转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 27 / 167 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000886 Chr03 NC_080389.1:10114369-10114389promoter 内 3601-3621 bp + 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 10111702-10113989(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTTTCCTTATCTTTTATCCT
SmilChr03G003093 Chr03 NC_080389.1:47946220-47946240promoter 内 3596-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 47939639-47945835(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTTCTTATCCTATTTTTT
SmilChr04G003198 Chr04 NC_080390.1:48834006-48834026promoter 内 3527-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48834480-48834959(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCGAATTTGGATAAAAATAAT
SmilChr07G000238 Chr07 NC_080393.1:1548256-1548276promoter 内 3514-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 1531532-1547789(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACATACTTATCCTATTATGC
SmilChr07G002208 Chr07 NC_080393.1:20324179-20324199promoter 内 3434-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20321681-20323632(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGAAAATGGATAAATATGCA
SmilChr05G001739 Chr05 NC_080391.1:16815962-16815982promoter 内 3220-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16810049-16815201(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAAATGGATAAAGATCCA
SmilChr03G004125 Chr03 NC_080389.1:60093962-60093982promoter 内 3215-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 60094748-60095865(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCATTTTTATCCACATATGT
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70961396-70961416promoter 内 3202-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 70959676-70960617(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAATTATGGATAATGAGAGA
SmilChr06G002831 Chr06 NC_080392.1:41108776-41108796promoter 内 3189-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 41109588-41114037(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAAAAAAGATAAGGAAGTG
SmilChr04G000019 Chr04 NC_080390.1:241494-241514promoter 内 3167-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 239940-240680(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATAAAAGGATAAGTTTAAT
SmilChr01G001496 Chr01 NC_080387.1:28809051-28809071promoter 内 3078-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28809974-28814378(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTTCCTTATCTTTTTTTGT
SmilChr07G000819 Chr07 NC_080393.1:5784592-5784612promoter 内 3027-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5778555-5783638(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGGAATTTGGATAAGTAGCAA
SmilChr02G004818 Chr02 NC_080388.1:70314760-70314780promoter 内 2923-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 70312072-70313702(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAACTTGGATAAAGATGAA
SmilChr03G000014 Chr03 NC_080389.1:142419-142439promoter 内 2831-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 143589-147616(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTTCCTTATCTTTTTTTGT
SmilChr07G002265 Chr07 NC_080393.1:20855345-20855365promoter 内 2796-2816 bp - 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20856550-20859782(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTTCCTTATCTTTTTTTGT
SmilChr06G002590 Chr06 NC_080392.1:37107143-37107163promoter 内 2771-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 37100605-37105933(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATGTTTGGATAAGCAAATG
SmilChr08G000271 Chr08 NC_080394.1:1851610-1851630promoter 内 2710-2730 bp - 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 1852901-1855957(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTTCCTTATCTTTTTTTGT
SmilChr04G001982 Chr04 NC_080390.1:32093970-32093990promoter 内 2582-2602 bp - 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32090842-32092571(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAAAAAAGATAAGGAAGTG
SmilChr07G000424 Chr07 NC_080393.1:2956981-2957001promoter 内 2483-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 2954125-2955483(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATATTTATCCACTATAGC
SmilChr03G001472 Chr03 NC_080389.1:17563575-17563595promoter 内 2397-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 17560909-17561991(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATGAAGTGGATAATGAGGTA
SmilChr04G002057 Chr04 NC_080390.1:33314086-33314106promoter 内 2343-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33310787-33312448(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATAGGATAAGAAAATA
SmilChr01G003778 Chr01 NC_080387.1:56179794-56179814promoter 内 2300-2320 bp - 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56177508-56178113(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAAAGTGGATAAGGCAATG
SmilChr08G000802 Chr08 NC_080394.1:5881555-5881575promoter 内 2266-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5883290-5886873(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAAAAAAGATAAGGAAGTG
SmilChr01G002569 Chr01 NC_080387.1:43789676-43789696promoter 内 2260-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 43783503-43787955(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAGAATGGATAAGAAAAGA
SmilChr04G002058 Chr04 NC_080390.1:33314086-33314106promoter 内 2150-2170 bp - 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33315937-33320180(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTTCTTATCCTATTTTTT
SmilChr02G003438 Chr02 NC_080388.1:55665815-55665835promoter 内 2140-2160 bp - 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55663412-55663974(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAAACAAGATAAGGGAGGG
SmilChr06G002565 Chr06 NC_080392.1:36857594-36857614promoter 内 2101-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 36846941-36855714(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAAAAAAGATAAGGAAGTG
SmilChr02G002513 Chr02 NC_080388.1:43630561-43630581promoter 内 2081-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 43632481-43634332(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCAACTTTATCCAAATTTCA
SmilChr08G002135 Chr08 NC_080394.1:19233847-19233867promoter 内 1984-2004 bp - 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19235864-19239439(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTTTCCTTATCTTTTATCCT
SmilChr01G005418 Chr01 NC_080387.1:71387062-71387082promoter 内 1955-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 71389108-71390183(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAGCTTATCCAATATTCG
SmilChr05G002066 Chr05 NC_080391.1:21525805-21525825promoter 内 1948-1968 bp + 2033 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21521851-21523772(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTAGCCTTATCCTCATTGTA
SmilChr05G001725 Chr05 NC_080391.1:16559116-16559136promoter 内 1929-1949 bp - 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16561188-16563669(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTTCCTTATCTTTTTTTGT
SmilChr01G003391 Chr01 NC_080387.1:52626934-52626954promoter 内 1867-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 52629068-52631558(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAAAAAAGATAAGGAAGTG
SmilChr06G001466 Chr06 NC_080392.1:15519972-15519992promoter 内 1804-1824 bp - 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15522169-15525606(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATCCTCATCCTCTTCATC
SmilChr06G000718 Chr06 NC_080392.1:6543086-6543106promoter 内 1744-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6540075-6540849(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTTCTTATCCTATTTTTT
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