转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 26 / 143 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000946 Chr05 NC_080391.1:7647133-7647152promoter 内 2683-2702 bp + 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7648451-7650064(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCATATTTGTCGGTTTGTC
SmilChr04G003906 Chr04 NC_080390.1:54820161-54820180promoter 内 2681-2700 bp + 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 54815526-54818860(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGAAAATGACAAATAATAT
SmilChr05G003203 Chr05 NC_080391.1:40964354-40964373promoter 内 2645-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 40954837-40963017(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATCACTTTGTCGTTTACTG
SmilChr03G000734 Chr03 NC_080389.1:8293322-8293341promoter 内 2565-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8291056-8291905(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTATTTTTGTCTTCTAGCA
SmilChr06G001125 Chr06 NC_080392.1:11318101-11318120promoter 内 2538-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11309276-11316657(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCTATTTTTGTCGGTTTCAA
SmilChr07G002293 Chr07 NC_080393.1:21205772-21205791promoter 内 2480-2499 bp - 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21207293-21210179(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCAAAATGACAAAAATTAA
SmilChr08G003970 Chr08 NC_080394.1:47730699-47730718promoter 内 2428-2447 bp + 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47726840-47729145(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAAGGACAAAATTTAA
SmilChr02G000482 Chr02 NC_080388.1:6611977-6611996promoter 内 2362-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6599753-6610357(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCAAAAGGACAAAACTCCT
SmilChr02G001150 Chr02 NC_080388.1:20957939-20957958promoter 内 2333-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20959607-20961547(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTGTTTTGTCGTGTTCAA
SmilChr05G002489 Chr05 NC_080391.1:27557748-27557767promoter 内 2294-2313 bp + 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27553040-27556060(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAATAAGACAAAAAATAA
SmilChr02G005441 Chr02 NC_080388.1:74802703-74802722promoter 内 2197-2216 bp + 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74799341-74800918(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTGAAAATGACAAAAAAATA
SmilChr07G004685 Chr07 NC_080393.1:59804816-59804835promoter 内 2174-2193 bp + 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59798099-59803008(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGTAACCGACAAAATTATG
SmilChr03G002389 Chr03 NC_080389.1:37822218-37822237promoter 内 2126-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 37824093-37830882(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATGTTTTTGTCTTTAACCG
SmilChr07G004157 Chr07 NC_080393.1:53414994-53415013promoter 内 2053-2072 bp - 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53409694-53413065(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATTTTTTTGTCGTTTCATA
SmilChr08G004495 Chr08 NC_080394.1:54585227-54585246promoter 内 1997-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 54581362-54583242(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAAAAAAAGACAAAATAGTA
SmilChr07G004356 Chr07 NC_080393.1:56116014-56116033promoter 内 1985-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56118030-56119093(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTAAATTTTGTCCTTTTTTT
SmilChr03G004097 Chr03 NC_080389.1:59849261-59849280promoter 内 1887-1906 bp + 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59844411-59847166(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGCGAAAGGACAAAAAGATG
SmilChr02G001917 Chr02 NC_080388.1:34505362-34505381promoter 内 1820-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34507543-34508333(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGTGTTTTTGTCTTCTAGCT
SmilChr03G004554 Chr03 NC_080389.1:63514153-63514172promoter 内 1793-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63516361-63526829(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCATTTTTGTCGTATTTTA
SmilChr08G001618 Chr08 NC_080394.1:13420948-13420967promoter 内 1695-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 13414487-13418661(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCCAAAACGACAAACATTAA
SmilChr01G005844 Chr01 NC_080387.1:74425571-74425590promoter 内 1626-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74421859-74423215(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTCTATTTTGTCATCTTCTT
SmilChr04G003572 Chr04 NC_080390.1:52145675-52145694promoter 内 1269-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52148407-52148964(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCTTTATTTA
SmilChr05G000657 Chr05 NC_080391.1:4946669-4946688promoter 内 1243-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4949427-4951871(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAATAAAAGACAAAAATCGT
SmilChr08G003972 Chr08 NC_080394.1:47730699-47730718promoter 内 1224-1243 bp + 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47733476-47735370(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTAAATTTTGTCCTTTTTTT
SmilChr03G004521 Chr03 NC_080389.1:63280875-63280894promoter 内 1156-1175 bp + 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63273797-63278049(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAACGACAAATTAATT
