转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 18 / 148 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004834 Chr02 NC_080388.1:70457994-70458007promoter 内 2569-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 70459426-70471260(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTAC
SmilChr04G001674 Chr04 NC_080390.1:27757166-27757179promoter 内 2355-2368 bp - 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 27748707-27755533(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTGTGACACGTGG
SmilChr06G001770 Chr06 NC_080392.1:20728996-20729009promoter 内 2078-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 20730919-20735694(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCGTGTCACGTGC
SmilChr05G003633 Chr05 NC_080391.1:48714468-48714481promoter 内 1994-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 48716475-48719803(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTCAGGACACGTGG
SmilChr04G000563 Chr04 NC_080390.1:6287710-6287723promoter 内 1875-1888 bp - 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 6278320-6285597(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGATGTCACGTGG
SmilChr02G005428 Chr02 NC_080388.1:74730629-74730642promoter 内 1743-1756 bp - 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 74725462-74728384(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGATGTCACGTGC
SmilChr05G001209 Chr05 NC_080391.1:10170641-10170654promoter 内 1590-1603 bp - 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 10173052-10178624(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTCAA
SmilChr01G000383 Chr01 NC_080387.1:7871358-7871371promoter 内 1425-1438 bp + 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 7873934-7877658(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTGTGACACGTGG
SmilChr08G001061 Chr08 NC_080394.1:8191975-8191988promoter 内 1414-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8194562-8196395(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGATGTCACGTGC
SmilChr03G002555 Chr03 NC_080389.1:40723830-40723843promoter 内 980-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40726851-40729666(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACACT
SmilChr05G004016 Chr05 NC_080391.1:54138925-54138938promoter 内 818-831 bp + 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54142108-54151263(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGAAAGACACGTGG
SmilChr04G003883 Chr04 NC_080390.1:54663154-54663167promoter 内 760-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54666395-54668033(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCCCGTT
SmilChr07G001137 Chr07 NC_080393.1:8537110-8537123promoter 内 565-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8530727-8533687(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCCCGACACGTGG
SmilChr08G000291 Chr08 NC_080394.1:1989757-1989770promoter 内 367-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1993391-1997810(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTGAA
SmilChr03G002092 Chr03 NC_080389.1:32249568-32249581promoter 内 3718-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 32245226-32249298(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCA
SmilChr06G002301 Chr06 NC_080392.1:33245406-33245419promoter 内 2748-2761 bp + 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 33241591-33244166(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCACGTC
SmilChr05G000935 Chr05 NC_080391.1:7498080-7498093promoter 内 2740-2753 bp - 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 7495422-7496832(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCGCGTCACGTGA
SmilChr06G003006 Chr06 NC_080392.1:42929155-42929168promoter 内 1921-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 42931235-42934055(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGAAGTCACGTGA
SmilChr05G002886 Chr05 NC_080391.1:34572106-34572119promoter 内 1741-1754 bp + 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 34566940-34569859(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCA
SmilChr05G003284 Chr05 NC_080391.1:42854202-42854215promoter 内 670-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 42847936-42850884(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCA
SmilChr07G001079 Chr07 NC_080393.1:7914810-7914823promoter 内 289-302 bp + 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 7918522-7922319(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGGTGCCACGTGG
SmilChr07G002494 Chr07 NC_080393.1:23622182-23622195promoter 内 3951-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 23618481-23622145(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACACGTCACGTGG
SmilChr01G004502 Chr01 NC_080387.1:63128862-63128875promoter 内 3705-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 63125172-63128579(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGAAGCCACGTGG
SmilChr02G000971 Chr02 NC_080388.1:17008755-17008768promoter 内 3694-3707 bp + 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 17005463-17008461(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATGCA
SmilChr03G002980 Chr03 NC_080389.1:46630267-46630280promoter 内 3535-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 46626245-46629814(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTGGGGTCACGTGT
SmilChr02G004907 Chr02 NC_080388.1:71063624-71063637promoter 内 3464-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 71061192-71063100(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCACCTCACGTGG
SmilChr07G001078 Chr07 NC_080393.1:7914810-7914823promoter 内 3300-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 7915511-7918256(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGGTGCCACGTGG
SmilChr01G001475 Chr01 NC_080387.1:28534867-28534880promoter 内 2809-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 28536059-28538387(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATGCA
SmilChr04G003862 Chr04 NC_080390.1:54552704-54552717promoter 内 2499-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 54554206-54556288(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACATCCC
SmilChr03G002981 Chr03 NC_080389.1:46630267-46630280promoter 内 1752-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 46632516-46636803(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACCCCAC
SmilChr07G003340 Chr07 NC_080393.1:35799519-35799532promoter 内 699-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 35802821-35804183(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCA
SmilChr04G001981 Chr04 NC_080390.1:32085625-32085638promoter 内 602-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 32089024-32090649(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATGCA
SmilChr02G003943 Chr02 NC_080388.1:61573293-61573306promoter 内 521-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 61576773-61582490(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACGCCAC
SmilChr05G002875 Chr05 NC_080391.1:34432976-34432989promoter 内 461-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 34428404-34429449(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCAAGCCACGTGG
SmilChr04G000179 Chr04 NC_080390.1:1612446-1612459promoter 内 284-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 1589284-1608742(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGTAAGCCACGTGG
SmilChr06G002338 Chr06 NC_080392.1:33971641-33971654promoter 内 156-169 bp + 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 33975486-33976604(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACGTGGCACGTGG
SmilChr01G001528 Chr01 NC_080387.1:29278344-29278357promoter 内 3950-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29278395-29284771(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGGCGCCACGTGG
SmilChr01G001556 Chr01 NC_080387.1:29586207-29586220promoter 内 3937-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29586271-29592615(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGGCGCCACGTGG
SmilChr01G002406 Chr01 NC_080387.1:41416846-41416859promoter 内 3834-3847 bp - 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 41413989-41416692(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGGTCGCACGTGG
SmilChr06G000451 Chr06 NC_080392.1:3659377-3659390promoter 内 3807-3820 bp + 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 3651918-3659196(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGGTCC
SmilChr07G003549 Chr07 NC_080393.1:41213274-41213287promoter 内 3393-3406 bp + 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 41212573-41212679(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGACTCC
SmilChr01G005529 Chr01 NC_080387.1:72153921-72153934promoter 内 3100-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 72149820-72153033(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTAGGGACACGTGG
SmilChr02G002700 Chr02 NC_080388.1:46802683-46802696promoter 内 3042-3055 bp + 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46797249-46801737(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACCAGCA
SmilChr04G003583 Chr04 NC_080390.1:52260956-52260969promoter 内 2527-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52256056-52259495(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAAAGTCACGTGG
SmilChr07G004296 Chr07 NC_080393.1:55558302-55558315promoter 内 2186-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 55554098-55556500(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CACGGGACACGTGG
SmilChr05G002409 Chr05 NC_080391.1:26602873-26602886promoter 内 1781-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 26605093-26614104(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACTTCCT
SmilChr03G000967 Chr03 NC_080389.1:10938193-10938206promoter 内 1693-1706 bp + 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 10940501-10942103(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACGTGGCACGTGG
SmilChr01G000692 Chr01 NC_080387.1:15534503-15534516promoter 内 1430-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 15537074-15537938(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACGTGGCACGTGG
SmilChr01G001555 Chr01 NC_080387.1:29586207-29586220promoter 内 1231-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29580482-29583450(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCCTT
SmilChr06G002626 Chr06 NC_080392.1:37828445-37828458promoter 内 1149-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 37817843-37825606(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACTTCCT