转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 2 / 161 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000131 Chr03 NC_080389.1:1443821-1443835promoter 内 479-493 bp - 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 1447343-1448228(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCCGCCGACAGCC
SmilChr07G002457 Chr07 NC_080393.1:23085841-23085855promoter 内 302-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 23089540-23091704(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTTGCCGACACCG
SmilChr08G001935 Chr08 NC_080394.1:16987196-16987210promoter 内 3108-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 16988089-16989165(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr01G002667 Chr01 NC_080387.1:44898402-44898416promoter 内 555-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 44886469-44894970(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr03G001478 Chr03 NC_080389.1:17776939-17776953promoter 内 3347-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 17777593-17778415(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr03G001477 Chr03 NC_080389.1:17772756-17772770promoter 内 3331-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 17773426-17774232(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr06G002968 Chr06 NC_080392.1:42509067-42509081promoter 内 3263-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 42509805-42513346(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTGTCGGCGAAGG
SmilChr08G001936 Chr08 NC_080394.1:16991674-16991688promoter 内 3129-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 16992546-16993622(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr07G002946 Chr07 NC_080393.1:29834134-29834148promoter 内 3063-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 29835072-29836095(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr02G000335 Chr02 NC_080388.1:4233617-4233631promoter 内 2026-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 4235592-4237346(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr03G000018 Chr03 NC_080389.1:202510-202524promoter 内 1459-1473 bp + 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 197738-199982(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTCGCCGACACCC
SmilChr04G002430 Chr04 NC_080390.1:38920611-38920625promoter 内 924-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 38923688-38940900(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTGTCGGCGGCGG
SmilChr04G000138 Chr04 NC_080390.1:1188923-1188937promoter 内 782-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 1179164-1185718(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCCGCCGACAAGG
SmilChr07G003288 Chr07 NC_080393.1:34642724-34642738promoter 内 3396-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 34640181-34642133(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTCGCCGACACCC
SmilChr03G000086 Chr03 NC_080389.1:991618-991632promoter 内 3040-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 989522-990671(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr08G000629 Chr08 NC_080394.1:4682709-4682723promoter 内 3039-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 4683671-4684787(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr08G000630 Chr08 NC_080394.1:4691571-4691585promoter 内 3039-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 4692533-4693651(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr01G002668 Chr01 NC_080387.1:44898402-44898416promoter 内 2938-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 44896410-44897353(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr06G002506 Chr06 NC_080392.1:35938400-35938414promoter 内 2850-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 35936050-35937263(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTCTGCCGACACTG
SmilChr02G002189 Chr02 NC_080388.1:39082114-39082128promoter 内 2727-2741 bp + 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 39083388-39087574(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTGTCGGCGAAGG
SmilChr04G001091 Chr04 NC_080390.1:15617279-15617293promoter 内 2537-2551 bp - 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 15618743-15622884(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCCGCCGACAAAC
SmilChr07G000298 Chr07 NC_080393.1:1962201-1962215promoter 内 1671-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 1964531-1966297(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTCGCCGACACAG
SmilChr08G000932 Chr08 NC_080394.1:6905578-6905592promoter 内 1474-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 6908105-6916562(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTCGCCGACACCC
SmilChr08G000934 Chr08 NC_080394.1:6925137-6925151promoter 内 1456-1470 bp - 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 6927682-6936138(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTCGCCGACACCC
SmilChr02G005049 Chr02 NC_080388.1:72219698-72219712promoter 内 1002-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 72222697-72225713(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr07G000297 Chr07 NC_080393.1:1962201-1962215promoter 内 778-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 1955468-1958992(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTGTCGGCGAAGG
SmilChr02G003711 Chr02 NC_080388.1:58688915-58688929promoter 内 3409-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 58689507-58689580(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCCGCCGACAAAT
SmilChr08G001097 Chr08 NC_080394.1:8464096-8464110promoter 内 3024-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 8465073-8468451(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTCCGCCGACAACA
SmilChr06G001661 Chr06 NC_080392.1:18892050-18892064promoter 内 3586-3600 bp + 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 18890472-18891649(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACAGAG
SmilChr07G000795 Chr07 NC_080393.1:5619186-5619200promoter 内 2312-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 5616209-5617511(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGCGGCGG
SmilChr08G003661 Chr08 NC_080394.1:40335446-40335460promoter 内 1582-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 40337865-40341047(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCTGTCGGCGGCGG
SmilChr05G000693 Chr05 NC_080391.1:5244332-5244346promoter 内 594-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 5239438-5240939(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCCGCCGACATCG
SmilChr05G003155 Chr05 NC_080391.1:40301982-40301996promoter 内 3505-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 40302478-40305271(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTGTCGGCGGCGG
SmilChr07G004344 Chr07 NC_080393.1:55981810-55981824promoter 内 2943-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 55979625-55980766(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATCTGTCGGCGGCGG
SmilChr03G002541 Chr03 NC_080389.1:40572392-40572406promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 40575526-40577406(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTGTCGGCGGCGG
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50703803-50703817promoter 内 3620-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 50704184-50705021(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCCGCCGACAATT
SmilChr07G004343 Chr07 NC_080393.1:55972259-55972273promoter 内 2943-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 55970074-55971215(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATCTGTCGGCGGCGG
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