转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 24 / 134 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002568 Chr07 NC_080393.1:24516621-24516635promoter 内 1176-1190 bp + 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 24513704-24513810(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGCCGAGA
SmilChr03G003799 Chr03 NC_080389.1:57063855-57063869promoter 内 1076-1090 bp - 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 57060139-57060944(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATCGCCGACATCT
SmilChr08G004212 Chr08 NC_080394.1:51508958-51508972promoter 内 1047-1061 bp - 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51511912-51512883(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCGGAGT
SmilChr01G004779 Chr01 NC_080387.1:65956645-65956659promoter 内 860-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 65959786-65963505(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGTGAACA
SmilChr07G002495 Chr07 NC_080393.1:23651148-23651162promoter 内 790-804 bp + 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23646722-23647951(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGCGACTC
SmilChr04G002485 Chr04 NC_080390.1:39687848-39687862promoter 内 736-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 39691113-39694754(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGCCGCCGACAAGA
SmilChr04G000503 Chr04 NC_080390.1:5502774-5502788promoter 内 662-676 bp - 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5495844-5499449(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGTGGCCGACATTC
SmilChr01G006138 Chr01 NC_080387.1:76887438-76887452promoter 内 640-654 bp + 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 76890799-76892272(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTCCGCCGACACGC
SmilChr04G001078 Chr04 NC_080390.1:15461922-15461936promoter 内 615-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 15465308-15468818(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGCCGCCGACAAGA
SmilChr04G000416 Chr04 NC_080390.1:4368904-4368918promoter 内 570-584 bp - 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4364108-4365487(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCTCACCGACATTC
SmilChr07G001052 Chr07 NC_080393.1:7691153-7691167promoter 内 551-565 bp - 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7682791-7687717(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCTAGCCGACATCA
SmilChr05G000378 Chr05 NC_080391.1:2833115-2833129promoter 内 502-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2836614-2838746(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGTGTCGGCGGCGC
SmilChr02G000051 Chr02 NC_080388.1:689734-689748promoter 内 363-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 693372-694268(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATTGCCGACATAC
SmilChr05G002169 Chr05 NC_080391.1:23013945-23013959promoter 内 363-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23017583-23023623(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATCGCCGACATCT
SmilChr05G004268 Chr05 NC_080391.1:56460934-56460948promoter 内 328-342 bp - 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 56464607-56467849(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTGTCGGCGGCCT
SmilChr05G003293 Chr05 NC_080391.1:43074475-43074489promoter 内 311-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 43067830-43070799(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTCGCCGACATTA
SmilChr08G004213 Chr08 NC_080394.1:51508958-51508972promoter 内 121-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51512838-51514396(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCGGAGT
SmilChr04G003048 Chr04 NC_080390.1:47015016-47015030promoter 内 120-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 47009493-47011149(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGTGGCCGACATTA
SmilChr08G001597 Chr08 NC_080394.1:13199300-13199314promoter 内 793-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 13196025-13196106(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGCGGCCGACATTG
SmilChr01G005177 Chr01 NC_080387.1:69506506-69506520promoter 内 3533-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 69506974-69508217(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGGCCGACATCA
SmilChr01G002568 Chr01 NC_080387.1:43782446-43782460promoter 内 3254-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 43781518-43781713(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGCGTCGGCAGCGG
SmilChr04G000931 Chr04 NC_080390.1:12122233-12122247promoter 内 2631-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 12123603-12124324(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGTCGGCGCTGG
SmilChr04G004159 Chr04 NC_080390.1:56272526-56272540promoter 内 1867-1881 bp - 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 56274660-56278615(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCAGACT
SmilChr01G001516 Chr01 NC_080387.1:29009551-29009565promoter 内 1707-1721 bp - 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 29002455-29007271(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGCTGCCGACGTCG
SmilChr08G001078 Chr08 NC_080394.1:8292994-8293008promoter 内 766-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 8296229-8298457(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGCTGCCGACGTCG
SmilChr03G000413 Chr03 NC_080389.1:4458545-4458559promoter 内 462-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 4454107-4455020(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGTAGG
SmilChr01G001571 Chr01 NC_080387.1:29745072-29745086promoter 内 369-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 29748704-29748775(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTCACCGACATGC
SmilChr06G001873 Chr06 NC_080392.1:22244486-22244500promoter 内 298-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 22238063-22240797(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTGTCGGCGGCTG
SmilChr03G000899 Chr03 NC_080389.1:10268359-10268373promoter 内 163-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 10272197-10276604(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGACGTCGGCACCGG
SmilChr08G001077 Chr08 NC_080394.1:8292994-8293008promoter 内 44-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 8287658-8289051(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGTCGGCAGCAT
SmilChr05G001956 Chr05 NC_080391.1:20033340-20033354promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20031230-20033273(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTAAATG
SmilChr06G001219 Chr06 NC_080392.1:12572278-12572292promoter 内 3896-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12572383-12573895(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGTAACAA
SmilChr06G000375 Chr06 NC_080392.1:2894204-2894218promoter 内 3695-3709 bp + 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2894510-2905027(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCCCGCCGACACCA
SmilChr06G000718 Chr06 NC_080392.1:6541255-6541269promoter 内 3581-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6540075-6540849(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGCTGACCGACATGG
SmilChr01G002566 Chr01 NC_080387.1:43767712-43767726promoter 内 3448-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 43764827-43767173(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAATGTCGGCAAGGC
SmilChr05G002076 Chr05 NC_080391.1:21697345-21697359promoter 内 3404-3418 bp - 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 21697942-21699383(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGCGAACA
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SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53010041-53010055promoter 内 3360-3374 bp + 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53010682-53013283(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACACTACCGACATCT
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SmilChr01G006169 Chr01 NC_080387.1:77197242-77197256promoter 内 2591-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 77198652-77205021(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGCCGCCGACAACC
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SmilChr05G003248 Chr05 NC_080391.1:41849480-41849494promoter 内 2535-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41850946-41854642(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGTGATAT