转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 151 / 152 下载 TSV

上一页 151 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001006 Chr02 NC_080388.1:17746671-17746689promoter 内 3302-3320 bp + 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 17747370-17751640(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTCACCAACCACACTTAA
SmilChr03G002647 Chr03 NC_080389.1:42113571-42113589promoter 内 3220-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 42114352-42115532(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTAACAACTACCTTTTT
SmilChr02G004492 Chr02 NC_080388.1:67409316-67409334promoter 内 3135-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 67410182-67412258(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAGCACAACCACTTTCAA
SmilChr01G004594 Chr01 NC_080387.1:63928273-63928291promoter 内 3112-3130 bp + 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63929162-63930851(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCTAACACCCACCTTGCC
SmilChr05G000013 Chr05 NC_080391.1:63991-64009promoter 内 3106-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 60245-63114(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAATAGTGGTTGTCAACT
SmilChr01G002276 Chr01 NC_080387.1:39525136-39525154promoter 内 3090-3108 bp - 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 39526047-39527688(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCAGGATGGTTGGGAATG
SmilChr02G000710 Chr02 NC_080388.1:11457986-11458004promoter 内 3022-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 11455871-11457025(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAACCACAACCACTCATTT
SmilChr01G004563 Chr01 NC_080387.1:63710638-63710656promoter 内 3013-3031 bp - 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63708057-63709668(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCTCAACCACAAATAT
SmilChr02G001142 Chr02 NC_080388.1:20674148-20674166promoter 内 2977-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20675172-20679004(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGGCAGTGGTTGGCTTTC
SmilChr04G000322 Chr04 NC_080390.1:2935521-2935539promoter 内 2947-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2931990-2934485(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGTCCAACCAAATTACC
SmilChr03G004620 Chr03 NC_080389.1:63899422-63899440promoter 内 2918-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63897532-63898357(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCATCTCAACCACAAGCAT
SmilChr05G003051 Chr05 NC_080391.1:38272868-38272886promoter 内 2801-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 38274068-38274871(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGCTGGTGGTTGAATTTT
SmilChr05G002271 Chr05 NC_080391.1:24420144-24420162promoter 内 2709-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24418394-24418870(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGTTGTGGTTGCACCCG
SmilChr01G003987 Chr01 NC_080387.1:58301505-58301523promoter 内 2642-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 58302864-58303077(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGAGGTGGTGGTGGTGG
SmilChr04G000721 Chr04 NC_080390.1:8469213-8469231promoter 内 2547-2565 bp - 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 8461382-8467777(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCTTCCAACAACCCCAAA
SmilChr04G003817 Chr04 NC_080390.1:54325180-54325198promoter 内 2526-2544 bp + 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54320497-54323723(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGAGTGGTTGTGGTTA
SmilChr02G004491 Chr02 NC_080388.1:67409316-67409334promoter 内 2458-2476 bp + 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 67405402-67407791(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGAAAGTGGTTGTGCTTC
SmilChr03G003997 Chr03 NC_080389.1:59012785-59012803promoter 内 2412-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 59014374-59017640(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAGCACAACCACTTTCAA
SmilChr02G001361 Chr02 NC_080388.1:25507929-25507947promoter 内 2308-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 25509622-25511800(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTTGGTTGGTTGGTGATT
SmilChr03G001041 Chr03 NC_080389.1:12127902-12127920promoter 内 2244-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 12129659-12133243(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTGAACAACCACCGCCAC
SmilChr01G003986 Chr01 NC_080387.1:58301505-58301523promoter 内 2162-2180 bp - 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 58299614-58299684(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCACCACCACCTCCAT
SmilChr03G004616 Chr03 NC_080389.1:63869115-63869133promoter 内 2140-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63865566-63867272(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAGAGGTGGTGGAAGGCA
SmilChr01G000325 Chr01 NC_080387.1:6537764-6537782promoter 内 2109-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 6539656-6559465(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTTCCACCAACCCTACC
SmilChr03G003809 Chr03 NC_080389.1:57154080-57154098promoter 内 2097-2115 bp - 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57149189-57152194(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCCACAACCACTGCAAA
SmilChr03G004632 Chr03 NC_080389.1:63954812-63954830promoter 内 2091-2109 bp - 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63956722-63961101(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTATTGTGGTTGATGTAG
SmilChr01G004166 Chr01 NC_080387.1:60163990-60164008promoter 内 2084-2102 bp - 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 60157280-60162091(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACACATTT
SmilChr02G001072 Chr02 NC_080388.1:19098742-19098760promoter 内 1987-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 19100756-19104184(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGCCGCCACCACCTCCCA
SmilChr05G001312 Chr05 NC_080391.1:11314648-11314666promoter 内 1910-1928 bp + 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 11306956-11312575(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGTTGTAGTTGGAAACT
SmilChr03G000949 Chr03 NC_080389.1:10752577-10752595promoter 内 1878-1896 bp + 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10754700-10755910(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCACCCCAACCATTCACTC
SmilChr01G004593 Chr01 NC_080387.1:63928273-63928291promoter 内 1804-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63923355-63926094(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCAAGGTGGGTGTTAGGT
SmilChr03G002812 Chr03 NC_080389.1:44584957-44584975promoter 内 1781-1799 bp - 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44587177-44590718(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTGTGTGGTTGAACGTG
SmilChr05G000489 Chr05 NC_080391.1:3828636-3828654promoter 内 1761-1779 bp - 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3823468-3826414(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACGTACAACCACTTGTTT
SmilChr01G000660 Chr01 NC_080387.1:14724428-14724446promoter 内 1748-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 14726681-14734421(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTATCAACCACCCGTAT
SmilChr04G003937 Chr04 NC_080390.1:54992717-54992735promoter 内 1709-1727 bp - 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54995009-54998521(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTTATTGGTTGGAGGGG
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