SmilChr02G000664 Chr02 NC_080388.1:10210429-10210448promoter 内 1011-1030 bp - 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10205962-10207458(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTAAATTTTGTCCTTTTTTT
SmilChr03G003800 Chr03 NC_080389.1:57079454-57079473promoter 内 970-989 bp - 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57060998-57076442(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATTTTTTTGTCGTTTCATA
SmilChr08G004425 Chr08 NC_080394.1:53946383-53946402promoter 内 918-937 bp - 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53941775-53943319(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGTCCTTTTGTCGTTTTCGC
SmilChr08G000648 Chr08 NC_080394.1:4819993-4820012promoter 内 894-913 bp + 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4823100-4825560(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTATTTTTTGTCTTTTTTGT
SmilChr05G003609 Chr05 NC_080391.1:48168938-48168957promoter 内 891-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48160703-48165847(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCTGTTTTGTCGCTTTGAG
SmilChr03G002016 Chr03 NC_080389.1:30099364-30099383promoter 内 793-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30095714-30096175(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATTTTTCTGTCGTTTTGTT
SmilChr08G004901 Chr08 NC_080394.1:58020928-58020947promoter 内 772-791 bp + 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 58024157-58025546(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTAAATTTTGTCCTTTTTTT
SmilChr05G000656 Chr05 NC_080391.1:4946669-4946688promoter 内 664-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4942157-4943351(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACGATTTTTGTCTTTTATTG
SmilChr07G003518 Chr07 NC_080393.1:40296643-40296662promoter 内 655-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 40292519-40293316(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATTTTTCTGTCGTTTTGTT
SmilChr02G001875 Chr02 NC_080388.1:34046277-34046296promoter 内 553-572 bp - 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34042124-34042848(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGTGTTTTTGTCTTCTAGCT
SmilChr03G002242 Chr03 NC_080389.1:35366358-35366377promoter 内 536-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35369823-35369894(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCAAAAGGACAAAAACCCC
SmilChr01G004299 Chr01 NC_080387.1:61177973-61177992promoter 内 493-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61172693-61174484(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAACCGACAAAATCTAC
SmilChr03G002015 Chr03 NC_080389.1:30099364-30099383promoter 内 298-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30094670-30095680(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATTTTTCTGTCGTTTTGTT
SmilChr05G003610 Chr05 NC_080391.1:48168938-48168957promoter 内 56-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48172883-48174013(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTCAAAGCGACAAAACAGAA
SmilChr06G000180 Chr06 NC_080392.1:1259968-1259987promoter 内 3720-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 1257697-1259706(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAAAACAACAAAAAAAGA
SmilChr03G001154 Chr03 NC_080389.1:13320432-13320451promoter 内 3084-3103 bp - 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 13316217-13319534(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTTTTTTTGTCTTTTCATG
SmilChr06G000181 Chr06 NC_080392.1:1259968-1259987promoter 内 2558-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 1261411-1263547(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCTTTTTTTGTTGTTTTTTG
SmilChr07G004204 Chr07 NC_080393.1:54144129-54144148promoter 内 375-394 bp + 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 54147755-54148813(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCATTTTTTGTCGTAAAGTG
SmilChr02G005320 Chr02 NC_080388.1:74079747-74079766promoter 内 81-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 74074171-74075846(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACAAAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr04G002171 Chr04 NC_080390.1:35064500-35064519promoter 内 3119-3138 bp + 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 35059452-35063637(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATAAAAAGACAAAATAGTA
SmilChr01G005167 Chr01 NC_080387.1:69441720-69441739promoter 内 2657-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 69443064-69445316(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATGAATTTTGTCTTTTTTTT
SmilChr06G001606 Chr06 NC_080392.1:17902500-17902519promoter 内 2187-2206 bp - 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 17895086-17900705(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCATTTTTGTCCTCTTATT
SmilChr01G003105 Chr01 NC_080387.1:49855045-49855064promoter 内 2115-2134 bp + 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 49856931-49862217(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCTGTTTTTGTCTTCTTGGA
SmilChr06G003167 Chr06 NC_080392.1:44623241-44623260promoter 内 898-917 bp - 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 44618699-44620157(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTAGTTTACTG
SmilChr04G004059 Chr04 NC_080390.1:55744360-55744379promoter 内 366-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 55737166-55740744(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGCGAAAAGACAAAAATGCC