转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 16 / 138 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004509 Chr07 NC_080393.1:57750601-57750615promoter 内 3858-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 57749489-57750472(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGTATATGACCGTTA
SmilChr02G001179 Chr02 NC_080388.1:21665526-21665540promoter 内 3816-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 21661969-21665355(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTATCATGACCGTTG
SmilChr08G000272 Chr08 NC_080394.1:1862049-1862063promoter 内 3452-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 1858264-1861514(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCAAATAAT
SmilChr07G002774 Chr07 NC_080393.1:27613827-27613841promoter 内 2076-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 27608269-27611916(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CATTTATTACCGTTG
SmilChr07G001705 Chr07 NC_080393.1:14455983-14455997promoter 内 1975-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 14453899-14453971(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATATGACCGTTT
SmilChr08G000179 Chr08 NC_080394.1:1224820-1224834promoter 内 1927-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 1226894-1229018(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTATTTTAACCGTTG
SmilChr01G005641 Chr01 NC_080387.1:72848724-72848738promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 72840105-72846648(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCACTTTTT
SmilChr06G002759 Chr06 NC_080392.1:40174250-40174264promoter 内 1908-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 40176343-40179229(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCTATTGG
SmilChr03G000353 Chr03 NC_080389.1:3958699-3958713promoter 内 1827-1841 bp - 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 3953502-3956539(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTATTTGACCGTTA
SmilChr01G001537 Chr01 NC_080387.1:29398172-29398186promoter 内 1793-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 29394965-29395978(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCCAACTT
SmilChr06G002758 Chr06 NC_080392.1:40174250-40174264promoter 内 1368-1382 bp - 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 40167694-40171631(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCAATAGGACCGTTG
SmilChr06G001691 Chr06 NC_080392.1:19305478-19305492promoter 内 799-813 bp + 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 19299410-19302290(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCAAATAAT
SmilChr06G000133 Chr06 NC_080392.1:939513-939527promoter 内 637-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 935045-936163(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTATTTACCGTTG
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26030163-26030177promoter 内 573-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 26033591-26035663(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGTAAGTTACCGTTG
SmilChr07G002991 Chr07 NC_080393.1:30514783-30514797promoter 内 381-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 30518403-30520977(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATTTTGG
SmilChr02G005161 Chr02 NC_080388.1:72952503-72952517promoter 内 161-175 bp + 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 72956343-72960922(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGTATATGACCGTTA
SmilChr01G001424 Chr01 NC_080387.1:27874201-27874215promoter 内 3942-3956 bp - 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27874260-27874855(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAAGATCG
SmilChr08G002814 Chr08 NC_080394.1:27989074-27989088promoter 内 3839-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27985766-27988926(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTATTTTT
SmilChr08G002815 Chr08 NC_080394.1:27989074-27989088promoter 内 3749-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27989326-27990732(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAAATAGACCGTTG
SmilChr08G003363 Chr08 NC_080394.1:35123114-35123128promoter 内 3723-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35123392-35127058(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTAATTGACCGTTG
SmilChr08G003379 Chr08 NC_080394.1:35438306-35438320promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35438685-35442221(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTAATTGACCGTTG
SmilChr08G003416 Chr08 NC_080394.1:36344056-36344070promoter 内 3550-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36342933-36343619(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCATTAACG
SmilChr03G004750 Chr03 NC_080389.1:64594272-64594286promoter 内 3475-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 64586076-64593760(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGATTATGACCGTTA
SmilChr03G004291 Chr03 NC_080389.1:61320577-61320591promoter 内 3113-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 61317423-61319703(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCCATTTTT
SmilChr01G003163 Chr01 NC_080387.1:50440470-50440484promoter 内 3046-3060 bp - 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 50441425-50448394(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAAATCCG
SmilChr03G004751 Chr03 NC_080389.1:64594272-64594286promoter 内 3016-3030 bp - 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 64595257-64596262(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCATAATCA
SmilChr03G000308 Chr03 NC_080389.1:3521476-3521490promoter 内 2874-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 3517678-3520363(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTATTTGACCGTTA
SmilChr04G000074 Chr04 NC_080390.1:690624-690638promoter 内 2753-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 691872-693812(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAATAACC
SmilChr07G002751 Chr07 NC_080393.1:27047256-27047270promoter 内 2474-2488 bp + 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27041988-27045743(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTATATCTA
SmilChr08G001303 Chr08 NC_080394.1:10381276-10381290promoter 内 2385-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 10378509-10379674(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCATTTAAT
SmilChr01G005639 Chr01 NC_080387.1:72824569-72824583promoter 内 2352-2366 bp - 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 72826218-72828525(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCATATTTT
SmilChr05G001090 Chr05 NC_080391.1:9093564-9093578promoter 内 2107-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 9086555-9091684(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTATTTGACCGTTA
SmilChr08G003550 Chr08 NC_080394.1:38128332-38128346promoter 内 2074-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 38124013-38126419(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCATGGTGACCGTTG
SmilChr07G003598 Chr07 NC_080393.1:42063851-42063865promoter 内 1852-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 42066000-42076404(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAGTTAAA
SmilChr02G001941 Chr02 NC_080388.1:34970774-34970788promoter 内 1645-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 34973130-34974185(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGAAATGGACCGTTG
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SmilChr07G003597 Chr07 NC_080393.1:42063851-42063865promoter 内 762-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 42055671-42060626(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTAACTGACCGTTG
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