转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 145 / 151 下载 TSV

上一页 145 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G000782 Chr03 NC_080389.1:8905283-8905295promoter 内 3635-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8902676-8904929(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCAGGTAGGCAGA
SmilChr02G004566 Chr02 NC_080388.1:68182828-68182840promoter 内 3603-3615 bp - 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68183226-68185283(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATAAATAGGTAAA
SmilChr05G001380 Chr05 NC_080391.1:12309331-12309343promoter 内 3578-3590 bp + 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12307303-12308920(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG
SmilChr02G002260 Chr02 NC_080388.1:40039694-40039706promoter 内 3537-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40040158-40046431(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTTTG
SmilChr04G000830 Chr04 NC_080390.1:10456365-10456377promoter 内 3415-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10452131-10455791(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCTGTAGGTAAC
SmilChr05G001439 Chr05 NC_080391.1:13142870-13142882promoter 内 3389-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13140451-13142270(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTATCGAC
SmilChr04G000701 Chr04 NC_080390.1:8167975-8167987promoter 内 3381-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8168595-8171114(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAAATAGGTAAA
SmilChr04G000679 Chr04 NC_080390.1:7825393-7825405promoter 内 3366-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7826028-7828699(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCAAA
SmilChr05G000966 Chr05 NC_080391.1:7802516-7802528promoter 内 3355-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7803162-7805218(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAACCTACCTCT
SmilChr02G004218 Chr02 NC_080388.1:64403378-64403390promoter 内 3335-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64401012-64402724(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG
SmilChr05G000902 Chr05 NC_080391.1:7147686-7147698promoter 内 3324-3336 bp + 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7148363-7150360(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAACCTACCTCT
SmilChr01G000592 Chr01 NC_080387.1:12904940-12904952promoter 内 3286-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12901654-12904237(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAAATAGGTAAA
SmilChr02G000309 Chr02 NC_080388.1:3893161-3893173promoter 内 3267-3279 bp - 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3893895-3896873(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG
SmilChr02G004231 Chr02 NC_080388.1:64503227-64503239promoter 内 3214-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64501118-64502452(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG
SmilChr04G003021 Chr04 NC_080390.1:46616463-46616475promoter 内 3192-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46611719-46615666(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGGGTAGGTTCC
SmilChr03G003065 Chr03 NC_080389.1:47599665-47599677promoter 内 3081-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47600585-47603763(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGCAACTACCTTT
SmilChr03G000871 Chr03 NC_080389.1:9891369-9891381promoter 内 3040-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9888327-9890420(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG
SmilChr02G003489 Chr02 NC_080388.1:56146251-56146263promoter 内 2884-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56147368-56149864(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTAAT
SmilChr02G005557 Chr02 NC_080388.1:75534807-75534819promoter 内 2828-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75525210-75533646(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGATAGGTAAC
SmilChr05G001040 Chr05 NC_080391.1:8524462-8524474promoter 内 2783-2795 bp + 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8525680-8528741(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACACCC
SmilChr01G003833 Chr01 NC_080387.1:56654710-56654722promoter 内 2719-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56655992-56661823(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAGGTAGGCGCC
SmilChr03G001961 Chr03 NC_080389.1:28108308-28108320promoter 内 2610-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28109699-28110847(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGGTAGGTTTG
SmilChr03G001982 Chr03 NC_080389.1:28969293-28969305promoter 内 2609-2621 bp - 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28963505-28967913(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTAAT
SmilChr02G002533 Chr02 NC_080388.1:44036787-44036799promoter 内 2592-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44038196-44039191(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAAATAGGTAAA
SmilChr03G001298 Chr03 NC_080389.1:15190371-15190383promoter 内 2544-2556 bp - 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15191828-15199364(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG
SmilChr01G000554 Chr01 NC_080387.1:11521356-11521368promoter 内 2521-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11517300-11519888(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGGTAGGTTTG
SmilChr04G001287 Chr04 NC_080390.1:20524522-20524534promoter 内 2434-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20518301-20522967(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACACCC
SmilChr02G003827 Chr02 NC_080388.1:59932474-59932486promoter 内 2369-2381 bp - 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59934106-59935911(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGGTAGGTTTG
SmilChr01G005416 Chr01 NC_080387.1:71377832-71377844promoter 内 2357-2369 bp - 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71373066-71376200(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTAAT
SmilChr05G000410 Chr05 NC_080391.1:3106198-3106210promoter 内 2313-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3102551-3104522(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATGAG
SmilChr01G000978 Chr01 NC_080387.1:20682274-20682286promoter 内 2289-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20678587-20680574(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG
SmilChr02G005080 Chr02 NC_080388.1:72428384-72428396promoter 内 2256-2268 bp - 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72430129-72430892(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTAATAGGTAAA
SmilChr01G003110 Chr01 NC_080387.1:49910400-49910412promoter 内 2209-2221 bp - 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49912192-49949935(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGATAGGTAAC
SmilChr04G001825 Chr04 NC_080390.1:29793028-29793040promoter 内 2111-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29794918-29797030(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAACCTACCAAC
SmilChr03G000898 Chr03 NC_080389.1:10265516-10265528promoter 内 2093-2105 bp - 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10261530-10263620(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTAAT
SmilChr03G000027 Chr03 NC_080389.1:376984-376996promoter 内 2081-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 372725-375076(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCTAA
SmilChr03G001040 Chr03 NC_080389.1:12130062-12130074promoter 内 2062-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12127188-12128135(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGAACCTACCCAT
SmilChr02G001643 Chr02 NC_080388.1:30507956-30507968promoter 内 2060-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30503466-30506027(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAGGTAGGTTTG
SmilChr04G002981 Chr04 NC_080390.1:46236411-46236423promoter 内 2024-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46238388-46242612(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAACCTACCTCT
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SmilChr03G003193 Chr03 NC_080389.1:49394234-49394246promoter 内 1981-1993 bp - 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49396254-49396766(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGTATGAGGTAAA
SmilChr04G000077 Chr04 NC_080390.1:709191-709203promoter 内 1939-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 711253-714956(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTGGTAGGTTTA
SmilChr04G002259 Chr04 NC_080390.1:36543021-36543033promoter 内 1879-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36545143-36559440(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACACCC
SmilChr01G003784 Chr01 NC_080387.1:56223640-56223652promoter 内 1795-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56219347-56221446(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCGCCTACCTCC
SmilChr02G002398 Chr02 NC_080388.1:41867749-41867761promoter 内 1712-1724 bp + 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41870038-41876295(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATACCTACCTAT
SmilChr02G003102 Chr02 NC_080388.1:51956174-51956186promoter 内 1708-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51951341-51953893(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACATTT
SmilChr01G002331 Chr01 NC_080387.1:40466309-40466321promoter 内 1688-1700 bp + 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40459444-40464008(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG
SmilChr01G002508 Chr01 NC_080387.1:42970132-42970144promoter 内 1619-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 42964801-42967762(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACACCC
SmilChr04G003487 Chr04 NC_080390.1:51324530-51324542promoter 内 1609-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51315710-51322150(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGGTGTAGGTATG