转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 14 / 135 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001110 Chr02 NC_080388.1:19983069-19983083promoter 内 900-914 bp - 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 19976745-19979982(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTTCCTTATCTAC
SmilChr03G001691 Chr03 NC_080389.1:22425788-22425802promoter 内 856-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 22428933-22429433(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCATCCTTATCTTT
SmilChr03G000046 Chr03 NC_080389.1:503013-503027promoter 内 288-302 bp + 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 497834-499314(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTGTGT
SmilChr01G005758 Chr01 NC_080387.1:73675911-73675925promoter 内 8-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 73661649-73671932(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAATGCA
SmilChr01G002616 Chr01 NC_080387.1:44438469-44438483promoter 内 3982-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 44438488-44441195(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGAGTTG
SmilChr02G002873 Chr02 NC_080388.1:48972434-48972448promoter 内 3903-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48969672-48972350(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGAATCT
SmilChr01G006154 Chr01 NC_080387.1:76977881-76977895promoter 内 3889-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 76974631-76977783(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGAAAAG
SmilChr01G006156 Chr01 NC_080387.1:76983954-76983968promoter 内 3889-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 76980704-76983856(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGAAAAG
SmilChr02G002987 Chr02 NC_080388.1:50503185-50503199promoter 内 3858-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50503328-50506990(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGAATCT
SmilChr02G002743 Chr02 NC_080388.1:47416360-47416374promoter 内 3626-3640 bp - 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47416735-47417279(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGTACAA
SmilChr03G002231 Chr03 NC_080389.1:35216702-35216716promoter 内 3626-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 35215797-35216341(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGTACAA
SmilChr02G003963 Chr02 NC_080388.1:61787665-61787679promoter 内 3170-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 61785679-61786848(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATCTTATCCAC
SmilChr03G000047 Chr03 NC_080389.1:503013-503027promoter 内 3131-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 499352-502157(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTGTGT
SmilChr02G000359 Chr02 NC_080388.1:4634420-4634434promoter 内 3091-3105 bp - 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4635330-4640870(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAAAAAA
SmilChr02G004420 Chr02 NC_080388.1:66525016-66525030promoter 内 3046-3060 bp + 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 66525971-66527914(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCTTCCTTATCTTC
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75735296-75735310promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATCACCTTATCCGA
SmilChr01G003071 Chr01 NC_080387.1:49560054-49560068promoter 内 2719-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49553057-49558786(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGTATGA
SmilChr01G004987 Chr01 NC_080387.1:67912740-67912754promoter 内 2522-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 67914219-67916717(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAATACCTTATCCTT
SmilChr01G005190 Chr01 NC_080387.1:69629009-69629023promoter 内 2475-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 69598680-69627497(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGATAAGGTTAGT
SmilChr03G001388 Chr03 NC_080389.1:16426094-16426108promoter 内 2449-2463 bp + 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 16427646-16428575(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAGCCTTATCCAA
SmilChr01G002788 Chr01 NC_080387.1:46353417-46353431promoter 内 2412-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46347565-46351842(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAAACCTTATCTTA
SmilChr02G003684 Chr02 NC_080388.1:58206481-58206495promoter 内 2408-2422 bp - 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58208074-58213277(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAGATAAGGATATT
SmilChr02G003097 Chr02 NC_080388.1:51843405-51843419promoter 内 2293-2307 bp + 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 51832350-51841711(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTAGATAAGGATTTG
SmilChr02G005586 Chr02 NC_080388.1:75669200-75669214promoter 内 2268-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75664446-75667481(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAACCTTATCCAG
SmilChr03G001279 Chr03 NC_080389.1:14977742-14977756promoter 内 1898-1912 bp - 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 14973411-14975653(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAAACATTATCCTC
SmilChr02G004673 Chr02 NC_080388.1:69097847-69097861promoter 内 1894-1908 bp + 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 69091695-69095754(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGATAAA
SmilChr02G000071 Chr02 NC_080388.1:902517-902531promoter 内 1348-1362 bp - 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 897628-899878(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAATTCTTATCCTA
SmilChr03G000840 Chr03 NC_080389.1:9599269-9599283promoter 内 1293-1307 bp + 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9601977-9604830(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTACACCTTATCCTT
SmilChr01G001468 Chr01 NC_080387.1:28457671-28457685promoter 内 1257-1271 bp - 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 28460415-28464252(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGGAGTAG
SmilChr02G005598 Chr02 NC_080388.1:75712786-75712800promoter 内 846-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75708951-75709645(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGGCTGAG
SmilChr02G003131 Chr02 NC_080388.1:52343489-52343503promoter 内 656-670 bp - 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 52337056-52340158(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAAATCTTATCCAC
SmilChr01G004665 Chr01 NC_080387.1:64757616-64757630promoter 内 609-623 bp - 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 64750876-64754238(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGTTTTCTTATCCTC
SmilChr01G003535 Chr01 NC_080387.1:53987235-53987249promoter 内 255-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53979613-53983503(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACTACCTTATCTTT
SmilChr02G003442 Chr02 NC_080388.1:55702587-55702601promoter 内 993-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 5 55696078-55699593(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGAGGAA
SmilChr02G002246 Chr02 NC_080388.1:39895545-39895559promoter 内 3844-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 39895702-39906559(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAACACCTTATCCTA
SmilChr02G005241 Chr02 NC_080388.1:73581086-73581100promoter 内 3766-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 73577522-73580865(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGTTTAA
SmilChr01G004590 Chr01 NC_080387.1:63912047-63912061promoter 内 2755-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 63907198-63910815(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCTCCTTATCTAC
SmilChr02G004884 Chr02 NC_080388.1:70926110-70926124promoter 内 2299-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 70927812-70928715(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTTTCTTATCCTC
SmilChr02G005531 Chr02 NC_080388.1:75369219-75369233promoter 内 2249-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 75364076-75367481(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGTATAG
SmilChr02G004166 Chr02 NC_080388.1:63975218-63975232promoter 内 1905-1919 bp + 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 63971723-63973136(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAAAAGA
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15460426-15460440promoter 内 3314-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 15458438-15459753(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAATCCTTATCCTA
SmilChr01G005084 Chr01 NC_080387.1:68719443-68719457promoter 内 2444-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 68721000-68722304(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAAACCTTATCTAA
SmilChr01G002206 Chr01 NC_080387.1:38387618-38387632promoter 内 2087-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 38389532-38392060(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGACAAT
SmilChr01G002260 Chr01 NC_080387.1:39398791-39398805promoter 内 1583-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 39392484-39396387(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTAACCTTATCTTA
SmilChr01G000171 Chr01 NC_080387.1:2817741-2817755promoter 内 1540-1554 bp + 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 2814620-2815294(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGACAAA
SmilChr01G004935 Chr01 NC_080387.1:67423480-67423494promoter 内 1536-1550 bp - 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 67425945-67427198(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGAAAAAA
SmilChr01G005883 Chr01 NC_080387.1:74760460-74760474promoter 内 1182-1196 bp - 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 74756461-74757655(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTCTCCTTATCCAA
SmilChr01G002694 Chr01 NC_080387.1:45193366-45193380promoter 内 910-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 45196457-45199085(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGAATAT
SmilChr02G000204 Chr02 NC_080388.1:2638582-2638596promoter 内 493-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 2632721-2635088(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTATATCTTATCCTC
SmilChr01G005882 Chr01 NC_080387.1:74760460-74760474promoter 内 404-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 74749569-74756877(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTCTCCTTATCCAA