转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 19 / 149 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001530 Chr02 NC_080388.1:28553249-28553256promoter 内 1464-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28555786-28558459(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G003583 Chr01 NC_080387.1:54392988-54392995promoter 内 1459-1466 bp - 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54395530-54401672(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G004885 Chr01 NC_080387.1:66913286-66913293promoter 内 1455-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 66915832-66919325(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G000738 Chr02 NC_080388.1:11958242-11958249promoter 内 1451-1458 bp - 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 11952330-11955699(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G005614 Chr01 NC_080387.1:72670457-72670464promoter 内 1446-1453 bp + 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72666111-72667909(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G001035 Chr04 NC_080390.1:14711803-14711810promoter 内 1446-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14714358-14715337(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G002380 Chr04 NC_080390.1:38340082-38340089promoter 内 1427-1434 bp + 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38335679-38337515(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G000134 Chr06 NC_080392.1:947630-947637promoter 内 1425-1432 bp + 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 936349-945061(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G000519 Chr06 NC_080392.1:4287181-4287188promoter 内 1424-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4281287-4284611(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G002221 Chr04 NC_080390.1:35900185-35900192promoter 内 1411-1418 bp + 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35894991-35897602(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G004567 Chr07 NC_080393.1:58471309-58471316promoter 内 1405-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58464643-58468720(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G004108 Chr01 NC_080387.1:59589930-59589937promoter 内 1402-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59592529-59599790(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G000147 Chr07 NC_080393.1:885433-885440promoter 内 1395-1402 bp + 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 879402-882834(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002135 Chr06 NC_080392.1:28840413-28840420promoter 内 1390-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28843024-28847138(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G003029 Chr05 NC_080391.1:37895733-37895740promoter 内 1389-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37898345-37899260(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G005401 Chr01 NC_080387.1:71258282-71258289promoter 内 1385-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71260898-71273264(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G004033 Chr05 NC_080391.1:54307549-54307556promoter 内 1385-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54310165-54311880(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G001111 Chr01 NC_080387.1:22731123-22731130promoter 内 1375-1382 bp + 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22726595-22728504(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G004034 Chr02 NC_080388.1:62635804-62635811promoter 内 1374-1381 bp + 2620 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 62630314-62633184(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G001901 Chr07 NC_080393.1:16422867-16422874promoter 内 1367-1374 bp - 2627 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16425501-16427477(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G002220 Chr04 NC_080390.1:35889582-35889589promoter 内 1358-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35884281-35886946(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G002901 Chr07 NC_080393.1:29401168-29401175promoter 内 1357-1364 bp + 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29396447-29398531(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr08G002144 Chr08 NC_080394.1:19303822-19303829promoter 内 1357-1364 bp + 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 19306466-19310473(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr05G000678 Chr05 NC_080391.1:5169375-5169382promoter 内 1354-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5172022-5181461(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G001665 Chr03 NC_080389.1:21593867-21593874promoter 内 1348-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21587746-21591221(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G003187 Chr03 NC_080389.1:49322811-49322818promoter 内 1346-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49325466-49327074(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G002876 Chr01 NC_080387.1:47343645-47343652promoter 内 1342-1349 bp + 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47346304-47347005(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G000897 Chr02 NC_080388.1:15406244-15406251promoter 内 1341-1348 bp - 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15408904-15409815(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002051 Chr06 NC_080392.1:26933684-26933691promoter 内 1341-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26929816-26931031(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G002739 Chr04 NC_080390.1:43063595-43063602promoter 内 1339-1346 bp + 2655 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 43058843-43060940(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G003173 Chr03 NC_080389.1:49119410-49119417promoter 内 1338-1345 bp + 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49111047-49116754(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000576 Chr02 NC_080388.1:8277772-8277779promoter 内 1336-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8280437-8283269(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G004431 Chr02 NC_080388.1:66668442-66668449promoter 内 1331-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 66663173-66665779(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G001995 Chr01 NC_080387.1:35359810-35359817promoter 内 1330-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35362481-35367022(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G000820 Chr03 NC_080389.1:9402885-9402892promoter 内 1330-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9397138-9400221(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G005445 Chr02 NC_080388.1:74818737-74818744promoter 内 1329-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74821409-74826421(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
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