转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 28 / 148 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003753 Chr04 NC_080390.1:53800975-53800988promoter 内 3264-3277 bp - 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 53801712-53804937(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGACTGCC
SmilChr05G004332 Chr05 NC_080391.1:57012633-57012646promoter 内 2576-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 57014058-57017211(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGCCGGCCACGTGG
SmilChr07G002754 Chr07 NC_080393.1:27280345-27280358promoter 内 812-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 27283534-27284761(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACTCTAC
SmilChr01G004585 Chr01 NC_080387.1:63877171-63877184promoter 内 97-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 63881075-63883595(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGCGGACACGTGG
SmilChr03G001303 Chr03 NC_080389.1:15260285-15260298promoter 内 3259-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 15261027-15263785(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CACGCGCCACGTGG
SmilChr08G000140 Chr08 NC_080394.1:892226-892239promoter 内 2626-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 893601-907715(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGGCCA
SmilChr02G000215 Chr02 NC_080388.1:2820794-2820807promoter 内 2211-2224 bp + 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 2817805-2819017(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCCAAT
SmilChr02G004918 Chr02 NC_080388.1:71195332-71195345promoter 内 1929-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 71197404-71199744(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCATCTC
SmilChr08G000209 Chr08 NC_080394.1:1432091-1432104promoter 内 1875-1888 bp + 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 1420574-1429978(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGGCCA
SmilChr01G000540 Chr01 NC_080387.1:11110012-11110025promoter 内 1082-1095 bp - 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 11112931-11117794(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCATTCA
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53248036-53248049promoter 内 3892-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53248145-53250479(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCATCTC
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53893212-53893225promoter 内 3891-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53893322-53895242(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCATCTC
SmilChr06G002843 Chr06 NC_080392.1:41193076-41193089promoter 内 3889-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41192076-41192977(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACGTGACACGTGG
SmilChr01G000876 Chr01 NC_080387.1:18626366-18626379promoter 内 3353-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18627014-18632149(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CACAGGACACGTGG
SmilChr07G003824 Chr07 NC_080393.1:47280818-47280831promoter 内 3310-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47281509-47283529(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCAGTCCACGTGG
SmilChr04G003233 Chr04 NC_080390.1:49153586-49153599promoter 内 3309-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49151594-49152907(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGAATGTCACGTGC
SmilChr04G000771 Chr04 NC_080390.1:9484377-9484390promoter 内 3139-3152 bp - 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9478174-9483528(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGAATGTCACGTGC
SmilChr04G002688 Chr04 NC_080390.1:42305123-42305136promoter 内 3113-3126 bp - 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 42306011-42310324(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACATTCT
SmilChr07G001478 Chr07 NC_080393.1:11636997-11637010promoter 内 3070-3083 bp - 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 11630380-11636079(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGAAGGCACGTGG
SmilChr02G003210 Chr02 NC_080388.1:53279539-53279552promoter 内 2883-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 53280657-53285286(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGGATGCC
SmilChr04G000765 Chr04 NC_080390.1:9319543-9319556promoter 内 2487-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9315101-9318042(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGGTGACACGTGG
SmilChr04G003096 Chr04 NC_080390.1:47573011-47573024promoter 内 2350-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47574662-47576809(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACGTT
SmilChr02G004798 Chr02 NC_080388.1:70178708-70178721promoter 内 2246-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70173582-70176966(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACTTTTC
SmilChr06G000916 Chr06 NC_080392.1:8687962-8687975promoter 内 1977-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8678388-8685951(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACGTT
SmilChr05G004379 Chr05 NC_080391.1:57301569-57301582promoter 内 1887-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 57303683-57309397(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATAAGGCCACGTGG
SmilChr01G004435 Chr01 NC_080387.1:62445856-62445869promoter 内 1852-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62448005-62450804(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGGACACACGTGG
SmilChr03G001611 Chr03 NC_080389.1:20521278-20521291promoter 内 1755-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20517963-20519045(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACGTT
SmilChr02G001054 Chr02 NC_080388.1:18815491-18815504promoter 内 1691-1704 bp + 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18817801-18819608(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGCTGTCACGTGC
SmilChr07G000483 Chr07 NC_080393.1:3372494-3372507promoter 内 1436-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3375059-3378902(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGATGGCACGTGG
SmilChr04G003464 Chr04 NC_080390.1:51120517-51120530promoter 内 1117-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 51123401-51126909(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAGAGGACACGTGG
SmilChr05G002225 Chr05 NC_080391.1:23779231-23779244promoter 内 1100-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 23782132-23783671(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTGGGGCACGTGG
SmilChr04G002265 Chr04 NC_080390.1:36634028-36634041promoter 内 1054-1067 bp + 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36636975-36642906(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTAGCCTCACGTGG
SmilChr03G003022 Chr03 NC_080389.1:47121994-47122007promoter 内 983-996 bp + 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47115833-47118989(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCCAAA
SmilChr03G001613 Chr03 NC_080389.1:20521278-20521291promoter 内 262-275 bp + 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20525017-20526193(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACGTGACACGTGG
SmilChr03G002638 Chr03 NC_080389.1:41968590-41968603promoter 内 210-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41963633-41964812(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGATCGTCACGTGC
SmilChr03G004425 Chr03 NC_080389.1:62410670-62410683promoter 内 96-109 bp - 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62400346-62406778(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGGGGTCACGTGC
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SmilChr01G003593 Chr01 NC_080387.1:54467850-54467863promoter 内 3856-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 5 54466042-54467718(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGCTTCT
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