转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 142 / 144 下载 TSV

上一页 142 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003075 Chr03 NC_080389.1:47783019-47783033promoter 内 915-929 bp + 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47777344-47779947(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGAAGAA
SmilChr06G001259 Chr06 NC_080392.1:13107611-13107625promoter 内 857-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13100627-13104481(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGAAGAA
SmilChr03G002041 Chr03 NC_080389.1:30849570-30849584promoter 内 849-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30852722-30854433(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTTAATAAGGAAAAG
SmilChr04G002677 Chr04 NC_080390.1:42215187-42215201promoter 内 791-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42208264-42211991(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATTTCCTTTTTCGA
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37154676-37154690promoter 内 745-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37148586-37151434(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTCTTCTTTTTTTGG
SmilChr06G000128 Chr06 NC_080392.1:903065-903079promoter 内 744-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 897720-899822(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GATTTCCTTTTTGGA
SmilChr01G001492 Chr01 NC_080387.1:28728472-28728486promoter 内 722-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28731751-28735693(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCGTTCCTTTTTGGT
SmilChr05G003206 Chr05 NC_080391.1:41094279-41094293promoter 内 645-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41088434-41090937(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AACATCCTTTTTTGG
SmilChr01G000856 Chr01 NC_080387.1:18451136-18451150promoter 内 636-650 bp - 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18446891-18447785(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GATTTCCTTTTTGGA
SmilChr06G000406 Chr06 NC_080392.1:3323041-3323055promoter 内 520-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3308612-3319574(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTCTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G002510 Chr01 NC_080387.1:42992899-42992913promoter 内 517-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42996383-43000308(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GTTTCCCTTTTTTGG
SmilChr05G002602 Chr05 NC_080391.1:29224723-29224737promoter 内 510-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29228214-29234252(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGTTTGT
SmilChr01G003479 Chr01 NC_080387.1:53349541-53349555promoter 内 506-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53353036-53357047(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTTCAGT
SmilChr06G000998 Chr06 NC_080392.1:9878196-9878210promoter 内 447-461 bp - 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9881750-9886822(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGCCTCT
SmilChr05G001360 Chr05 NC_080391.1:12107448-12107462promoter 内 417-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12100982-12103878(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGAAGAA
SmilChr01G002939 Chr01 NC_080387.1:48176577-48176591promoter 内 410-424 bp + 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48165428-48173000(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGAAGAA
SmilChr02G003211 Chr02 NC_080388.1:53294933-53294947promoter 内 387-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53298547-53300564(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GATTTCCTTTTTGGA
SmilChr04G003025 Chr04 NC_080390.1:46676722-46676736promoter 内 240-254 bp + 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46672551-46672975(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGGAAAC
SmilChr02G003780 Chr02 NC_080388.1:59488199-59488213promoter 内 212-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59483461-59484424(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AGATTCTTTTTTTGG
SmilChr05G002185 Chr05 NC_080391.1:23346654-23346668promoter 内 179-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23333548-23342846(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCGATCCCTTTTTGG
SmilChr04G000789 Chr04 NC_080390.1:9719369-9719383promoter 内 119-133 bp + 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9708781-9715501(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGATAGA
SmilChr01G000687 Chr01 NC_080387.1:15391080-15391094promoter 内 43-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15387034-15387136(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TGTTTCCTTTATTAG
SmilChr04G004106 Chr04 NC_080390.1:56019381-56019395promoter 内 3940-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56016397-56019334(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TATTCCCTTTTTCGG
SmilChr02G001414 Chr02 NC_080388.1:26763928-26763942promoter 内 3893-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26763248-26763834(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGTAAAAGGAAAAG
SmilChr04G000885 Chr04 NC_080390.1:11286908-11286922promoter 内 3840-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11280501-11286761(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTTAAAG
SmilChr01G004729 Chr01 NC_080387.1:65464493-65464507promoter 内 3679-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65461649-65464185(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTAAAGG
SmilChr04G004038 Chr04 NC_080390.1:55610970-55610984promoter 内 3640-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55608613-55610623(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTATTCTCTTTTTGG
SmilChr04G002873 Chr04 NC_080390.1:44863847-44863861promoter 内 3535-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44864313-44865784(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTAATTAG
SmilChr05G001558 Chr05 NC_080391.1:14287418-14287432promoter 内 3504-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14287915-14288623(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATATTCTTTTTTTGG
SmilChr03G003880 Chr03 NC_080389.1:57899211-57899225promoter 内 3457-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57894954-57898681(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCATAAAAGGAAAGT
SmilChr04G001341 Chr04 NC_080390.1:21668196-21668210promoter 内 3388-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21668809-21671642(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCACTTCCAG
SmilChr01G004882 Chr01 NC_080387.1:66896352-66896366promoter 内 3340-3354 bp + 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66895028-66895705(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCATAAAAGGAAAGT
SmilChr03G002443 Chr03 NC_080389.1:38828198-38828212promoter 内 3305-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38828894-38831374(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGGAAGTGGAAAGT
SmilChr03G002621 Chr03 NC_080389.1:41608764-41608778promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41602122-41608061(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTGTCTTTTTTTGG
SmilChr05G004127 Chr05 NC_080391.1:55194276-55194290promoter 内 3220-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55190813-55193509(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGCTAGT
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