转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 16 / 139 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003101 Chr03 NC_080389.1:48089430-48089441promoter 内 1372-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 48092059-48097152(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAGAT
SmilChr02G002640 Chr02 NC_080388.1:45796018-45796029promoter 内 974-985 bp - 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 45799045-45801818(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGGA
SmilChr02G002595 Chr02 NC_080388.1:45097604-45097615promoter 内 943-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 45100662-45103349(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGGA
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53855573-53855584promoter 内 823-834 bp - 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 53850877-53852406(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCAGACGTGGC
SmilChr03G001384 Chr03 NC_080389.1:16365750-16365761promoter 内 680-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 16369071-16369810(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAGAT
SmilChr01G004982 Chr01 NC_080387.1:67872938-67872949promoter 内 639-650 bp + 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 67876300-67879157(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGC
SmilChr02G003884 Chr02 NC_080388.1:60917633-60917644promoter 内 325-336 bp - 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 60908928-60913968(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCCCACGTGGC
SmilChr01G003658 Chr01 NC_080387.1:55010646-55010657promoter 内 262-273 bp + 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 55014385-55017848(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGC
SmilChr04G003893 Chr04 NC_080390.1:54728647-54728658promoter 内 3847-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 54728801-54730380(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCCCACGTGGC
SmilChr01G000352 Chr01 NC_080387.1:7327020-7327031promoter 内 3429-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 7325434-7326459(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAGAT
SmilChr04G002231 Chr04 NC_080390.1:36024628-36024639promoter 内 3386-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 36023044-36024024(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGC
SmilChr01G005827 Chr01 NC_080387.1:74271145-74271156promoter 内 3041-3052 bp - 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 74272105-74275418(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAGAT
SmilChr02G001768 Chr02 NC_080388.1:32430955-32430966promoter 内 2810-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 32427898-32429775(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGC
SmilChr03G002741 Chr03 NC_080389.1:43554822-43554833promoter 内 2658-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 43551979-43553490(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGGC
SmilChr01G003062 Chr01 NC_080387.1:49501454-49501465promoter 内 2634-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 49495889-49500098(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGGCGACGTGGC
SmilChr01G003372 Chr01 NC_080387.1:52442237-52442248promoter 内 2501-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 52436918-52440748(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCA
SmilChr04G002244 Chr04 NC_080390.1:36225160-36225171promoter 内 1857-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 36227304-36228976(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCAGACGTGGC
SmilChr04G001236 Chr04 NC_080390.1:19400675-19400686promoter 内 1675-1686 bp + 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19384480-19398360(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAGTT
SmilChr04G004165 Chr04 NC_080390.1:56304584-56304595promoter 内 1484-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 56307101-56309170(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCCCACGTGGC
SmilChr04G000388 Chr04 NC_080390.1:3926230-3926241promoter 内 1446-1457 bp - 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 3928785-3931497(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAGAT
SmilChr04G002140 Chr04 NC_080390.1:34412747-34412758promoter 内 1108-1119 bp + 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 34403886-34409865(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGCCA
SmilChr04G000616 Chr04 NC_080390.1:6956723-6956734promoter 内 680-691 bp + 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 6960044-6962334(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGGC
SmilChr04G003746 Chr04 NC_080390.1:53748235-53748246promoter 内 623-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 53751613-53755949(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGGC
SmilChr03G000103 Chr03 NC_080389.1:1143619-1143630promoter 内 602-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 1147018-1154474(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAGTT
SmilChr01G000924 Chr01 NC_080387.1:19579565-19579576promoter 内 552-563 bp + 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19583014-19583887(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCAGACGTGGC
SmilChr01G002419 Chr01 NC_080387.1:41626726-41626737promoter 内 394-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 41630333-41631071(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCAGAT
SmilChr04G003796 Chr04 NC_080390.1:54135654-54135665promoter 内 7-18 bp + 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 54139648-54144161(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGGC
SmilChr01G002495 Chr01 NC_080387.1:42713925-42713936promoter 内 2454-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 6 42711485-42712389(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTGTG
SmilChr02G000215 Chr02 NC_080388.1:2820799-2820810promoter 内 2208-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 2817805-2819017(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCCCACGTGGC
SmilChr03G004726 Chr03 NC_080389.1:64451669-64451680promoter 内 3561-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 64448037-64451240(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCAGACGTGGG
SmilChr03G004727 Chr03 NC_080389.1:64451669-64451680promoter 内 3106-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 64452564-64458642(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTGCA
SmilChr01G001005 Chr01 NC_080387.1:21172952-21172963promoter 内 1087-1098 bp - 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 21175866-21178442(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGGCT
SmilChr04G002203 Chr04 NC_080390.1:35662405-35662416promoter 内 224-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 35666182-35669610(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCAGACGTGGC
SmilChr01G003663 Chr01 NC_080387.1:55056981-55056992promoter 内 3936-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 55057046-55061669(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGGCT
SmilChr02G004722 Chr02 NC_080388.1:69468305-69468316promoter 内 3202-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 69460615-69467517(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCTGCT
SmilChr04G001235 Chr04 NC_080390.1:19378603-19378614promoter 内 2925-2936 bp + 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 19379679-19395955(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCAGACGTGGC
SmilChr02G003946 Chr02 NC_080388.1:61613934-61613945promoter 内 2414-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 61615521-61621034(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGTCACGTGGC
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SmilChr04G002215 Chr04 NC_080390.1:35835553-35835564promoter 内 245-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35839309-35843360(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCAGACGTGGC
SmilChr03G004010 Chr03 NC_080389.1:59092376-59092387promoter 内 83-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 59096294-59100515(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTGTG
SmilChr03G002474 Chr03 NC_080389.1:39200922-39200933promoter 内 3954-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 39195515-39200886(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCCGACGTGGC
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SmilChr04G003872 Chr04 NC_080390.1:54618587-54618598promoter 内 3066-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 54616007-54617663(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCCGACGTGGC
SmilChr02G002285 Chr02 NC_080388.1:40324102-40324113promoter 内 1902-1913 bp - 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 40318377-40322014(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCCGACGTGGG
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