预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | 家族 | 基序 | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | 蛋白 | 基序 | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00008316-RA_Salv |
SmilChr04G003117 |
C2H2 | XP_057809539.1 |
MP00592 |
AAGAAAACGACAAAAAA |
9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 154 / 171 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | 基序 | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr06G002603 |
Chr06 | NC_080392.1:37417266-37417282promoter 内 2246-2262 bp |
+ | 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 37410472-37415527(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCATATTTTC |
SmilChr04G002908 |
Chr04 | NC_080390.1:45338224-45338240promoter 内 2233-2249 bp |
+ | 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 45331954-45336472(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTTTTTGTTTTTTTGTT |
SmilChr05G000976 |
Chr05 | NC_080391.1:7886072-7886088promoter 内 2224-2240 bp |
+ | 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 7887849-7891086(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ACCGAACCGACAAATAA |
SmilChr04G002741 |
Chr04 | NC_080390.1:43076614-43076630promoter 内 2191-2207 bp |
- | 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 43074041-43074820(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TAATTTAAGACAAAAAA |
SmilChr08G000141 |
Chr08 | NC_080394.1:907482-907498promoter 内 2175-2191 bp |
+ | 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 909308-917061(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AGGATGATGACAAAAAT |
SmilChr06G003194 |
Chr06 | NC_080392.1:44827385-44827401promoter 内 2174-2190 bp |
+ | 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 44829212-44830519(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ACTAAAATGACAAAAAG |
SmilChr03G002471 |
Chr03 | NC_080389.1:39173233-39173249promoter 内 2168-2184 bp |
- | 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 39175066-39178152(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GCTTTTGTCCTTTGTTT |
SmilChr08G002277 |
Chr08 | NC_080394.1:21181131-21181147promoter 内 2142-2158 bp |
- | 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 21176388-21179288(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AAAAACGCGACAAAAGC |
SmilChr06G002914 |
Chr06 | NC_080392.1:42007261-42007277promoter 内 2141-2157 bp |
+ | 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 42002592-42005417(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTATTTGTCGTATCTGT |
SmilChr03G002322 |
Chr03 | NC_080389.1:36570326-36570342promoter 内 2129-2145 bp |
+ | 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 36565637-36568470(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TGTTTTGTCCTCACTCG |
SmilChr04G003851 |
Chr04 | NC_080390.1:54490326-54490342promoter 内 2128-2144 bp |
- | 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 54492199-54495611(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTTTTTGTCATGTTTTC |
SmilChr04G001503 |
Chr04 | NC_080390.1:24642818-24642834promoter 内 2126-2142 bp |
- | 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 24644693-24647729(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AATTTTGTCATTTTTGT |
SmilChr01G002165 |
Chr01 | NC_080387.1:37736285-37736301promoter 内 2118-2134 bp |
- | 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 37730155-37734418(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CTGGTAACGACAAAGAC |
SmilChr02G000101 |
Chr02 | NC_080388.1:1298524-1298540promoter 内 2098-2114 bp |
+ | 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 1293366-1296637(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TATTTTGTCTTTTCAAT |
SmilChr04G000898 |
Chr04 | NC_080390.1:11550717-11550733promoter 内 2082-2098 bp |
+ | 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 11547810-11548814(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TATTTTGTCTTGTTAGA |
SmilChr02G000422 |
Chr02 | NC_080388.1:5413925-5413941promoter 内 2068-2084 bp |
- | 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 5410858-5412008(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AACAAAAAAACAAAAAA |
SmilChr05G002649 |
Chr05 | NC_080391.1:29975263-29975279promoter 内 2062-2078 bp |
- | 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 29977202-29978950(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TGTTTTGTCCTCACTCG |
SmilChr01G001555 |
Chr01 | NC_080387.1:29585406-29585422promoter 内 2029-2045 bp |
+ | 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 29580482-29583450(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TATTTTGTCTTATATAG |
SmilChr07G002453 |
Chr07 | NC_080393.1:23057125-23057141promoter 内 2029-2045 bp |
- | 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 23051691-23055169(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CGAGTGAGGACAAAACA |
SmilChr01G000221 |
Chr01 | NC_080387.1:3870231-3870247promoter 内 2027-2043 bp |
+ | 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 3866939-3868273(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCTTGAATTG |
SmilChr04G003240 |
Chr04 | NC_080390.1:49183825-49183841promoter 内 1997-2013 bp |
+ | 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 49179459-49181837(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
ATTTTTGTCATGTTCGT |
SmilChr03G003445 |
Chr03 | NC_080389.1:52814414-52814430promoter 内 1978-1994 bp |
+ | 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 52816437-52820917(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
AACAAAAAAACAAAAAA |
SmilChr05G002742 |
Chr05 | NC_080391.1:31595536-31595552promoter 内 1978-1994 bp |
+ | 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 31589091-31593529(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CTTTTTGTCATATCCCG |
SmilChr04G001515 |
Chr04 | NC_080390.1:24955289-24955305promoter 内 1976-1992 bp |
- | 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 24957314-24961441(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TTTTTTGTTTTTTTGTT |
SmilChr08G000468 |
Chr08 | NC_080394.1:3332156-3332172promoter 内 1965-1981 bp |
+ | 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 3329466-3330136(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
TGTTTTGTCCTCACTCG |
SmilChr04G000068 |
Chr04 | NC_080390.1:624139-624155promoter 内 1947-1963 bp |
+ | 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 620400-622101(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
GGCCTTGTCGTATTGTG |
SmilChr04G002980 |
Chr04 | NC_080390.1:46227301-46227317promoter 内 1944-1960 bp |
- | 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 46213024-46225260(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
CAAAAGCCGACAAACTC |
SmilChr01G004089 |
Chr01 | NC_080387.1:59290581-59290597promoter 内 1939-1955 bp |
+ | 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 59292643-59294781(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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- | 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 30015936-30017916(+) |
SMil_00008316-RA_Salv |
MP00592 |
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SmilChr05G001589 |
Chr05 | NC_080391.1:14592576-14592592promoter 内 1938-1954 bp |
- | 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 14585567-14590529(-) |
SMil_00008316-RA_Salv |
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+ | 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 48328565-48329949(-) |
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- | 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 34912024-34912943(-) |
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- | 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 39895702-39906559(+) |
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+ | 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 74981743-74983403(+) |
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+ | 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 49030494-49034207(-) |
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SmilChr01G003536 |
Chr01 | NC_080387.1:53981945-53981961promoter 内 1833-1849 bp |
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