37132018-37132032promoter 内 2887-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 37133132-37137085(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAAGCTTT
SmilChr01G001209 Chr01 NC_080387.1:24311019-24311033promoter 内 2839-2853 bp - 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24312181-24321725(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAAATAA
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72429419-72429433promoter 内 2807-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAAAATTAGTTTGCA
SmilChr02G000704 Chr02 NC_080388.1:11321340-11321354promoter 内 2775-2789 bp + 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 11317401-11320128(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTAAACCTAATTAAT
SmilChr02G004764 Chr02 NC_080388.1:69822562-69822576promoter 内 2708-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 69823855-69827544(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAGCTTAGGTGGCA
SmilChr02G005524 Chr02 NC_080388.1:75319826-75319840promoter 内 2594-2608 bp - 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 75315098-75318433(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAGCTTAGGTGGCA
SmilChr02G005203 Chr02 NC_080388.1:73285803-73285817promoter 内 2555-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 73287249-73289952(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAGCTTAGGTGGCA
SmilChr01G001167 Chr01 NC_080387.1:23703445-23703459promoter 内 2549-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23704897-23715789(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAAATAA
SmilChr01G000497 Chr01 NC_080387.1:10136090-10136104promoter 内 2533-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10131296-10134636(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGGAACTAATTTGC
SmilChr03G000596 Chr03 NC_080389.1:6617712-6617726promoter 内 2375-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 6613066-6616100(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTCACCTAATAGGA
SmilChr02G003476 Chr02 NC_080388.1:56062439-56062453promoter 内 2369-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 56064071-56065621(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACAAATTAGTTATAT
SmilChr03G001757 Chr03 NC_080389.1:23925056-23925070promoter 内 2316-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23926741-23926846(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCGCACCTAAGTCTA
SmilChr02G005024 Chr02 NC_080388.1:71989543-71989557promoter 内 2290-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 71985741-71987846(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAAGCTTT
SmilChr03G002793 Chr03 NC_080389.1:44418965-44418979promoter 内 2160-2174 bp - 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44413509-44417138(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTATTAGGTACTC
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14724776-14724790promoter 内 2077-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 14726700-14727998(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAAATAGGTGAAC
SmilChr01G000801 Chr01 NC_080387.1:17289644-17289658promoter 内 2040-2054 bp + 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 17291605-17295058(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGGTTACT
SmilChr01G000753 Chr01 NC_080387.1:16614222-16614236promoter 内 2004-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 16608795-16612239(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGGTTACT
SmilChr03G003008 Chr03 NC_080389.1:46916453-46916467promoter 内 1871-1885 bp + 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46918583-46920381(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCAATTAGGTATGA
SmilChr03G001715 Chr03 NC_080389.1:22978449-22978463promoter 内 1844-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 22980606-22980712(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGTTCCAA
SmilChr02G003911 Chr02 NC_080388.1:61202304-61202318promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 61195543-61200080(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGGATTAGGTGCCT