转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 27 / 134 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001756 Chr02 NC_080388.1:32310408-32310420promoter 内 859-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 32306425-32307278(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCAAAAGTCAAGA
SmilChr02G003694 Chr02 NC_080388.1:58397977-58397989promoter 内 3953-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 58398025-58399976(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTTCCA
SmilChr02G002009 Chr02 NC_080388.1:36227789-36227801promoter 内 3891-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 36225917-36227691(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTTGACTTTTGC
SmilChr01G000477 Chr01 NC_080387.1:9784976-9784988promoter 内 3639-3651 bp - 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9785338-9787272(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CACAAAGTCAACA
SmilChr02G002666 Chr02 NC_080388.1:46155922-46155934promoter 内 3388-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46156535-46157296(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGAAAGTCAAAA
SmilChr02G002069 Chr02 NC_080388.1:37244629-37244641promoter 内 3158-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37243238-37243798(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGAAAAGTCAAGA
SmilChr02G001852 Chr02 NC_080388.1:33739908-33739920promoter 内 2377-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33741532-33744438(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGTTGACTTCTGC
SmilChr02G002513 Chr02 NC_080388.1:43630047-43630059promoter 内 1567-1579 bp - 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 43632481-43634332(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTAAAAGTCAAGG
SmilChr02G001916 Chr02 NC_080388.1:34494373-34494385promoter 内 1299-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34487721-34491683(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGAAAGTCAAAA
SmilChr01G005844 Chr01 NC_080387.1:74426105-74426117promoter 内 1099-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 74421859-74423215(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAGAAAGTCAAAA
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53115863-53115875promoter 内 599-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 53109246-53112473(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTTGACTTTTAA
SmilChr02G005363 Chr02 NC_080388.1:74348387-74348399promoter 内 538-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 74341412-74344936(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTTCTT
SmilChr01G004909 Chr01 NC_080387.1:67122845-67122857promoter 内 325-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 67126521-67126717(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATGAAAGTCAAAG
SmilChr01G005846 Chr01 NC_080387.1:74426105-74426117promoter 内 209-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 74429897-74432449(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTCTC
SmilChr03G001506 Chr03 NC_080389.1:18418810-18418822promoter 内 200-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 18410005-18415021(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCAGAAGTCAACG
SmilChr02G002609 Chr02 NC_080388.1:45268708-45268720promoter 内 3392-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 45269317-45270675(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAAAAGTCAAGC
SmilChr02G002811 Chr02 NC_080388.1:48154271-48154283promoter 内 1839-1851 bp + 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 48150724-48152121(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAAAAGTCAAGC
SmilChr01G000381 Chr01 NC_080387.1:7830396-7830408promoter 内 939-951 bp - 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 7822624-7827346(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCTTGACTTTTGT
SmilChr01G005978 Chr01 NC_080387.1:75444011-75444023promoter 内 3220-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 75438795-75443242(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTTGG
SmilChr02G004871 Chr02 NC_080388.1:70796790-70796802promoter 内 2187-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 70798604-70803077(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTTATT
SmilChr01G003364 Chr01 NC_080387.1:52388243-52388255promoter 内 3698-3710 bp + 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 52385154-52387952(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATAAAGTCAAAG
SmilChr02G000144 Chr02 NC_080388.1:1934794-1934806promoter 内 3496-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 1935299-1938061(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTTGGG
SmilChr02G001947 Chr02 NC_080388.1:35089342-35089354promoter 内 3329-3341 bp + 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 35086837-35088682(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCCAAAGTCAAAG
SmilChr01G005610 Chr01 NC_080387.1:72647871-72647883promoter 内 3178-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 72648694-72652315(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCCAAAGTCAACA
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8464985-8464997promoter 内 3131-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 8465855-8466898(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCCAAAGTCAAAG
SmilChr02G001239 Chr02 NC_080388.1:22777552-22777564promoter 内 2517-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 22779036-22780009(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCCAAAGTCAAAG
SmilChr02G001016 Chr02 NC_080388.1:17924684-17924696promoter 内 2514-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 17922322-17923209(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCCAAAGTCAAAG
SmilChr02G001003 Chr02 NC_080388.1:17700996-17701008promoter 内 2513-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 17698591-17699520(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCCAAAGTCAAAG
SmilChr01G001871 Chr01 NC_080387.1:33736111-33736123promoter 内 2506-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 33733246-33734628(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCCAAAGTCAAAG
SmilChr02G002678 Chr02 NC_080388.1:46347824-46347836promoter 内 2236-2248 bp + 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 46349589-46352170(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTTATT
SmilChr02G001508 Chr02 NC_080388.1:28104559-28104571promoter 内 1479-1491 bp + 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 28107081-28108787(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTTCG
SmilChr01G005140 Chr01 NC_080387.1:69171313-69171325promoter 内 1087-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 69174227-69175474(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTTAG
SmilChr02G004189 Chr02 NC_080388.1:64222998-64223010promoter 内 1076-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 64203209-64220085(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTTTGGG
SmilChr02G000414 Chr02 NC_080388.1:5255040-5255052promoter 内 938-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 5258103-5261633(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCCAAAGTCAAAG
SmilChr02G001026 Chr02 NC_080388.1:18191131-18191143promoter 内 639-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 18186984-18187781(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCAAAAGTCAATG
SmilChr01G005677 Chr01 NC_080387.1:73046922-73046934promoter 内 466-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 73050457-73051714(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACAAAAGTCAAGC
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SmilChr02G001027 Chr02 NC_080388.1:18191131-18191143promoter 内 3953-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18190439-18191095(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCAAAAGTCAATG
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