转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 14 / 167 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002973 Chr03 NC_080389.1:46526614-46526623promoter 内 3755-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 46524990-46526377(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr04G003763 Chr04 NC_080390.1:53878610-53878619promoter 内 3744-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 53878867-53882961(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr07G001166 Chr07 NC_080393.1:8730292-8730301promoter 内 3739-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 8724721-8730039(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr05G004331 Chr05 NC_080391.1:57010739-57010748promoter 内 3722-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 57011018-57013672(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr03G004458 Chr03 NC_080389.1:62680715-62680724promoter 内 3706-3715 bp - 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 62675581-62680429(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr02G001973 Chr02 NC_080388.1:35710732-35710741promoter 内 3674-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 35711059-35711140(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTTA
SmilChr01G002845 Chr01 NC_080387.1:47020446-47020455promoter 内 3615-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 47019019-47020069(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr08G001693 Chr08 NC_080394.1:14178516-14178525promoter 内 3614-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 14178903-14179933(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr07G002326 Chr07 NC_080393.1:21586627-21586636promoter 内 3611-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 21583064-21586246(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr02G003189 Chr02 NC_080388.1:53049883-53049892promoter 内 3607-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 53050277-53053110(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr03G002748 Chr03 NC_080389.1:43671601-43671610promoter 内 3597-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 43672005-43674888(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr08G000272 Chr08 NC_080394.1:1861937-1861946promoter 内 3569-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 1858264-1861514(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr02G002463 Chr02 NC_080388.1:42971182-42971191promoter 内 3480-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 42965984-42970670(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr03G003996 Chr03 NC_080389.1:59003030-59003039promoter 内 3461-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 59003570-59004740(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr07G002170 Chr07 NC_080393.1:19874428-19874437promoter 内 3343-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 19870751-19873779(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr01G002346 Chr01 NC_080387.1:40599765-40599774promoter 内 3304-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 40593257-40599077(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTTA
SmilChr04G002812 Chr04 NC_080390.1:44134749-44134758promoter 内 3288-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 44130870-44134045(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr02G004554 Chr02 NC_080388.1:68059435-68059444promoter 内 3286-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 68055111-68058729(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGG
SmilChr05G002049 Chr05 NC_080391.1:21360791-21360800promoter 内 3222-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 21358691-21360021(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGG
SmilChr05G004083 Chr05 NC_080391.1:54686720-54686729promoter 内 3154-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 54682916-54685882(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr03G001825 Chr03 NC_080389.1:25004385-25004394promoter 内 3139-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 25000658-25003532(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGG
SmilChr02G001850 Chr02 NC_080388.1:33729347-33729356promoter 内 3123-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 33730225-33730871(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGG
SmilChr03G003726 Chr03 NC_080389.1:56286389-56286398promoter 内 3116-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 56287274-56287975(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr07G001175 Chr07 NC_080393.1:8889800-8889809promoter 内 3083-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 8890718-8894477(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr02G003831 Chr02 NC_080388.1:59952280-59952289promoter 内 3081-3090 bp + 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 59953200-59954266(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr07G000769 Chr07 NC_080393.1:5384282-5384291promoter 内 3056-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 5382423-5383346(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTTA
SmilChr01G000291 Chr01 NC_080387.1:5687290-5687299promoter 内 3018-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 5688273-5690755(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr01G000361 Chr01 NC_080387.1:7425235-7425244promoter 内 2990-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 7426246-7428349(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr02G001507 Chr02 NC_080388.1:28094269-28094278promoter 内 2978-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 28091874-28093255(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr08G004333 Chr08 NC_080394.1:52995692-52995701promoter 内 2960-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 52994587-52994660(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr07G001177 Chr07 NC_080393.1:8901173-8901182promoter 内 2870-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 8899949-8900051(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr07G000968 Chr07 NC_080393.1:7005847-7005856promoter 内 2797-2806 bp - 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 7002133-7004652(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr01G001886 Chr01 NC_080387.1:33964476-33964485promoter 内 2776-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 33959204-33963260(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr05G000575 Chr05 NC_080391.1:4324913-4324922promoter 内 2756-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 4318185-4323677(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr05G004239 Chr05 NC_080391.1:56215972-56215981promoter 内 2671-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 56209447-56214651(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTTA
SmilChr02G003770 Chr02 NC_080388.1:59391771-59391780promoter 内 2662-2671 bp + 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 59393110-59398775(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr05G003030 Chr05 NC_080391.1:37914642-37914651promoter 内 2617-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 37916026-37918649(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr04G003762 Chr04 NC_080390.1:53878610-53878619promoter 内 2608-2617 bp - 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 53873421-53877226(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr03G002390 Chr03 NC_080389.1:37840497-37840506promoter 内 2548-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 37841950-37849352(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTTA
SmilChr08G000582 Chr08 NC_080394.1:4260763-4260772promoter 内 2527-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 4257237-4259298(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr04G004082 Chr04 NC_080390.1:55864545-55864554promoter 内 2515-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 55866031-55873695(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr08G003401 Chr08 NC_080394.1:35868308-35868317promoter 内 2474-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 35869835-35872426(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr03G002301 Chr03 NC_080389.1:36227560-36227569promoter 内 2450-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 36221533-36226018(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr01G000574 Chr01 NC_080387.1:11914726-11914735promoter 内 2357-2366 bp - 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 11916370-11919874(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTAC
SmilChr01G004315 Chr01 NC_080387.1:61332285-61332294promoter 内 2355-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 61326946-61330648(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr02G004122 Chr02 NC_080388.1:63495237-63495246promoter 内 2337-2346 bp - 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 63492296-63493582(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr05G001309 Chr05 NC_080391.1:11292148-11292157promoter 内 2283-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 11293866-11294391(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGG
SmilChr05G003923 Chr05 NC_080391.1:52986599-52986608promoter 内 2253-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 52988347-52991040(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC
SmilChr07G000070 Chr07 NC_080393.1:332436-332445promoter 内 2202-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 327790-330646(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTTC
SmilChr08G004323 Chr08 NC_080394.1:52917820-52917829promoter 内 2186-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 52915112-52916014(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGC