转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 20 / 147 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006158 Chr01 NC_080387.1:76996631-76996640promoter 内 969-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 76991344-76993608(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr02G002873 Chr02 NC_080388.1:48975381-48975390promoter 内 961-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 48969672-48972350(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr01G002073 Chr01 NC_080387.1:36636737-36636746promoter 内 897-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 36630279-36633642(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr02G001904 Chr02 NC_080388.1:34352700-34352709promoter 内 892-901 bp + 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 34345375-34349600(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTT
SmilChr03G000453 Chr03 NC_080389.1:4835876-4835885promoter 内 889-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 4838988-4839974(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr02G000387 Chr02 NC_080388.1:4804928-4804937promoter 内 829-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 4808100-4810743(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr02G004777 Chr02 NC_080388.1:69948957-69948966promoter 内 824-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 69943037-69945789(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr02G003460 Chr02 NC_080388.1:55893740-55893749promoter 内 793-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 55896948-55897020(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGAA
SmilChr04G000921 Chr04 NC_080390.1:12015893-12015902promoter 内 750-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 12009710-12012651(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr02G000316 Chr02 NC_080388.1:3979659-3979668promoter 内 747-756 bp + 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 3982913-3984679(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr03G004031 Chr03 NC_080389.1:59324844-59324853promoter 内 706-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 59319766-59321558(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAG
SmilChr02G003362 Chr02 NC_080388.1:54755508-54755517promoter 内 665-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 54744015-54752181(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr04G002313 Chr04 NC_080390.1:37435559-37435568promoter 内 647-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 37438913-37443356(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr04G000220 Chr04 NC_080390.1:1910382-1910391promoter 内 629-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 1913754-1916737(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr02G004392 Chr02 NC_080388.1:66269435-66269444promoter 内 627-636 bp + 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 66261374-66266070(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr02G001581 Chr02 NC_080388.1:29537563-29537572promoter 内 625-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 29531658-29534196(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr04G001887 Chr04 NC_080390.1:30812664-30812673promoter 内 568-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 30816097-30817013(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr02G004604 Chr02 NC_080388.1:68554773-68554782promoter 内 516-525 bp + 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 68546587-68551297(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTT
SmilChr02G002987 Chr02 NC_080388.1:50499800-50499809promoter 内 473-482 bp + 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 50503328-50506990(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr03G003810 Chr03 NC_080389.1:57150391-57150400promoter 内 458-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 57153934-57154326(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr01G003162 Chr01 NC_080387.1:50424623-50424632promoter 内 426-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 50428198-50431024(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr03G003929 Chr03 NC_080389.1:58375232-58375241promoter 内 349-358 bp + 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 58367108-58371589(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr03G004210 Chr03 NC_080389.1:60710011-60710020promoter 内 321-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 60703035-60706340(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGG
SmilChr03G001917 Chr03 NC_080389.1:26871617-26871626promoter 内 256-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 26862241-26867881(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGG
SmilChr01G003487 Chr01 NC_080387.1:53425346-53425355promoter 内 227-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 53418370-53421581(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTT
SmilChr02G001906 Chr02 NC_080388.1:34352700-34352709promoter 内 147-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 34356554-34360351(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAG
SmilChr01G000630 Chr01 NC_080387.1:14080232-14080241promoter 内 127-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 14084106-14086762(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr01G004558 Chr01 NC_080387.1:63667041-63667050promoter 内 124-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 63670918-63672419(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr02G001245 Chr02 NC_080388.1:22860379-22860388promoter 内 110-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 22853107-22856497(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr02G004214 Chr02 NC_080388.1:64391245-64391254promoter 内 79-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 64384833-64387332(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAG
SmilChr03G002534 Chr03 NC_080389.1:40403281-40403290promoter 内 69-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 40407213-40414846(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr02G003393 Chr02 NC_080388.1:55038122-55038131promoter 内 63-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 55042060-55047071(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAG
SmilChr03G000227 Chr03 NC_080389.1:2720205-2720214promoter 内 52-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 2714835-2716265(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGG
SmilChr01G003159 Chr01 NC_080387.1:50424623-50424632promoter 内 41-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 50417757-50420672(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGTG
SmilChr04G001211 Chr04 NC_080390.1:18776853-18776862promoter 内 2064-2073 bp + 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 4 18778790-18793900(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGCCGACAAC
SmilChr03G002192 Chr03 NC_080389.1:34438408-34438417promoter 内 67-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 34433795-34434483(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGCCGACAAC
SmilChr01G000653 Chr01 NC_080387.1:14518307-14518316promoter 内 3704-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 14516943-14518019(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGCA
SmilChr03G000717 Chr03 NC_080389.1:7959005-7959014promoter 内 3468-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 7959538-7962296(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGCCGACAAC
SmilChr03G000550 Chr03 NC_080389.1:5958685-5958694promoter 内 3414-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 5959272-5962864(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGCCGACAAC
SmilChr01G001765 Chr01 NC_080387.1:32444555-32444564promoter 内 3191-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 32445365-32445886(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGCA
SmilChr02G005109 Chr02 NC_080388.1:72600046-72600055promoter 内 2787-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 72597857-72598841(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGCA
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SmilChr02G003183 Chr02 NC_080388.1:52988169-52988178promoter 内 1935-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 52983766-52986112(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGCA
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SmilChr02G000180 Chr02 NC_080388.1:2298144-2298153promoter 内 1455-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 2300690-2304986(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGCA
SmilChr04G001214 Chr04 NC_080390.1:18893871-18893880promoter 内 1266-1275 bp - 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 18896606-18900770(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGCA
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SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8077911-8077920promoter 内 362-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 8068297-8074281(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGCA