转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 146 / 149 下载 TSV

上一页 146 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000894 Chr01 NC_080387.1:18982578-18982588promoter 内 2745-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18980595-18981332(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr04G002493 Chr04 NC_080390.1:39824645-39824655promoter 内 1821-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 39826825-39828443(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr05G000402 Chr05 NC_080391.1:3040201-3040211promoter 内 1692-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3034937-3037902(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr03G004308 Chr03 NC_080389.1:61424721-61424731promoter 内 1499-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61427223-61428110(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCACGCTGTCA
SmilChr01G005855 Chr01 NC_080387.1:74496432-74496442promoter 内 1303-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 74491655-74493744(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCACGCTGTCA
SmilChr02G004730 Chr02 NC_080388.1:69533078-69533088promoter 内 1203-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69529517-69530290(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCACGCTGTCA
SmilChr02G003872 Chr02 NC_080388.1:60753802-60753812promoter 内 1074-1084 bp - 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60756729-60759180(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr06G003127 Chr06 NC_080392.1:44129200-44129210promoter 内 798-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44125311-44126007(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr05G004136 Chr05 NC_080391.1:55347279-55347289promoter 内 763-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55350517-55351365(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr02G003089 Chr02 NC_080388.1:51774759-51774769promoter 内 626-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51769788-51771394(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCGCGCTGTCA
SmilChr03G004307 Chr03 NC_080389.1:61424721-61424731promoter 内 501-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61418542-61421231(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr02G004352 Chr02 NC_080388.1:65785661-65785671promoter 内 395-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65776748-65782065(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCACGCTGTCA
SmilChr02G004729 Chr02 NC_080388.1:69533078-69533088promoter 内 367-377 bp - 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69526894-69529454(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCACGCTGTCA
SmilChr01G004717 Chr01 NC_080387.1:65373358-65373368promoter 内 343-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65377016-65378790(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCACGCTGTCA
SmilChr02G003090 Chr02 NC_080388.1:51774759-51774769promoter 内 313-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51770533-51771081(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCGCGCTGTCA
SmilChr04G002704 Chr04 NC_080390.1:42560084-42560094promoter 内 291-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42563794-42565621(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr01G004696 Chr01 NC_080387.1:65056715-65056725promoter 内 125-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 65060591-65062244(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr04G000488 Chr04 NC_080390.1:5262837-5262847promoter 内 110-120 bp - 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5266728-5270636(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr02G004984 Chr02 NC_080388.1:71725412-71725422promoter 内 35-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71729378-71732730(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGG
SmilChr02G004465 Chr02 NC_080388.1:67059744-67059754promoter 内 5-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67063740-67063813(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCGCGCTGTCA
SmilChr04G001137 Chr04 NC_080390.1:16699862-16699872promoter 内 3134-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16700729-16708920(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGCGG
SmilChr07G001941 Chr07 NC_080393.1:16829002-16829012promoter 内 2869-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16830134-16834592(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCGCGCTGTCA
SmilChr05G003013 Chr05 NC_080391.1:37477455-37477465promoter 内 2710-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37478746-37480768(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCGCGCTGTCA
SmilChr02G004317 Chr02 NC_080388.1:65498047-65498057promoter 内 2119-2129 bp - 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 65499929-65502746(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGCGG
SmilChr06G002183 Chr06 NC_080392.1:30180380-30180390promoter 内 1915-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30173892-30178304(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGCGG
SmilChr04G001851 Chr04 NC_080390.1:30173508-30173518promoter 内 1869-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30175640-30177631(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGCGG
SmilChr05G001287 Chr05 NC_080391.1:11007320-11007330promoter 内 1706-1716 bp + 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11009615-11011307(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCGCGCTGTCA
SmilChr01G004921 Chr01 NC_080387.1:67291879-67291889promoter 内 1584-1594 bp - 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 67294296-67303027(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGCGG
SmilChr06G000161 Chr06 NC_080392.1:1124789-1124799promoter 内 1498-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1127292-1131974(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGCGG
SmilChr03G002254 Chr03 NC_080389.1:35467626-35467636promoter 内 1176-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 35470451-35472772(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCGCGCTGTCA
SmilChr04G001569 Chr04 NC_080390.1:26012949-26012959promoter 内 575-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26007552-26009533(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCGCGCTGTCA
SmilChr05G001676 Chr05 NC_080391.1:15888671-15888681promoter 内 48-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 15881913-15884728(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGCGG
SmilChr05G002663 Chr05 NC_080391.1:30133938-30133948promoter 内 2547-2557 bp + 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 30135392-30136909(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr07G002127 Chr07 NC_080393.1:19414850-19414860promoter 内 3912-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19413533-19414771(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr01G001830 Chr01 NC_080387.1:33239094-33239104promoter 内 3905-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33234791-33239008(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr05G004225 Chr05 NC_080391.1:56089760-56089770promoter 内 3700-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56088883-56089469(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr02G001367 Chr02 NC_080388.1:25760920-25760930promoter 内 3654-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25759521-25760583(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr02G001234 Chr02 NC_080388.1:22657942-22657952promoter 内 3653-3663 bp - 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22656557-22657604(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr03G002739 Chr03 NC_080389.1:43525795-43525805promoter 内 3565-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43526231-43527896(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr04G001045 Chr04 NC_080390.1:14873352-14873362promoter 内 3075-3085 bp + 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14874278-14875512(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr02G000973 Chr02 NC_080388.1:17016449-17016459promoter 内 3012-3022 bp + 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17017438-17018094(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAT
SmilChr03G002764 Chr03 NC_080389.1:43941953-43941963promoter 内 2958-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43942996-43944440(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr03G003952 Chr03 NC_080389.1:58574503-58574513promoter 内 2925-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58575579-58580771(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr03G002754 Chr03 NC_080389.1:43768710-43768720promoter 内 2802-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43769909-43770824(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr05G000045 Chr05 NC_080391.1:216432-216442promoter 内 2589-2599 bp + 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 217844-218991(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr03G003764 Chr03 NC_080389.1:56785241-56785251promoter 内 2579-2589 bp - 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56786663-56789381(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr05G004131 Chr05 NC_080391.1:55290381-55290391promoter 内 2502-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55291880-55293424(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr04G003083 Chr04 NC_080390.1:47427069-47427079promoter 内 2482-2492 bp + 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47425487-47425560(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGT
SmilChr02G002162 Chr02 NC_080388.1:38835513-38835523promoter 内 2460-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38832419-38833982(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCAA
SmilChr04G001311 Chr04 NC_080390.1:20958759-20958769promoter 内 2237-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 20960523-20961827(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAT