转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 23 / 164 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002838 Chr06 NC_080392.1:41150252-41150266promoter 内 2326-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 41147600-41148591(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGAGGTAGGTGGC
SmilChr02G003467 Chr02 NC_080388.1:55970725-55970739promoter 内 1932-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 55972794-55975525(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTCGGTAGGTGGG
SmilChr02G005028 Chr02 NC_080388.1:72017481-72017495promoter 内 1828-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 72019654-72023823(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCATATT
SmilChr05G001322 Chr05 NC_080391.1:11354797-11354811promoter 内 1823-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 11351234-11352633(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCAACCA
SmilChr03G003989 Chr03 NC_080389.1:58919341-58919355promoter 内 1788-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 58911799-58917142(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTCTGC
SmilChr02G002068 Chr02 NC_080388.1:37224345-37224359promoter 内 1684-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 37226662-37228325(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCATGAT
SmilChr07G002395 Chr07 NC_080393.1:22321906-22321920promoter 内 1561-1575 bp + 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22324346-22325151(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTAGGTAGGTGGA
SmilChr02G002440 Chr02 NC_080388.1:42633363-42633377promoter 内 1375-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 42635989-42642031(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTATGGTAGGTGGA
SmilChr04G003558 Chr04 NC_080390.1:51968991-51969005promoter 内 1193-1207 bp + 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 51959817-51966197(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTACGG
SmilChr07G000320 Chr07 NC_080393.1:2159027-2159041promoter 内 1040-1054 bp - 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2155393-2156080(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAATTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001254 Chr05 NC_080391.1:10663924-10663938promoter 内 1039-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 10666886-10669189(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCTCCAT
SmilChr07G001079 Chr07 NC_080393.1:7915347-7915361promoter 内 826-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 7918522-7922319(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCATATT
SmilChr04G002171 Chr04 NC_080390.1:35066928-35066942promoter 内 696-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 35059452-35063637(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGGTGAA
SmilChr05G003083 Chr05 NC_080391.1:39016762-39016776promoter 内 556-570 bp + 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 39020207-39022077(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATATGGTAGGTGAA
SmilChr05G002630 Chr05 NC_080391.1:29660288-29660302promoter 内 507-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 29663782-29665604(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATATGGTAGGTGAA
SmilChr02G002067 Chr02 NC_080388.1:37224345-37224359promoter 内 274-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 37220526-37220632(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCATGGTAGGTGGA
SmilChr02G005327 Chr02 NC_080388.1:74122958-74122972promoter 内 148-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74126811-74128986(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATATGGTAGGTGAA
SmilChr06G001125 Chr06 NC_080392.1:11320512-11320526promoter 内 132-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 11309276-11316657(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTCCAC
SmilChr02G001195 Chr02 NC_080388.1:21985720-21985734promoter 内 2495-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 21987226-21988501(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTCCCT
SmilChr02G005046 Chr02 NC_080388.1:72193299-72193313promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 72196648-72208636(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTCCCT
SmilChr02G005048 Chr02 NC_080388.1:72215365-72215379promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 72218714-72221703(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTCCCT
SmilChr02G004646 Chr02 NC_080388.1:68896803-68896817promoter 内 3630-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 68897174-68903776(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTTACA
SmilChr02G004616 Chr02 NC_080388.1:68678755-68678769promoter 内 3077-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 68672190-68677845(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGGTAGG
SmilChr01G000663 Chr01 NC_080387.1:14778020-14778034promoter 内 2169-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 14773813-14776202(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGTGGGTAGGTGCG
SmilChr01G000664 Chr01 NC_080387.1:14778020-14778034promoter 内 2161-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 14779860-14782457(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACCCACCA
SmilChr03G001287 Chr03 NC_080389.1:15072146-15072160promoter 内 1722-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 15065646-15069881(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGGGGTAGGTAGG
SmilChr02G004093 Chr02 NC_080388.1:63222299-63222313promoter 内 1554-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 63216526-63219866(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGAAGGTAGGTGGC
SmilChr05G000461 Chr05 NC_080391.1:3494042-3494056promoter 内 316-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 3486025-3490371(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCTCATC
SmilChr08G000011 Chr08 NC_080394.1:106744-106758promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 104417-106742(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGGTAGG
SmilChr04G003339 Chr04 NC_080390.1:50063745-50063759promoter 内 3952-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 50063794-50066373(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCTTATA
SmilChr08G002593 Chr08 NC_080394.1:25273944-25273958promoter 内 3924-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 25274021-25275153(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTACTA
SmilChr07G004014 Chr07 NC_080393.1:51221025-51221039promoter 内 3456-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51219488-51220494(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTACTA
SmilChr05G003363 Chr05 NC_080391.1:44439789-44439803promoter 内 3449-3463 bp - 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44433085-44439251(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGGGGTAGGTAGG
SmilChr04G003994 Chr04 NC_080390.1:55328799-55328813promoter 内 3368-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 55329432-55329831(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCACACT
SmilChr06G002559 Chr06 NC_080392.1:36764146-36764160promoter 内 3315-3329 bp - 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 36761610-36763474(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTTGGTAGGTTGG
SmilChr03G001223 Chr03 NC_080389.1:14097173-14097187promoter 内 3295-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 14097879-14100533(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGGGGTAGGTAGG
SmilChr08G002257 Chr08 NC_080394.1:20801496-20801510promoter 内 2911-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 20799770-20800420(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGTTGGTAGTTGGG
SmilChr06G001543 Chr06 NC_080392.1:16706429-16706443promoter 内 2744-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 16703286-16705186(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCCCACC
SmilChr05G003609 Chr05 NC_080391.1:48167275-48167289promoter 内 2559-2573 bp - 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 48160703-48165847(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGTTGGTAGGTTGG
SmilChr04G002541 Chr04 NC_080390.1:40697129-40697143promoter 内 2509-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 40698621-40704264(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCAACAT
SmilChr08G002256 Chr08 NC_080394.1:20801496-20801510promoter 内 2264-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 20798579-20799773(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGTTGGTAGTTGGG
SmilChr03G002907 Chr03 NC_080389.1:45836491-45836505promoter 内 2033-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45832969-45834537(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGAGGTAGGTGAA
SmilChr05G001426 Chr05 NC_080391.1:12968238-12968252promoter 内 1989-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 12965545-12966240(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGTTGGTAGGTGCA
SmilChr07G003810 Chr07 NC_080393.1:46956951-46956965promoter 内 1708-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 46952603-46954672(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAACC
SmilChr04G001211 Chr04 NC_080390.1:18776009-18776023promoter 内 1220-1234 bp - 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 18778790-18793900(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCAACAT
SmilChr07G003230 Chr07 NC_080393.1:34307921-34307935promoter 内 992-1006 bp - 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 34301993-34304926(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTTTGGTAGGTGAA
SmilChr08G002594 Chr08 NC_080394.1:25273944-25273958promoter 内 987-1001 bp - 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 25276958-25281071(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCTACTA
SmilChr08G000010 Chr08 NC_080394.1:106744-106758promoter 内 983-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 100852-103740(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGGTAGG
SmilChr02G001232 Chr02 NC_080388.1:22613512-22613526promoter 内 715-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 22616798-22622085(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr04G002276 Chr04 NC_080390.1:36978262-36978276promoter 内 501-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 36973110-36974776(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCCCACC