转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 28 / 149 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004362 Chr03 NC_080389.1:61842954-61842968promoter 内 991-1005 bp + 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 61845964-61846782(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCTCATC
SmilChr03G000674 Chr03 NC_080389.1:7545429-7545443promoter 内 825-839 bp - 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 7540437-7542267(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTCTTATCCATAAT
SmilChr03G002858 Chr03 NC_080389.1:45183264-45183278promoter 内 177-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 45176518-45179454(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTGTGGATAAGGAG
SmilChr03G002472 Chr03 NC_080389.1:39178429-39178443promoter 内 65-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 39182365-39183194(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCATTTT
SmilChr02G002690 Chr02 NC_080388.1:46604205-46604219promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46604292-46608803(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAATTGGATAACATT
SmilChr02G003296 Chr02 NC_080388.1:54233347-54233361promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54233447-54235258(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATTATCCAAATC
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66833272-66833286promoter 内 3705-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 66831346-66832990(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACGTTATCCAATAA
SmilChr02G001336 Chr02 NC_080388.1:24831046-24831060promoter 内 3534-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24831513-24832456(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATGGATAACGTG
SmilChr01G001235 Chr01 NC_080387.1:24770457-24770471promoter 内 3433-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24771025-24771847(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAAAGGATAAGATA
SmilChr03G003764 Chr03 NC_080389.1:56786081-56786095promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56786663-56789381(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCATATCCATATC
SmilChr01G002844 Chr01 NC_080387.1:47014108-47014122promoter 内 3409-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47012250-47013530(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCCATGAA
SmilChr02G000681 Chr02 NC_080388.1:10743003-10743017promoter 内 3283-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 10718197-10742299(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATGTGGATAACATT
SmilChr03G001741 Chr03 NC_080389.1:23508858-23508872promoter 内 3096-3110 bp - 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 23500106-23507967(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCCATGAA
SmilChr04G002360 Chr04 NC_080390.1:38094920-38094934promoter 内 3084-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 38091773-38094017(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTCATCCATATC
SmilChr03G004613 Chr03 NC_080389.1:63850604-63850618promoter 内 3006-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63845222-63849623(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATATGGTT
SmilChr03G004612 Chr03 NC_080389.1:63850604-63850618promoter 内 2980-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63839534-63849597(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATATGGTT
SmilChr03G002951 Chr03 NC_080389.1:46232618-46232632promoter 内 2937-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46228713-46231568(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCTCATC
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40671875-40671889promoter 内 2932-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40668849-40670820(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAGAAC
SmilChr03G004713 Chr03 NC_080389.1:64387398-64387412promoter 内 2905-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 64383621-64386316(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCTCATC
SmilChr01G005920 Chr01 NC_080387.1:75033021-75033035promoter 内 2884-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75030558-75031918(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATGAGGATAAGGCG
SmilChr04G004116 Chr04 NC_080390.1:56056028-56056042promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56057187-56060150(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTTATCCAATCT
SmilChr03G002889 Chr03 NC_080389.1:45562627-45562641promoter 内 2798-2812 bp - 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45563830-45567466(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAATGCA
SmilChr03G004361 Chr03 NC_080389.1:61842954-61842968promoter 内 2785-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61844170-61845864(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCTCATC
SmilChr04G001903 Chr04 NC_080390.1:31104420-31104434promoter 内 2743-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 31101454-31103176(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAATGCA
SmilChr03G002720 Chr03 NC_080389.1:43217612-43217626promoter 内 2717-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43218896-43220717(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAAGAT
SmilChr04G000669 Chr04 NC_080390.1:7562421-7562435promoter 内 2688-2702 bp - 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7563734-7569405(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTAGATAAGGAT
SmilChr04G001738 Chr04 NC_080390.1:28627373-28627387promoter 内 2583-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 28621910-28625969(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCTCATC
SmilChr01G003384 Chr01 NC_080387.1:52526095-52526109promoter 内 2542-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 52521412-52524650(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAATGCA
SmilChr02G002359 Chr02 NC_080388.1:41373627-41373641promoter 内 2539-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41375089-41377936(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCCTTATCCTTTAC
SmilChr01G006039 Chr01 NC_080387.1:75891719-75891733promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75886241-75890259(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTGGATAAGCAT
SmilChr04G000498 Chr04 NC_080390.1:5453951-5453965promoter 内 2394-2408 bp + 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5436779-5452358(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCAGTGGATAAGATT
SmilChr01G005426 Chr01 NC_080387.1:71447738-71447752promoter 内 2364-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 71443087-71446115(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTATTGGATAATATT
SmilChr03G002721 Chr03 NC_080389.1:43222454-43222468promoter 内 2200-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43224255-43227732(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAAGAT
SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4036391-4036405promoter 内 2160-2174 bp - 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4038232-4039837(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAATGGATAAGTTC
SmilChr04G002463 Chr04 NC_080390.1:39457460-39457474promoter 内 2048-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39447909-39455521(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCCTATCCATTAC
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