转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 20 / 136 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002112 Chr07 NC_080393.1:19238204-19238214promoter 内 3618-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 19238587-19244873(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGCG
SmilChr03G000874 Chr03 NC_080389.1:9933864-9933874promoter 内 3592-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 9932378-9933465(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCCCTGAGCC
SmilChr03G002533 Chr03 NC_080389.1:40393570-40393580promoter 内 3587-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 40387035-40393166(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGGA
SmilChr02G001158 Chr02 NC_080388.1:21146661-21146671promoter 内 3562-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 21145507-21146232(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCCCTGAGCC
SmilChr01G001983 Chr01 NC_080387.1:35217770-35217780promoter 内 3550-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 35218221-35220823(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGTG
SmilChr06G001033 Chr06 NC_080392.1:10256937-10256947promoter 内 3246-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 10254035-10256192(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGCG
SmilChr02G001246 Chr02 NC_080388.1:22901189-22901199promoter 内 3211-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 22897350-22900409(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCCCTGAGCC
SmilChr05G002533 Chr05 NC_080391.1:28227886-28227896promoter 内 3202-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 28225291-28227097(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCCCTGAGCC
SmilChr08G003206 Chr08 NC_080394.1:32887154-32887164promoter 内 3197-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 32887958-32890153(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGA
SmilChr05G001256 Chr05 NC_080391.1:10691130-10691140promoter 内 3168-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 10691963-10699580(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGCG
SmilChr04G000486 Chr04 NC_080390.1:5234972-5234982promoter 内 3163-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5235810-5236573(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGA
SmilChr06G000081 Chr06 NC_080392.1:607366-607376promoter 内 3087-3097 bp - 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 603449-606462(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGCG
SmilChr02G004945 Chr02 NC_080388.1:71409145-71409155promoter 内 3069-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 71402917-71408223(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGCC
SmilChr06G000641 Chr06 NC_080392.1:5668248-5668258promoter 内 2823-2833 bp - 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5660467-5667080(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGTC
SmilChr04G000099 Chr04 NC_080390.1:899076-899086promoter 内 2763-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 900314-904543(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGA
SmilChr02G001070 Chr02 NC_080388.1:19058218-19058228promoter 内 2744-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 19059475-19059868(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCCCTGAGCC
SmilChr03G004339 Chr03 NC_080389.1:61712749-61712759promoter 内 2740-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 61707763-61711498(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCCCTGAGCC
SmilChr06G001680 Chr06 NC_080392.1:19066814-19066824promoter 内 2698-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 19068117-19073100(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGCG
SmilChr02G001907 Chr02 NC_080388.1:34365645-34365655promoter 内 2633-2643 bp + 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 34362319-34364287(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGA
SmilChr06G000082 Chr06 NC_080392.1:607366-607376promoter 内 2534-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 608833-611841(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCCCTGAGCC
SmilChr04G001282 Chr04 NC_080390.1:20438189-20438199promoter 内 2435-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 20439755-20440510(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGCG
SmilChr01G003189 Chr01 NC_080387.1:50641125-50641135promoter 内 2196-2206 bp + 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 50638009-50639330(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGCG
SmilChr01G005019 Chr01 NC_080387.1:68187104-68187114promoter 内 2182-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 68182488-68185295(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGGA
SmilChr06G001679 Chr06 NC_080392.1:19066814-19066824promoter 内 2144-2154 bp + 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 19063937-19064967(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCCCTGAGCC
SmilChr08G000230 Chr08 NC_080394.1:1548226-1548236promoter 内 2135-2145 bp - 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1543301-1546370(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGCC
SmilChr07G002010 Chr07 NC_080393.1:17907320-17907330promoter 内 2041-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 17903043-17905370(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGGG
SmilChr05G000057 Chr05 NC_080391.1:267404-267414promoter 内 1875-1885 bp - 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 269530-273117(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGGG
SmilChr08G004462 Chr08 NC_080394.1:54304608-54304618promoter 内 1690-1700 bp - 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54306919-54309641(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCGCTGAGTG
SmilChr01G004264 Chr01 NC_080387.1:60912486-60912496promoter 内 1635-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 60909111-60910130(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGA
SmilChr04G003795 Chr04 NC_080390.1:54133467-54133477promoter 内 1629-1639 bp - 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54128786-54131105(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGGCG
SmilChr08G000234 Chr08 NC_080394.1:1597463-1597473promoter 内 1473-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1594398-1594945(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCAGCGCC
SmilChr03G004720 Chr03 NC_080389.1:64429360-64429370promoter 内 1364-1374 bp - 2627 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 64420713-64426733(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGTC
SmilChr02G003772 Chr02 NC_080388.1:59412192-59412202promoter 内 1275-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59408949-59409476(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGGA
SmilChr04G001723 Chr04 NC_080390.1:28486532-28486542promoter 内 1251-1261 bp + 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 28489282-28493169(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGCT
SmilChr06G002795 Chr06 NC_080392.1:40654399-40654409promoter 内 1165-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 40649507-40651573(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGCT
SmilChr04G001722 Chr04 NC_080390.1:28486532-28486542promoter 内 1061-1071 bp + 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 28482472-28483602(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGGG
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