转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 143 / 167 下载 TSV

上一页 143 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002420 Chr03 NC_080389.1:38432738-38432758promoter 内 3027-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38433712-38434956(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATATTTGGATAATTAAAAA
SmilChr07G002906 Chr07 NC_080393.1:29472040-29472060promoter 内 2996-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29473045-29475715(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGTAGTTCTGATAAGGCTGAA
SmilChr01G000027 Chr01 NC_080387.1:536412-536432promoter 内 2951-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 537462-541378(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATATTTATCCACTAAAAA
SmilChr02G003412 Chr02 NC_080388.1:55282343-55282363promoter 内 2936-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55283408-55290154(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGTTACATTATCCATTCAATG
SmilChr03G002983 Chr03 NC_080389.1:46648429-46648449promoter 内 2903-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46642713-46647351(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCGAATTGGATAATTATTTT
SmilChr05G002484 Chr05 NC_080391.1:27485145-27485165promoter 内 2891-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27482117-27484055(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGATTTTGGATAATGTAATT
SmilChr02G000217 Chr02 NC_080388.1:2833619-2833639promoter 内 2889-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2827451-2832527(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACTGTTTGGATAATTAAGCT
SmilChr01G001667 Chr01 NC_080387.1:30768015-30768035promoter 内 2883-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30762761-30766917(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTAGTGGATAACTTTTAG
SmilChr05G002487 Chr05 NC_080391.1:27551436-27551456promoter 内 2839-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27548564-27550294(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTATATGGATAAAAAGGAT
SmilChr06G000709 Chr06 NC_080392.1:6391855-6391875promoter 内 2838-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6393018-6396074(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATGAATATCCAAACTTTG
SmilChr06G003227 Chr06 NC_080392.1:45018712-45018732promoter 内 2812-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45016293-45017543(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTTCCTTATCATTTCAGTC
SmilChr01G005428 Chr01 NC_080387.1:71450629-71450649promoter 内 2802-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71451828-71456927(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCAAAAAGGATAAGCTACAT
SmilChr08G001581 Chr08 NC_080394.1:13048977-13048997promoter 内 2792-2812 bp - 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13043982-13047788(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTGATTAATGATAAGGAGGGT
SmilChr01G004794 Chr01 NC_080387.1:66173901-66173921promoter 内 2715-2735 bp - 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66175187-66177862(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATAATATTATCCACATAAGT
SmilChr03G003789 Chr03 NC_080389.1:56991758-56991778promoter 内 2697-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56987902-56990474(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTATTTTGATCCAATTTATG
SmilChr02G002300 Chr02 NC_080388.1:40597903-40597923promoter 内 2686-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40589959-40596608(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCGAATTTATCCACTCAATT
SmilChr04G003686 Chr04 NC_080390.1:53273976-53273996promoter 内 2630-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53271866-53272625(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCAAAGAAGATGAGGATAAT
SmilChr02G003362 Chr02 NC_080388.1:54753533-54753553promoter 内 2629-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54744015-54752181(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGATCATAGGATAAGAAAAGT
SmilChr01G004859 Chr01 NC_080387.1:66746301-66746321promoter 内 2599-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66747703-66749896(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGGCGACTTATCCTCAATTTA
SmilChr04G002869 Chr04 NC_080390.1:44818187-44818207promoter 内 2598-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44809461-44816804(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAACTTTTTATCCAATCCATG
SmilChr05G002582 Chr05 NC_080391.1:29042429-29042449promoter 内 2558-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29038133-29041006(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATATTTATCCACTAAAAT
SmilChr06G000961 Chr06 NC_080392.1:9304214-9304234promoter 内 2549-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9300779-9302782(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAACAAAAGGATAAGAAAACA
SmilChr02G002495 Chr02 NC_080388.1:43388859-43388879promoter 内 2543-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43390317-43391754(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGCACACTTATCCATTGCACT
SmilChr04G003541 Chr04 NC_080390.1:51762205-51762225promoter 内 2527-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51763679-51768482(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTTTTTGGATAAAAAAAAT
SmilChr06G002147 Chr06 NC_080392.1:29163384-29163404promoter 内 2492-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29164893-29195347(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAAAATTATCCAGTCTTCT
SmilChr08G001061 Chr08 NC_080394.1:8193028-8193048promoter 内 2467-2487 bp + 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8194562-8196395(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATTGTAGATAAGGTCTGT
SmilChr01G000918 Chr01 NC_080387.1:19415889-19415909promoter 内 2465-2485 bp - 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19417425-19419869(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTTTCTTATCCAAGAAGGG
SmilChr04G001350 Chr04 NC_080390.1:21902910-21902930promoter 内 2462-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21904449-21905816(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCAAACTTATCCTCGAAATC
SmilChr01G001599 Chr01 NC_080387.1:30156579-30156599promoter 内 2453-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30154242-30155051(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAGAAATGGATAATTGTCCT
SmilChr05G002681 Chr05 NC_080391.1:30292668-30292688promoter 内 2353-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30294316-30295011(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATCAGAGAAGGAGGCA
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64382237-64382257promoter 内 2342-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64377780-64380598(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTGTTTATCCAGAATTCA
SmilChr02G003334 Chr02 NC_080388.1:54577626-54577646promoter 内 2326-2346 bp - 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54579301-54582613(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACTTAATTATCCAAACACTT
SmilChr05G000714 Chr05 NC_080391.1:5417778-5417798promoter 内 2320-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5419459-5421503(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTTTTTTGGATAACGTTGAT
SmilChr04G002644 Chr04 NC_080390.1:41815485-41815505promoter 内 2303-2323 bp + 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 41812893-41813807(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTGCTTATCCTGAAGGTG
SmilChr04G001742 Chr04 NC_080390.1:28700100-28700120promoter 内 2302-2322 bp + 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28694936-28698421(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGTCTCTTATCCTGATATTT
SmilChr02G004275 Chr02 NC_080388.1:64942327-64942347promoter 内 2298-2318 bp - 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64944030-64945789(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTTCCTTATCAGTACTGTT
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SmilChr05G000802 Chr05 NC_080391.1:6277392-6277412promoter 内 2168-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6279225-6282578(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGCTAATTGGATAAGGTATAT
SmilChr07G000870 Chr07 NC_080393.1:6236772-6236792promoter 内 2162-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6234315-6234953(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGAGACTTCTCCAATTTTTC
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SmilChr03G002556 Chr03 NC_080389.1:40736494-40736514promoter 内 1995-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40738500-40741310(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATCTCATGATCCAATTCTTC
SmilChr07G001336 Chr07 NC_080393.1:10321920-10321940promoter 内 1985-2005 bp - 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10323936-10330081(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAAACTTATCCAATCGCTC
SmilChr05G000441 Chr05 NC_080391.1:3339080-3339100promoter 内 1974-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3335967-3337073(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATTTTTATCCATATAAAT