转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 20 / 121 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002125 Chr01 NC_080387.1:37255545-37255559promoter 内 209-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 37245846-37251767(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAAATTC
SmilChr02G003694 Chr02 NC_080388.1:58397861-58397875promoter 内 3837-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 58398025-58399976(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGTTCA
SmilChr05G001068 Chr05 NC_080391.1:8822916-8822930promoter 内 3732-3746 bp + 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8820187-8822661(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACACCC
SmilChr01G005906 Chr01 NC_080387.1:74922890-74922904promoter 内 3637-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74923254-74924003(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTGTAGATCTGAT
SmilChr04G003670 Chr04 NC_080390.1:53147822-53147836promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53148854-53151775(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAATTTA
SmilChr01G004168 Chr01 NC_080387.1:60181657-60181671promoter 内 2796-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60182862-60184442(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAATTCA
SmilChr02G002241 Chr02 NC_080388.1:39757180-39757194promoter 内 2659-2673 bp - 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39758522-39774632(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAGAGTC
SmilChr03G002978 Chr03 NC_080389.1:46618382-46618396promoter 内 2564-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46619819-46623735(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAGAGTC
SmilChr01G001553 Chr01 NC_080387.1:29519065-29519079promoter 内 2516-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29514942-29517594(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGCGTC
SmilChr05G001069 Chr05 NC_080391.1:8822916-8822930promoter 内 2389-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 8824528-8827292(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTGTGGATCTGAT
SmilChr01G005904 Chr01 NC_080387.1:74922890-74922904promoter 内 2375-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 74919083-74921278(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTACACCT
SmilChr01G004271 Chr01 NC_080387.1:60960716-60960730promoter 内 2017-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60955056-60958746(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTCTGGATCTGAC
SmilChr01G005921 Chr01 NC_080387.1:75037351-75037365promoter 内 1981-1995 bp + 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 75032688-75035345(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTACACCT
SmilChr04G003124 Chr04 NC_080390.1:47855898-47855912promoter 内 1940-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47851420-47853851(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGTCTAGATCTGAC
SmilChr01G004359 Chr01 NC_080387.1:61777334-61777348promoter 内 1838-1852 bp + 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 61779497-61785042(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTCTGGATCTGAC
SmilChr03G001592 Chr03 NC_080389.1:20179806-20179820promoter 内 1504-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 20182303-20184509(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTAGAGTC
SmilChr05G000941 Chr05 NC_080391.1:7600296-7600310promoter 内 1449-1463 bp - 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 7591540-7597758(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCGAGATCTGGA
SmilChr03G003722 Chr03 NC_080389.1:56238951-56238965promoter 内 1386-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56241566-56245128(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTTTAGATCTGGG
SmilChr01G005159 Chr01 NC_080387.1:69352095-69352109promoter 内 1336-1350 bp - 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69354760-69355445(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATTTCT
SmilChr02G004561 Chr02 NC_080388.1:68120316-68120330promoter 内 1051-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 68123266-68124433(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGAGCG
SmilChr02G001365 Chr02 NC_080388.1:25719559-25719573promoter 内 360-374 bp - 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25723200-25723790(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAGTCC
SmilChr04G000677 Chr04 NC_080390.1:7737222-7737236promoter 内 121-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 7741102-7747480(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTAGAGTC
SmilChr04G003003 Chr04 NC_080390.1:46424646-46424660promoter 内 1265-1279 bp - 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 5 46427382-46430937(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTAGATTT
SmilChr02G000648 Chr02 NC_080388.1:9963599-9963613promoter 内 3217-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 9822583-9962829(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAACTTC
SmilChr02G002131 Chr02 NC_080388.1:38151977-38151991promoter 内 2779-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 4 38153199-38200690(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTCCAGATCTGCA
SmilChr02G001978 Chr02 NC_080388.1:35736807-35736821promoter 内 2867-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 35732406-35735687(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATTTAGATCTGGA
SmilChr02G001447 Chr02 NC_080388.1:27141542-27141556promoter 内 2388-2402 bp - 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 27137826-27139943(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGTAGATCTGAA
SmilChr04G001640 Chr04 NC_080390.1:27291046-27291060promoter 内 2187-2201 bp - 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 27292860-27295296(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGTTTTC
SmilChr02G001526 Chr02 NC_080388.1:28396897-28396911promoter 内 2042-2056 bp + 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 28398856-28400880(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGTAGATCTGAA
SmilChr02G001438 Chr02 NC_080388.1:27067114-27067128promoter 内 1678-1692 bp + 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 27055530-27064805(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGATCG
SmilChr01G000651 Chr01 NC_080387.1:14491783-14491797promoter 内 965-979 bp - 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 14494819-14495241(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGAAGAT
SmilChr02G001456 Chr02 NC_080388.1:27241788-27241802promoter 内 638-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 27237585-27238439(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGATCG
SmilChr03G003222 Chr03 NC_080389.1:49890880-49890894promoter 内 3059-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 49888345-49889952(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTATCAGATCTGCG
SmilChr03G004523 Chr03 NC_080389.1:63285928-63285942promoter 内 2923-2937 bp - 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 63287006-63289063(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTGAATTC
SmilChr02G005231 Chr02 NC_080388.1:73509508-73509522promoter 内 2754-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 73504800-73508275(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAGAATT
SmilChr05G001619 Chr05 NC_080391.1:14967950-14967964promoter 内 2594-2608 bp + 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 14961256-14966557(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAAATC
SmilChr01G005799 Chr01 NC_080387.1:74063673-74063687promoter 内 2591-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 74065083-74068284(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAATCA
SmilChr03G002158 Chr03 NC_080389.1:33604649-33604663promoter 内 2578-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 33606072-33607171(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGGTCAGATCTGGA
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SmilChr01G000105 Chr01 NC_080387.1:1842018-1842032promoter 内 1514-1528 bp - 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 1837296-1839545(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTAGCAGATCTGGG
SmilChr03G003221 Chr03 NC_080389.1:49890880-49890894promoter 内 1445-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 49887374-49888338(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTATCAGATCTGCG
SmilChr05G001242 Chr05 NC_080391.1:10522642-10522656promoter 内 1356-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 10525287-10525772(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGTAGA
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SmilChr01G000198 Chr01 NC_080387.1:3389563-3389577promoter 内 769-783 bp - 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 3392795-3394156(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGGAAAT
SmilChr03G000577 Chr03 NC_080389.1:6397739-6397753promoter 内 414-428 bp - 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 6390720-6394166(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGCCAGATCTGTG
SmilChr01G005797 Chr01 NC_080387.1:74049396-74049410promoter 内 3958-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 74049439-74053234(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAATCA
SmilChr04G003426 Chr04 NC_080390.1:50852266-50852280promoter 内 3666-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50852601-50853857(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGATTGGATCTGAA
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