转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 23 / 140 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006194 Chr01 NC_080387.1:77547178-77547192promoter 内 2268-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 77544050-77545459(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTTAG
SmilChr03G003265 Chr03 NC_080389.1:50587610-50587624promoter 内 2188-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 50589423-50590130(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGTAGTAGGTGAAA
SmilChr01G001838 Chr01 NC_080387.1:33322914-33322928promoter 内 2054-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33316125-33320981(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTAACATGC
SmilChr01G000800 Chr01 NC_080387.1:17279075-17279089promoter 内 1701-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 17281375-17287044(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTAATATAT
SmilChr03G001181 Chr03 NC_080389.1:13562818-13562832promoter 内 1700-1714 bp - 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13557593-13560531(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCGTATTAGGTGGAA
SmilChr01G000754 Chr01 NC_080387.1:16625472-16625486promoter 内 1695-1709 bp + 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16616861-16623180(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTAATATAT
SmilChr02G000409 Chr02 NC_080388.1:5100662-5100676promoter 内 1647-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5096352-5098322(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTCCA
SmilChr02G000059 Chr02 NC_080388.1:758705-758719promoter 内 1554-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 755774-756272(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTATATTAGGTGAAA
SmilChr03G001762 Chr03 NC_080389.1:24027918-24027932promoter 内 1479-1493 bp - 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24030440-24032840(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTTACCTAATTATG
SmilChr02G003353 Chr02 NC_080388.1:54717189-54717203promoter 内 1431-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54713003-54714633(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTGGCT
SmilChr02G002304 Chr02 NC_080388.1:40656184-40656198promoter 内 1410-1424 bp - 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 40647737-40653607(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGTAGTAGGTGAAA
SmilChr03G000341 Chr03 NC_080389.1:3875924-3875938promoter 内 1391-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3871001-3873328(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGTAGTAGGTGAAA
SmilChr03G000620 Chr03 NC_080389.1:6821616-6821630promoter 内 1205-1219 bp + 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6824412-6832511(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCGTATTAGGTGGAA
SmilChr01G001313 Chr01 NC_080387.1:26112556-26112570promoter 内 1027-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 26102816-26109596(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAGGTTGGTGAAA
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23863324-23863338promoter 内 1022-1036 bp - 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 23859430-23860359(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGTAGTAGGTGAAA
SmilChr01G001225 Chr01 NC_080387.1:24540563-24540577promoter 内 1018-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24531958-24537594(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGTAGTAGGTGAAA
SmilChr01G004377 Chr01 NC_080387.1:61968148-61968162promoter 内 992-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 61971157-61977289(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTAGGTTGGTGAAA
SmilChr01G000494 Chr01 NC_080387.1:10070476-10070490promoter 内 964-978 bp - 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10073513-10076671(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTTACCTAATTATG
SmilChr01G004712 Chr01 NC_080387.1:65269482-65269496promoter 内 926-940 bp + 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 65272557-65278064(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGTAGTAGGTGAAA
SmilChr01G004414 Chr01 NC_080387.1:62273080-62273094promoter 内 825-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 62267610-62269918(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACCACAA
SmilChr02G001091 Chr02 NC_080388.1:19669629-19669643promoter 内 808-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 19672822-19676555(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTCACCTACCCTCG
SmilChr02G000488 Chr02 NC_080388.1:6687110-6687124promoter 内 807-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6680556-6683930(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAGGGTTAGGTGGAG
SmilChr01G004991 Chr01 NC_080387.1:67936637-67936651promoter 内 803-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 67939835-67943482(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACTACAC
SmilChr03G000619 Chr03 NC_080389.1:6821616-6821630promoter 内 785-799 bp + 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6817355-6818414(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCACCTAATACGG
SmilChr02G003776 Chr02 NC_080388.1:59447199-59447213promoter 内 588-602 bp - 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 59441556-59443800(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTGGCT
SmilChr02G005106 Chr02 NC_080388.1:72582710-72582724promoter 内 561-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 72586150-72586944(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATTCCC
SmilChr01G003192 Chr01 NC_080387.1:50659613-50659627promoter 内 368-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 50663246-50666895(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTGCAA
SmilChr02G002419 Chr02 NC_080388.1:42172399-42172413promoter 内 249-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42176151-42180320(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTGGGTAGGTGAAA
SmilChr01G000756 Chr01 NC_080387.1:16625472-16625486promoter 内 78-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16629395-16630636(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATATATTAGGTGAAA
SmilChr01G000311 Chr01 NC_080387.1:6023242-6023256promoter 内 48-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6017775-6019303(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGTAGTAGGTGAAA
SmilChr03G000530 Chr03 NC_080389.1:5665164-5665178promoter 内 1013-1027 bp - 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 5654198-5662190(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAATATTAGGTAGAA
SmilChr02G005321 Chr02 NC_080388.1:74138546-74138560promoter 内 282-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 74096698-74134841(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTCCAACTAATTTAT
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54751024-54751038promoter 内 2855-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 54752170-54757040(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTCCACCTAATCTGC
SmilChr02G005328 Chr02 NC_080388.1:74138546-74138560promoter 内 317-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 74129528-74134876(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTCCAACTAATTTAT
SmilChr01G001551 Chr01 NC_080387.1:29496425-29496439promoter 内 3333-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 29497093-29500181(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGGAGTAGGTGAGG
SmilChr01G001524 Chr01 NC_080387.1:29202712-29202726promoter 内 3273-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 29203440-29206343(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGGAGTAGGTGAGG
SmilChr03G003379 Chr03 NC_080389.1:52130501-52130515promoter 内 3191-3205 bp - 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 52131311-52133848(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTTACCTAATAATT
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SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35038297-35038311promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 35032507-35038236(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATCACCTACCTCTC
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