转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 158 / 160 下载 TSV

上一页 158 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G004913 Chr02 NC_080388.1:71128843-71128853promoter 内 1095-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71123696-71125947(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACTATACGTGT
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44514046-44514056promoter 内 1090-1100 bp + 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44508084-44511145(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGG
SmilChr01G003141 Chr01 NC_080387.1:50244548-50244558promoter 内 1086-1096 bp + 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50247463-50250725(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATA
SmilChr01G005684 Chr01 NC_080387.1:73112083-73112093promoter 内 1074-1084 bp - 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73105131-73109166(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAA
SmilChr02G002560 Chr02 NC_080388.1:44532116-44532126promoter 内 1028-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44525291-44529153(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACTATACGTGT
SmilChr03G001962 Chr03 NC_080389.1:28108644-28108654promoter 内 1025-1035 bp - 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28111620-28116633(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCCTTACGTGG
SmilChr04G001451 Chr04 NC_080390.1:23850216-23850226promoter 内 1009-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23853208-23854730(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAGGC
SmilChr01G001540 Chr01 NC_080387.1:29418808-29418818promoter 内 1000-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29421809-29421880(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAA
SmilChr05G001358 Chr05 NC_080391.1:12085464-12085474promoter 内 948-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12088517-12089277(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGTTACGTAA
SmilChr02G001497 Chr02 NC_080388.1:27906570-27906580promoter 内 923-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27902189-27903502(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTTTTACGTGT
SmilChr01G001436 Chr01 NC_080387.1:28033871-28033881promoter 内 920-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28030640-28030800(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCCTTACGTGG
SmilChr01G002805 Chr01 NC_080387.1:46590738-46590748promoter 内 892-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46593847-46601851(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTTTTACGTGT
SmilChr01G000231 Chr01 NC_080387.1:4290327-4290337promoter 内 872-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4286721-4287208(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGG
SmilChr02G000097 Chr02 NC_080388.1:1262837-1262847promoter 内 871-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1265967-1268801(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTTTTACGTGT
SmilChr05G003867 Chr05 NC_080391.1:52274968-52274978promoter 内 861-871 bp - 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52270079-52271838(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAA
SmilChr03G001874 Chr03 NC_080389.1:26001332-26001342promoter 内 841-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26004492-26007007(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATA
SmilChr02G000684 Chr02 NC_080388.1:10810005-10810015promoter 内 828-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10813178-10815951(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAGGC
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76393943-76393953promoter 内 818-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 76397126-76481394(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTTTTACGTGT
SmilChr01G000646 Chr01 NC_080387.1:14443361-14443371promoter 内 812-822 bp + 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14446550-14447300(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATAGT
SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7497136-7497146promoter 内 811-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7500326-7500844(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGG
SmilChr01G003906 Chr01 NC_080387.1:57348116-57348126promoter 内 804-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57351313-57354688(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTTTTACGTGT
SmilChr05G004382 Chr05 NC_080391.1:57314820-57314830promoter 内 793-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57310871-57311622(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTACGTAACAA
SmilChr01G003924 Chr01 NC_080387.1:57492265-57492275promoter 内 790-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57495476-57498897(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTTTTACGTGT
SmilChr02G003312 Chr02 NC_080388.1:54366558-54366568promoter 内 750-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54362925-54363317(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGG
SmilChr04G002436 Chr04 NC_080390.1:39024982-39024992promoter 内 728-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39020534-39021719(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAA
SmilChr03G002233 Chr03 NC_080389.1:35242037-35242047promoter 内 688-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35236852-35238734(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGG
SmilChr01G005527 Chr01 NC_080387.1:72144997-72145007promoter 内 684-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72138861-72141690(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATTTACGTGG
SmilChr05G002879 Chr05 NC_080391.1:34471239-34471249promoter 内 659-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34464165-34467907(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAA
SmilChr03G002179 Chr03 NC_080389.1:33870623-33870633promoter 内 646-656 bp - 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33863274-33867278(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAA
SmilChr04G003782 Chr04 NC_080390.1:53991001-53991011promoter 内 640-650 bp + 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53994362-53998106(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATAGT
SmilChr05G000386 Chr05 NC_080391.1:2910624-2910634promoter 内 638-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2905327-2907271(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAA
SmilChr05G003113 Chr05 NC_080391.1:39655124-39655134promoter 内 629-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39658496-39659656(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCCTTACGTGG
SmilChr03G002223 Chr03 NC_080389.1:35049712-35049722promoter 内 627-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35042421-35046348(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATA
SmilChr05G001720 Chr05 NC_080391.1:16471480-16471490promoter 内 626-636 bp + 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16474855-16475799(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAGAG
SmilChr03G000335 Chr03 NC_080389.1:3815484-3815494promoter 内 616-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3797148-3812109(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAA
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