转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 28 / 136 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002505 Chr04 NC_080390.1:40006439-40006446promoter 内 689-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40009751-40009831(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr08G001080 Chr08 NC_080394.1:8319735-8319742promoter 内 684-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8314676-8316425(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr05G003415 Chr05 NC_080391.1:45361348-45361355promoter 内 680-687 bp - 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45364669-45371631(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr01G002494 Chr01 NC_080387.1:42693530-42693537promoter 内 678-685 bp - 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42685787-42690214(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr08G000066 Chr08 NC_080394.1:381233-381240promoter 内 677-684 bp + 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 375894-377916(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr03G000690 Chr03 NC_080389.1:7686877-7686884promoter 内 675-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7690203-7691284(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr07G000041 Chr07 NC_080393.1:181132-181139promoter 内 675-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 177684-177813(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr05G002936 Chr05 NC_080391.1:35382564-35382571promoter 内 671-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35385894-35386706(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr07G002972 Chr07 NC_080393.1:30276397-30276404promoter 内 663-670 bp + 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 30270149-30273066(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr03G000846 Chr03 NC_080389.1:9648760-9648767promoter 内 662-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9652099-9653931(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr05G000827 Chr05 NC_080391.1:6490341-6490348promoter 内 662-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 6485898-6487009(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr02G003036 Chr02 NC_080388.1:51073409-51073416promoter 内 661-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51076749-51078464(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr06G002353 Chr06 NC_080392.1:34227336-34227343promoter 内 660-667 bp + 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34230677-34230782(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G001859 Chr01 NC_080387.1:33549828-33549835promoter 内 654-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33553175-33557522(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr01G006099 Chr01 NC_080387.1:76480807-76480814promoter 内 654-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76484154-76486020(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr04G000966 Chr04 NC_080390.1:12957902-12957909promoter 内 654-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12961249-12964204(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G004844 Chr01 NC_080387.1:66581293-66581300promoter 内 653-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 66584641-66588933(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr04G002478 Chr04 NC_080390.1:39615248-39615255promoter 内 652-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 39618597-39618677(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr08G003497 Chr08 NC_080394.1:37554148-37554155promoter 内 648-655 bp - 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37549233-37550802(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr07G000079 Chr07 NC_080393.1:383006-383013promoter 内 639-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 375452-379651(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr06G002765 Chr06 NC_080392.1:40253639-40253646promoter 内 638-645 bp - 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40257002-40260600(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr06G002269 Chr06 NC_080392.1:32411099-32411106promoter 内 637-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32405128-32407742(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr07G002021 Chr07 NC_080393.1:18161149-18161156promoter 内 635-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 18155188-18157790(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr07G001990 Chr07 NC_080393.1:17548161-17548168promoter 内 631-638 bp + 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 17551531-17553099(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr03G003916 Chr03 NC_080389.1:58249453-58249460promoter 内 630-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58252824-58256515(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G002785 Chr01 NC_080387.1:46327880-46327887promoter 内 627-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46323516-46324513(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr08G004238 Chr08 NC_080394.1:51839883-51839890promoter 内 626-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51843258-51851330(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr02G000640 Chr02 NC_080388.1:9690896-9690903promoter 内 622-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9694275-9697341(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr02G005524 Chr02 NC_080388.1:75321808-75321815promoter 内 619-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75315098-75318433(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr02G003252 Chr02 NC_080388.1:53821767-53821774promoter 内 617-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53815197-53818390(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr04G003310 Chr04 NC_080390.1:49844514-49844521promoter 内 617-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49839411-49841137(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72431619-72431626promoter 内 614-621 bp + 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr05G001073 Chr05 NC_080391.1:8902073-8902080promoter 内 614-621 bp + 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8895845-8898693(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr01G001901 Chr01 NC_080387.1:34121682-34121689promoter 内 607-614 bp - 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34125076-34129264(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr06G002226 Chr06 NC_080392.1:31380954-31380961promoter 内 594-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31384361-31386741(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr02G002244 Chr02 NC_080388.1:39861243-39861250promoter 内 591-598 bp + 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 39856971-39857840(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
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