转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 23 / 151 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001899 Chr03 NC_080389.1:26540613-26540625promoter 内 1434-1446 bp - 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 26537987-26538058(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACATT
SmilChr04G003395 Chr04 NC_080390.1:50501972-50501984promoter 内 1434-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 50492490-50499417(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAGA
SmilChr03G001947 Chr03 NC_080389.1:27784185-27784197promoter 内 1232-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 27781357-27781428(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGTTAGGTAAA
SmilChr01G002474 Chr01 NC_080387.1:42481563-42481575promoter 内 1118-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 42484446-42486418(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGTTAGGTAAA
SmilChr03G002940 Chr03 NC_080389.1:46127490-46127502promoter 内 781-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 46123485-46124282(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGAGTAGGTAAA
SmilChr02G005273 Chr02 NC_080388.1:73809192-73809204promoter 内 656-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 73812537-73813490(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTCCC
SmilChr01G001720 Chr01 NC_080387.1:31681677-31681689promoter 内 514-526 bp - 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 31669833-31678202(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTAC
SmilChr01G001721 Chr01 NC_080387.1:31681677-31681689promoter 内 415-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 31685263-31686471(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAAGTAGGTAGG
SmilChr01G006048 Chr01 NC_080387.1:75994428-75994440promoter 内 315-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 75988937-75990754(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAGAGTAGGTAAA
SmilChr03G001901 Chr03 NC_080389.1:26540613-26540625promoter 内 31-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 26544583-26544654(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGTTAGGTAAA
SmilChr05G001238 Chr05 NC_080391.1:10486664-10486676promoter 内 3959-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 10482279-10486634(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAAGTAGGTAAG
SmilChr01G003032 Chr01 NC_080387.1:49357706-49357718promoter 内 3795-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49357912-49361275(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTTTT
SmilChr01G000248 Chr01 NC_080387.1:4671242-4671254promoter 内 3440-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4670000-4670693(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACTTAC
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31189420-31189432promoter 内 3207-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31185986-31188638(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGGTAGGTAAC
SmilChr01G004156 Chr01 NC_080387.1:60074289-60074301promoter 内 2987-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 60068353-60073287(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAAGTAGGTAAA
SmilChr02G003810 Chr02 NC_080388.1:59728475-59728487promoter 内 2979-2991 bp - 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 59726684-59727465(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACCGAC
SmilChr01G002085 Chr01 NC_080387.1:36820991-36821003promoter 内 2891-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36818949-36819893(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAGA
SmilChr01G001650 Chr01 NC_080387.1:30560260-30560272promoter 内 2787-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30553005-30559058(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGTTAGGTAAA
SmilChr02G004103 Chr02 NC_080388.1:63343608-63343620promoter 内 2671-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 63340346-63342290(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACTTT
SmilChr02G003725 Chr02 NC_080388.1:58873019-58873031promoter 内 2633-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58874387-58885251(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCACCTACCCAT
SmilChr05G001207 Chr05 NC_080391.1:10149505-10149517promoter 内 2577-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 10150929-10152754(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAACAAC
SmilChr01G001109 Chr01 NC_080387.1:22714524-22714536promoter 内 2508-2520 bp - 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 22710281-22713043(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACTTT
SmilChr03G002670 Chr03 NC_080389.1:42396142-42396154promoter 内 2414-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42397729-42404320(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAAA
SmilChr03G002684 Chr03 NC_080389.1:42633590-42633602promoter 内 2388-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42635203-42639344(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAAA
SmilChr01G005036 Chr01 NC_080387.1:68305808-68305820promoter 内 2338-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68298512-68304157(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACCGTG
SmilChr01G003031 Chr01 NC_080387.1:49357706-49357718promoter 内 2329-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49353674-49356046(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAAA
SmilChr01G005037 Chr01 NC_080387.1:68305808-68305820promoter 内 2309-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68307500-68325829(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACGGTAGGTAGG
SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7498630-7498642promoter 内 2305-2317 bp + 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 7500326-7500844(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCCGT
SmilChr05G001822 Chr05 NC_080391.1:18245295-18245307promoter 内 2263-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 18238806-18243569(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACTTTT
SmilChr02G000221 Chr02 NC_080388.1:2883444-2883456promoter 内 2221-2233 bp - 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2879606-2881676(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACATT
SmilChr04G000151 Chr04 NC_080390.1:1324491-1324503promoter 内 2104-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 1318684-1322606(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAAGTAGGTAAG
SmilChr02G000740 Chr02 NC_080388.1:11989976-11989988promoter 内 2029-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 11991948-11992729(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACTTCT
SmilChr02G005520 Chr02 NC_080388.1:75302600-75302612promoter 内 2012-2024 bp - 1977 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75292744-75300623(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTTTT
SmilChr02G005523 Chr02 NC_080388.1:75315296-75315308promoter 内 1971-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75309256-75313278(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACTTTT
SmilChr02G004839 Chr02 NC_080388.1:70503199-70503211promoter 内 1955-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 70499630-70501165(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAAA
SmilChr04G003384 Chr04 NC_080390.1:50387964-50387976promoter 内 1893-1905 bp - 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50380709-50385868(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAACATT
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