转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 20 / 167 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004220 Chr07 NC_080393.1:54413602-54413613promoter 内 3080-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54414523-54416311(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr03G001139 Chr03 NC_080389.1:13119272-13119283promoter 内 3077-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13116341-13118359(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr02G004431 Chr02 NC_080388.1:66666714-66666725promoter 内 3055-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66663173-66665779(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr08G000856 Chr08 NC_080394.1:6346451-6346462promoter 内 3035-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 6347417-6349678(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCC
SmilChr04G003396 Chr04 NC_080390.1:50500024-50500035promoter 内 3029-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50500996-50502099(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr01G004025 Chr01 NC_080387.1:58658564-58658575promoter 内 3004-3015 bp + 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58656647-58657578(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr07G001875 Chr07 NC_080393.1:16232396-16232407promoter 内 2999-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16233398-16236256(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr07G000775 Chr07 NC_080393.1:5427293-5427304promoter 内 2979-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5424843-5426282(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr01G001287 Chr01 NC_080387.1:25654291-25654302promoter 内 2916-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 25655376-25656574(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr06G000135 Chr06 NC_080392.1:951425-951436promoter 内 2916-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 952510-954550(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr01G000946 Chr01 NC_080387.1:20055185-20055196promoter 内 2837-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 20051545-20054032(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr03G002383 Chr03 NC_080389.1:37617178-37617189promoter 内 2817-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 37615262-37616005(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCCC
SmilChr02G003581 Chr02 NC_080388.1:56974477-56974488promoter 内 2807-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 56970000-56973294(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTGA
SmilChr03G002037 Chr03 NC_080389.1:30735515-30735526promoter 内 2806-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30730632-30734331(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTTG
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13877172-13877183promoter 内 2783-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13878390-13879761(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGACACGCCAAA
SmilChr01G001340 Chr01 NC_080387.1:26634189-26634200promoter 内 2778-2789 bp - 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26632222-26632977(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr06G002265 Chr06 NC_080392.1:32248809-32248820promoter 内 2765-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 32244588-32247584(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGTTG
SmilChr08G004107 Chr08 NC_080394.1:49847526-49847537promoter 内 2732-2743 bp - 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49843144-49846268(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCGCACGCCAAA
SmilChr02G000318 Chr02 NC_080388.1:3995573-3995584promoter 内 2703-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3993468-3994286(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCGCACGCCAAA
SmilChr03G003817 Chr03 NC_080389.1:57231518-57231529promoter 内 2614-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 57232905-57233327(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTGG
SmilChr02G002675 Chr02 NC_080388.1:46344995-46345006promoter 内 2589-2600 bp + 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 46342933-46343594(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr06G002225 Chr06 NC_080392.1:31378692-31378703promoter 内 2585-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31380108-31380570(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTGC
SmilChr07G002245 Chr07 NC_080393.1:20605591-20605602promoter 内 2581-2592 bp - 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 20601164-20604182(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr01G005240 Chr01 NC_080387.1:69952263-69952274promoter 内 2550-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 69953714-69954297(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr07G002251 Chr07 NC_080393.1:20676724-20676735promoter 内 2549-2560 bp - 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 20672101-20675283(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr02G001181 Chr02 NC_080388.1:21701685-21701696promoter 内 2533-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 21703153-21705194(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTGC
SmilChr05G003443 Chr05 NC_080391.1:45799289-45799300promoter 内 2501-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45797168-45797800(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGTGA
SmilChr04G000981 Chr04 NC_080390.1:13223150-13223161promoter 内 2483-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13215837-13221643(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr03G001202 Chr03 NC_080389.1:13860478-13860489promoter 内 2454-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13862025-13862894(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGACACGCCAAA
SmilChr04G001134 Chr04 NC_080390.1:16665695-16665706promoter 内 2454-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16662915-16664159(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTGC
SmilChr08G002143 Chr08 NC_080394.1:19299286-19299297promoter 内 2436-2447 bp - 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 19300851-19303568(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGTCG
SmilChr01G000881 Chr01 NC_080387.1:18747945-18747956promoter 内 2433-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 18743230-18746388(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTGA
SmilChr04G004071 Chr04 NC_080390.1:55805945-55805956promoter 内 2427-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55800261-55804382(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr07G000320 Chr07 NC_080393.1:2157668-2157679promoter 内 2402-2413 bp - 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2155393-2156080(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
SmilChr01G000667 Chr01 NC_080387.1:14824746-14824757promoter 内 2348-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 14820548-14823104(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCAAA
SmilChr01G004381 Chr01 NC_080387.1:61998348-61998359promoter 内 2288-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 62000061-62002883(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAAA
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