转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 25 / 143 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001530 Chr08 NC_080394.1:12444733-12444752promoter 内 1791-1810 bp + 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12446943-12455016(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCTGTTAGCT
SmilChr02G002810 Chr02 NC_080388.1:48146493-48146512promoter 内 1725-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48148769-48150806(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAATATTTTGTCATTTTGTG
SmilChr03G003273 Chr03 NC_080389.1:50696142-50696161promoter 内 1542-1561 bp - 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50689598-50693702(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGGTTTTTGTCTTCTTCCA
SmilChr04G002186 Chr04 NC_080390.1:35298830-35298849promoter 内 1532-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 35301299-35320433(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTGTTTTGTCTTCTTGGA
SmilChr04G003122 Chr04 NC_080390.1:47825707-47825726promoter 内 1519-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47828189-47831864(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACAAATAGACAAAAAAAAA
SmilChr07G000318 Chr07 NC_080393.1:2140940-2140959promoter 内 1490-1509 bp - 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2137406-2138448(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTTTCTCTTGTCGTTATCTG
SmilChr08G002396 Chr08 NC_080394.1:22754220-22754239promoter 内 1448-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22750959-22751686(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTTTTTTTGTCTTTTATCT
SmilChr07G002212 Chr07 NC_080393.1:20378358-20378377promoter 内 1431-1450 bp + 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20380928-20385839(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATCATTTTGTCTTGTTCTG
SmilChr05G004080 Chr05 NC_080391.1:54668572-54668591promoter 内 1318-1337 bp + 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54671255-54676015(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCATTTTTTGTTGTCTTGTG
SmilChr03G003516 Chr03 NC_080389.1:53752930-53752949promoter 内 1285-1304 bp + 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53755646-53756038(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTCTTTTTGTCATTTTGGG
SmilChr04G003645 Chr04 NC_080390.1:52966983-52967002promoter 内 1194-1213 bp + 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52969790-52972993(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATATTTTGTCTTCTTCCA
SmilChr08G001506 Chr08 NC_080394.1:12201939-12201958promoter 内 1191-1210 bp + 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 12195929-12199148(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGAAAATGACAAAAATATT
SmilChr07G000656 Chr07 NC_080393.1:4422491-4422510promoter 内 802-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4425690-4425773(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAAAGACAAAAATTCT
SmilChr02G002584 Chr02 NC_080388.1:44907438-44907457promoter 内 526-545 bp - 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 44910913-44911431(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCAAAAAGACAAAAAATTA
SmilChr03G003239 Chr03 NC_080389.1:50283381-50283400promoter 内 492-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50286890-50290839(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTTGTTTTTGTCTTTTGGTG
SmilChr04G003115 Chr04 NC_080390.1:47701427-47701446promoter 内 409-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47705019-47707728(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGCTTTTTGTCTGTTACTG
SmilChr02G004403 Chr02 NC_080388.1:66358661-66358680promoter 内 361-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 66362301-66364636(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGAAAATGACAAAATACAG
SmilChr02G005550 Chr02 NC_080388.1:75472995-75473014promoter 内 158-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 75476838-75489011(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGTAGAAGACAAAAAATTC
SmilChr07G004390 Chr07 NC_080393.1:56478827-56478846promoter 内 151-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 56482677-56483981(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACCTATTTTGTCGTCTTATC
SmilChr03G000767 Chr03 NC_080389.1:8785381-8785400promoter 内 98-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8779824-8781497(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAATAACGACAAAATAATA
SmilChr04G001900 Chr04 NC_080390.1:31049536-31049555promoter 内 18-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31042861-31045572(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTCTAAACGACAAAAAAGAC
SmilChr05G002601 Chr05 NC_080391.1:29222559-29222578promoter 内 3660-3679 bp + 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 29222900-29223946(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTATTTTTGTCTTTTTTGT
SmilChr01G000433 Chr01 NC_080387.1:8662390-8662409promoter 内 3240-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 8658607-8661648(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCCCTTTTGTCTTCTTCTT
SmilChr02G002490 Chr02 NC_080388.1:43316494-43316513promoter 内 2800-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 43317695-43323564(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGAAAAACGACAAATGAACA
SmilChr07G001568 Chr07 NC_080393.1:12907396-12907415promoter 内 3956-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 12907441-12908556(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGAAAGCGACAAAACACTG
SmilChr07G001528 Chr07 NC_080393.1:12335218-12335237promoter 内 3803-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 12335416-12336362(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGAAAGCGACAAAACACTG
SmilChr07G004699 Chr07 NC_080393.1:59894516-59894535promoter 内 3692-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 59894825-59898214(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGAGTTTTGTCGTTTTACT
SmilChr07G004698 Chr07 NC_080393.1:59894150-59894169promoter 内 3686-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 59890470-59893854(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGAGTTTTGTCGTTTTACT
SmilChr07G002405 Chr07 NC_080393.1:22408104-22408123promoter 内 3417-3436 bp - 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 22408688-22409723(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAATAAGACAAAAAATAA
SmilChr08G003170 Chr08 NC_080394.1:32375430-32375449promoter 内 2478-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 32371880-32373926(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAATAAGACAAAAAATAA
SmilChr01G004607 Chr01 NC_080387.1:64045333-64045352promoter 内 2453-2472 bp - 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 64046881-64049414(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAATAAGACAAAAAATAA
SmilChr05G001435 Chr05 NC_080391.1:13095085-13095104promoter 内 2143-2162 bp + 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 13089822-13093246(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAATAAGACAAAAAATAA
SmilChr04G002510 Chr04 NC_080390.1:40083678-40083697promoter 内 1940-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40085739-40088968(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACACTTTTTGTCTTCTTCCC
SmilChr03G001132 Chr03 NC_080389.1:13063525-13063544promoter 内 1113-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 13066413-13071497(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGTCTTTTGTCCGTTTGCG
SmilChr07G001569 Chr07 NC_080393.1:12907396-12907415promoter 内 1100-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 12910297-12910725(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGAAAGCGACAAAACACTG
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